2020 Fiscal Year Annual Research Report
ポータブルDirect RNAシーケンスによる小児呼吸器感染症の迅速診断系の開発
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19K17935
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| Research Institution | Saitama Medical University |
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Principal Investigator |
今井 一男 埼玉医科大学, 医学部, 非常勤講師 (10816606)
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| Project Period (FY) |
2019-04-01 – 2021-03-31
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| Keywords | MinION / ナノポア型シーケンサー / 呼吸器ウイルス / メタゲノム |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究計画の目的は、ポータブルシーケンサーであるFlongleを用いて、呼吸器ウイルス感染症に応用可能なメタゲノム診断法を開発することである。前年度の検体に加え、本年度において新型コロナウイルスに罹患した患者の臨床検体を収集し、Flongleを用いたメタゲノム診断法による診断法について検討を行った。
当初、Flongleを用いたdirect RNA シーケンスを用いたメタゲノム診断法について検証を実施した。しかしながら、臨床検体から十分な量のRNAを採取できず、解析に十分な量のリード数を確保できなかった。そのため、当初の計画通り、従来法であるランダム増幅法（SISPA法）とFlongleを組み合わせた、ウイルスのメタゲノム診断技術についての検証を実施した。
検証には、新型コロナウイルス(8検体)、インフルエンザウイルス（2検体）、RSウイルス(2検体)、計12検体を用いた。マッピング解析の結果、すべての検体において、目的ウイルスのリードを検出し、その他のヒトに病原性を持つウイルスリードは検出されなかった。以上より、12検体すべてで呼吸器ウイルス感染症の診断が可能であった。良好なウイルスリードの得られた新型コロナウイルス(2検体)、RSウイルス(1検体)については、assemblyによりウイルスゲノム全長の解析が可能であった。
Flongleにて得られるリード量は、ウイルス種別および検体に含まれるウイルス量により依存する。安定的に全ゲノム解析を行うためには、呼吸器ウイルスに特異的なキャプチャープローブを利用し目的RNAを濃縮するなど、追加工程ステップが必要と考えられる。今後これらのデータを用いて学会や論文発表を行い、方法および結果について意見交換し、追加で検討すべき課題や改善法について評価していく。
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