Development of methodology detecting immunoglobulin related fusion genes in pediatric leukemia

2021 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 19K17384
• Research Institution: National Center for Child Health and Development
• Principal Investigator: 渡部 悟 国立研究開発法人国立成育医療研究センター, 小児血液・腫瘍研究部, 研究員 (00829418)
• Project Period (FY): 2019-04-01 – 2022-03-31
• Keywords: 小児科 / 白血病 / 遺伝子再構成 / RNAパネル解析

Outline of Annual Research Achievements

近年、小児急性リンパ性白血病(ALL)に対する次世代シーケンス等の解析が進み、DUX4-IGHやIGH-MYC等の免疫グロブリンが関連する遺伝子再構成がB前駆細胞型ALLの5-10%で同定され、新規の予後因子候補と期待されているが実臨床での検出方法は未だに確立されていない。またALLの20%前後で白血病発症に関わる遺伝子異常が同定されていない。本研究では免疫グロブリン領域を標的としたカスタムパネルを作製し、それを用いたRNA パネルシークエンス解析を行うことで、免疫グロブリン関連の遺伝子再構成を迅速かつ正確に検出すると共に、予後情報と統合的に解析し治療標的となる新規遺伝子異常を同定する。さらに開発したパネル解析を診断に利用することで治療の層別化を行い、予後の向上に役立てることを目的とした。
令和元年度から3年度にかけてカスタムパネルの設計・修正を行うと共に、フローサイトメトリー解析やFISH解析等の結果からDUX4-IGHやIGH-MYCが疑われる小児造血器腫瘍についてRNAパネルシークエンス解析を行った。10例中8例でDUX4-IGHが、3例中2例でIGH-MYCが検出され、direct sequencing法で切断点を確認した。RNAの品質を示すRIN値が5.0未満の検体では、RNAの分解により遺伝子異常の検出が困難であった。
今回の研究でIGH領域を含む融合遺伝子を概ね検出可能なカスタムパネルを作製することに成功した。今後はこのパネルを用いて融合遺伝子の同定ができていないALL症例や小児悪性リンパ腫を対象に新規融合遺伝子の検出および治療標的となる遺伝子異常の検索を行う予定である。