乳癌組織全エクソン解析データに基づく相同組み換え修復機能の新規測定モデル開発

2020 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 19K16819
• Research Institution: National Cancer Center Japan
• Principal Investigator: 谷岡 真樹 国立研究開発法人国立がん研究センター, 中央病院, 医員 (60573045)
• Project Period (FY): 2019-04-01 – 2022-03-31
• Keywords: 相同組み換え異常

Outline of Annual Research Achievements

乳癌と卵巣癌、もしくは乳癌と膵臓癌を重複する患者の生殖細胞、各腫瘍細胞を対象として、先進ゲノム支援の枠組みに従って、東大病院で生殖細胞27例、癌細胞48例の全エクソン解析を行っていただいた。乳癌、卵巣癌を重複した症例では6割以上の割合で、相同組み換え異常の原因となるBRCA1/2等生殖細胞変異が認められた。凍結サンプルからは相同組み換え異常を反映するMutation signature 3が高い割合で認められた。現在ホルマリン固定標本由来のサンプルを含めたコピー数解析を行っている。


現在の課題はコピー数解析による相同組み換え異常の検出である。Unix環境及びコンピュータークラスターがないため、個人PCにてBAMファイルからのBinningを行っているが、非常に時間を要しており、またPC容量の問題で解析できないサイズ（数十ＧＢ）のファイルもある。先進ゲノム支援先の東大と相談してこの問題を解決していく。

今後ホルマリン固定標本由来のサンプルを含めた解析を行い、相同組み換え異常程度の算出が可能であると判断されれば、さらに全エクソン解析の症例を積み増して、重複癌の特徴を解明し、報告したい。さらに重複する腫瘍を比較することで、重複癌患者の治療選択を提案したい。さらに重複癌患者の腫瘍に共通する遺伝子変異を検討する。

Current Status of Research Progress

3: Progress in research has been slightly delayed.

Reason

コロナ禍の中、共同研究先として全エクソン解析を行っていただいた東大病院が2020年4月から7月まで4か月間閉鎖していたため、解析が遅れている。

Strategy for Future Research Activity

今後ホルマリン固定標本由来のサンプルを含めた解析を行い、相同組み換え異常程度の算出が可能であると判断されれば、さらに全エクソン解析の症例を積み増して、重複癌の特徴を解明し、報告したい。さらに重複する腫瘍を比較することで、重複癌患者の治療選択を提案したい。さらに重複癌患者の腫瘍に共通する遺伝子変異を検討する。

Causes of Carryover

2020年度はコロナ禍のため研究計画が遅れた。本年度は得られた情報をもとにサンプルを選定し、残った金額全額を全エクソン解析に使用し、症例を積み増して結果を報告する。