2020 Fiscal Year Research-status Report
Search for the unique carcinogenic mechanisms of lung cancer with interstitial pneumonia
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19K17669
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| Research Institution | Tokyo Medical and Dental University |
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Principal Investigator |
本多 隆行 東京医科歯科大学, 医学部附属病院, 助教 (30827259)
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| Project Period (FY) |
2019-04-01 – 2022-03-31
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| Keywords | ゲノム解析 / 肺癌 / 間質性肺炎 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
2020年度も引き続き症例集積を行い、次いでカスタムパネルの作成を行った。
2020年度はコロナウイルス蔓延に伴う緊急事態宣言のため、所属施設の手術症例が減少して症例集積に難航した。現時点では15症例x1症例あたり約20か所の生検を行い、約300サンプルについてDNAの抽出を行っている。2019年度に2例ほどパイロット研究としてアンプリコンによるターゲットシークエンスを行えたが、特に肺の非癌部についてはDNA収量が少ないサンプルも多く、最小量の10ngの収量を得ないサンプルも認められた。つまり全例が解析可能ではないことが明らかになり、引き続き症例の集積が必要である。
カスタムパネルについては肺発癌に関連すると予想される24遺伝子について高感度で検出できるように作成した。具体的な24遺伝子についてであるが、EGFR、ALK、ROS1、RET、KRASなど代表的な肺癌のドライバー遺伝子に加えていくつかの癌関連遺伝子、申請者の先行研究から間質性肺炎合併肺腺癌においてその関連が示唆されている肺サーファクタント関連遺伝子群(TTF1、SFTPa、SFTPB、SFTPC)を解析対象とした。さらに外国から肺発癌との関連の報告があるHLA-A、B、Cについてもパネルに掲載することにし、HLAについてはヘテロ接合体の欠失(LOH)についても検出できるようにHLA領域の設計とアルゴリズム調整を行い、カスタムパネルを作成した。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
4: Progress in research has been delayed.
Reason
新型コロナウイルス蔓延により臨床業務の拡大と研究活動の制限を受けた。また、本研究は実際の手術の残余生体試料を用いた研究であるため、所属施設の手術数減少により、当初の計画通りの症例数の集積ができなかった。
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| Strategy for Future Research Activity |
今後については、カスタムパネルの作成も終了したため、順次DNA収量の多いサンプルからターゲットシークエンスによる解析を行う予定としている。
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| Causes of Carryover |
サンプル集積が進まず、DNA抽出用の備品および、想定していたサンプル数のターゲットシークエンスを行うカスタムパネル発注を行っていないため。
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