2021 Fiscal Year Research-status Report
Quantification of fusion cfDNA and resistant mutation cfRNA in plasma EVs from patients with lung cancer
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19K16847
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| Research Institution | Jikei University School of Medicine |
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Principal Investigator |
関 好孝 東京慈恵会医科大学, 医学部, 講師 (00733213)
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| Project Period (FY) |
2019-04-01 – 2023-03-31
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| Keywords | 治療耐性因子探索 / 融合遺伝子陽性肺癌 / cfDNA / チロシンキナーゼ阻害剤 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
現在までにcfDNAによる変異の定量的検出、およびEML4-ALKのbreakpointの推定と検出法の確立を試みた。まず現在実施中である細胞株を用いた予備検討に基づき、融合遺伝子と各種の耐性点変異が報告されている部位の配列について、cfDNAおよびexoNAを用いてシークエンシング・定量解析を行った。
その結果、融合遺伝子の検出についてはGuardant Health社のコマーシャルベースの解析法が有用である事が判明した。そこで、すでに院内研究倫理審査委員会で承認されている研究プロトコールを用いた血液サンプルを収集しており、他の関連遺伝子からの耐性機序の推定をGuardant Health社の解析方法をもとに進める方針とした。
すなわち、ROS1融合遺伝子陽性患者・RET融合遺伝子陽性患者・NTRK融合遺伝子陽性患者のTKI耐性化時の血液サンプルを収集し、検体解析を外注依頼で解析した上で耐性機序の探索を行う方針とし、現在も血漿サンプル収集を継続している。
新型コロナウィルス感染症の蔓延により一時症例集積の中止を余儀なくされたが、積極的なサンプル収集を再開してからの1年間で3例のサンプルが収集されており、今後は1年で6検体程度の上記TKI耐性患者のサンプルを収集し、解析する見込みである。すでに解析が成功している結果については学会での発表を行っており、さらなつサンプル解析の契約は締結されている。最大8例までの解析を行い耐性機序の遺伝学的解析を図り、論文作成につなげていく予定ある。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
細胞株を用いた予備検討に基づき、融合遺伝子と各種の耐性点変異が報告されている部位の配列について、cfDNAおよびexoNAを用いてシークエンシング・定量解析を行った。
exosomalRNAからのmRNAの検出確認、negative control検体を用いた定量法は確立できたが、検出感度が低いこと、融合遺伝子の検出についてはGuardant Health社のコマーシャルベースの解析法が有用である事が判明した。そこで、すでに院内研究倫理審査委員会で承認されている研究プロトコールを用いた血液サンプルを収集しており、他の関連遺伝子からの耐性機序の推定をGuardant Health社の解析法方をもとに進める方針とし、今後は1年で6検体程度の上記TKI耐性患者のサンプル収集を見込んでいる。
しかし、国立がん研究センターにおいて新患や治験参入患者の減少などから、サンプル収集ペースについてはやや予想よりも遅延した。コロナウィルス感染症の蔓延により一時症例集積の中止を余儀なくされた。
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| Strategy for Future Research Activity |
すでに院内研究倫理審査委員会で承認されている研究プロトコールを用いた血液サンプルを収集している。コロナウィルス感染症の蔓延により一時症例集積の中止を余儀なくされたが、再開してからの1年間で3例のサンプルが収集され、今後は1年で6検体程度（最大8例）の上記TKI耐性患者のサンプルを収集し、解析する見込みである。また、現在までの解析結果については症例報告として論文発表を予定している。
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| Causes of Carryover |
国立がん研究センターにおいて新患や治験参入患者の減少などから、サンプル収集ペースについてはやや予想よりも遅延した。コロナウィルス感染症の蔓延により一時症例集積の中止を余儀なくされたが、再開してからの4ヶ月間で2例のサンプルが収集され、今後は1年で6検体程度（最大8例）の上記TKI耐性患者のサンプルを収集し、解析する見込みである。
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