Exploring novel genes causing epilepsy by next-generation sequencing analysis

2021 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 19K17307
• Research Institution: Aichi Medical University
• Principal Investigator: 東 慶輝 愛知医科大学, 医学部, 講師 (60628593)
• Project Period (FY): 2019-04-01 – 2023-03-31
• Keywords: てんかん症候群 / 次世代シークエンス解析

Outline of Annual Research Achievements

当研究では、発達性およびてんかん性脳症（DEE:Developmental and epileptic encephalopathy）の一群など、小児期の発症を中心とする年齢依存性かつ治療抵抗性のてんかん症候群の症例について、次世代シークエンサーを用いた解析手法の一つである全エクソーム解析を行った。あらかじめ構築された解析パイプラインを用い、コールされたエクソンおよびその近傍の変異を病原性予測ツールを用いた評価、頻度データベースによるフィルタリング、過去に報告されている原因遺伝子および変異を収集したデータベースとの比較を行い、病原性を有する可能性がある変異の同定を試みた。同時にxHMMプログラムを用いた染色体構造・量的異常の解析を行った。
2019年度以降に国内および海外の医療機関から当研究室に送付された約100検体について解析を担当し、変異を同定した1症例について、2020年に査読あり英文雑誌への掲載を行った。病原性が不明な新規候補遺伝子については、研究機関内での同様の症例の集積、およびオンラインのgene match programに登録を行い、他施設との共同研究を進めている。

Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

検体の募集および解析を行い、変異の確認および病原性の解析についての実験が進行している。

Strategy for Future Research Activity

全エクソーム解析の結果を踏まえて、実験および各種報告を引き続き進めていく。現在までの解析で候補変異の同定に至らなかった症例においては、ロングリードシークエンスなど新たに開発されつつある手法で探索を検討する。

Causes of Carryover

今後、ロングリードシークエンスなどを用いた新たな手法による遺伝子解析の追加、分子生物学的手法を用いた実験の追加を予定している。