2019 Fiscal Year Research-status Report
革新的バイオマーカー開発を目指した胃癌リンパ節転移診断ジーンシグニチャーの樹立
| Project/Area Number |
19K16838
|
|---|
| Research Institution | Kumamoto University |
|---|
Principal Investigator |
泉 大輔 熊本大学, 病院, 非常勤診療医師 (60594877)
|
|---|
| Project Period (FY) |
2019-04-01 – 2021-03-31
|
| Keywords | 胃癌 / リンパ節転移診断 / 組織 / mRNA / gene signature |
|---|
| Outline of Annual Research Achievements |
Public databaseより入手可能な胃癌組織の網羅的解析データを用いて、バイオインフォマティクスにて、リンパ節転移陽性群とリンパ節転移陰性群を対象に両群間でのmRNAの発現を比較しリンパ節転移陽性胃癌組織で特異的に発現しているmRNAを同定した。TCGAからonlineで入手した胃癌組織のRNAseqデータを用い、volcano plot及びheatmapにてリンパ節転移陽性胃癌組織とリンパ節転移陰性胃癌組織との間で有意に発現の差があるmRNAを同定した。多施設国際共同研究によって集めた胃癌凍結組織を用いて、トレーニングコホートでリアルタイムPCR法によりmRNAの発現を測定し、ロジスティック回帰解析に基づくRisk score modelにてgene signatureを樹立した。Risk score modelを用いてROC解析を行いリンパ節転移診断能力を検討した。検証コホートにて、トレーニングコホートで樹立したgene signatureを同じRisk score modelを用いてROC解析を行い、正確性を検証した。さらに従来のリンパ節転移診断法であるCTの結果や、ESD後のリンパ節転移リスク因子とROC曲線比較を用いてリンパ節転移検出能力を比較する。また現在胃癌の腫瘍マーカーとして用いられているCEA、CA19-9とロジスティック回帰分析に基づいたROC曲線比較にて診断効率を比較して有用性を検証した。
|
| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
特記すべきトラブルなく予想されえた結果が出ているため。
|
| Strategy for Future Research Activity |
検証コホートにて、トレーニングコホートで樹立したgene signatureを同じRisk score modelを用いてROC解析を行い、正確性を検証する。さらに従来のリンパ節転移診断法であるCTの結果や、ESD後のリンパ節転移リスク因子とROC曲線比較を用いてリンパ節転移検出能力を比較する。また現在胃癌の腫瘍マーカーとして用いられているCEA、CA19-9とロジスティック回帰分析に基づいたROC曲線比較にて診断効率を比較して有用性を検証する。
|
| Causes of Carryover |
試薬、消耗品については、医局内保管のものを使用することができた。
試薬、消耗品の購入に充てたい。また、最新の研究情報を得るため、及び、研究成果発表のための学会出張旅費にも充てたいと考える。
|
Research Products
(1 results)
