2021 Fiscal Year Annual Research Report
全ゲノム関連解析によるハンナ型間質性膀胱炎の疾患感受性遺伝子と新規治療標的の探索
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19K18552
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| Research Institution | The University of Tokyo |
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Principal Investigator |
秋山 佳之 東京大学, 医学部附属病院, 講師 (20529135)
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| Project Period (FY) |
2019-04-01 – 2022-03-31
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| Keywords | ハンナ型間質性膀胱炎 / 全ゲノム関連解析 / HLA imputation / Genotype imputation |
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| Outline of Annual Research Achievements |
Asian Screening Array chip（ASA chip）によりジェノタイピングして得られたデータに対し、クオリティコントロールを行った結果、ハンナ型間質性膀胱炎（HIC） 148例、control 896例における509,305バリアントのジェノタイプデータを得た。これを基に、日本人集団のリファレンスパネルを用いた遺伝型imputationを行った結果、常染色体上の7,994,849バリアント、X染色体上の219,983バリアントが得られた。また、HLA遺伝子のバリアントについてHLA imputationを行ったところ、2287バリアントが得られた。得られたimputed dosageを用いて、HICに関するケースコントロール関連解析を行ったところ、
最も強い関連を示したバリアントは6番染色体MHC領域のSNP rs1794275であった（P = 1.8×10-7, OR 2.09 [95% CI 1.59-2.76]）。HLA imputationの結果を用いたMHC領域のファインマッピングの結果においても、最も強い関連を示したバリアントはrs1794275であり、これはregion-wideな有意水準（0.05/[MHC領域における検定数] = 4.3×10-6 ）を満たした。このSNPはHLA-DQB1遺伝子の75番目アミノ酸残基と強い連鎖不平衡関係にあり、このアミノ酸残基も強い関連を示した（P = 1.4×10-6, OR 1.94 [95% CI 1.48-2.55]）。
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