2019 Fiscal Year Research-status Report
Development of Novel Therapeutic Approach Exploiting Constitutive DNA Damage in Genitourinary Cancer
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19K18624
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| Research Institution | Osaka Medical College |
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Principal Investigator |
小村 和正 大阪医科大学, 医学部, 講師 (10789853)
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| Project Period (FY) |
2019-04-01 – 2022-03-31
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| Keywords | DNAダメージ / 泌尿生殖器腫瘍 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
現段階では、代表者機関におけるバイオバンク検体の腫瘍、対応する正常組織検体からのトランスクリプトーム解析、Whole Exome Sequenceを行うことにより、DNAダメージ負荷発生に寄与する様々な因子を明らかにするために臨床検体採取をすすめ、至適検体を解析するために処理を進めている段階である。
腎がん、膀胱がん、前立腺がんの臨床検体において、シーケンスライブラリーを調整のうえQCを施行、最適なシーケンスDepthの確認については、テストシーケンスを施行のうえ、至適条件を検討している。シーケンスライブラリーのクオリティーチェック、他機関からのサンプルとのIndexの重複の有無を確認のうえ、順次共同研究機関へ輸送をおこなっている。適宜、シーケンス結果より最適なDepth、コストを検討している。シーケンスデータの解析については FASTAQ fileを本研究室パイプラインでBAM,BAI fileに変換、解析のキュレーションを施行している。現在放射線化学療法への耐性獲得検体との同一症例の治療前後のタンパク質をマススペクトロメトリーにて網羅解析をおこない、有望なターゲットの解析をおこない、いくつかの蛋白質を同定した。
これらは上流にてＡＴＭ intactの症例のみで耐性を発揮できることを明らかにしており、更なる解析を計画している。臨床検体を同時にTissue microarrayにのせていき、免疫染色にてターゲットの解析をおこなう準備をしている。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
検体採取から解析までのパイプラインはおおむね順調に経過している。
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| Strategy for Future Research Activity |
TMA作製とFISHプロトコールの最適化について、TMA作製には、FFPEからくり抜く腫瘍面積をまず検討する必要がある。腫瘍を確実にマーキングしその部位を最小でも1.5mm四方でアレイに乗せている。また、TMA検体は一度に多数の検体を同時に解析できる大きな利点がある反面、染色等の過程で剥がれやすくなるなどの注意するべき点も多いためにプロトコールの最適化を図っている。
今後2年間にて、検体解析をおこない、しかるべき学会、論文発表へつなげたいと考えている。
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