2019 Fiscal Year Research-status Report
選択的組織採取と統合ゲノム解析による子宮腺筋症の病態解明と新規治療法の開発
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19K18633
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| Research Institution | Niigata University |
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Principal Investigator |
須田 一暁 新潟大学, 医歯学総合研究科, 客員研究員 (80650621)
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| Project Period (FY) |
2019-04-01 – 2021-03-31
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| Keywords | 子宮腺筋症 / 癌関連遺伝子 / 変異アリル頻度 / 子宮内膜 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
計23症例の摘出子宮よりマルチサンプリングを行いOCTコンパウンドで包埋した凍結標本を作製した。子宮腺筋症組織44サンプル、正常子宮内膜組織57サンプルに対しレーザーマイクロダイセクション（LMD）による組織特異的サンプリングを行い、上皮組織を採取し、DNAを抽出した。23症例のうち13症例の子宮腺筋症では同一検体から間質組織を13サンプル採取し、DNAを抽出した。上記23症例の血液から得られたDNAは正常コントロールとしてその後の解析に使用した。マルチサンプリングでは1症例から子宮腺筋症組織は1～3サンプル、正常子宮内膜は1～6サンプル採取した。
先行研究(Suda et al. Cell Reports. 2018)にて設計した76遺伝子のターゲットプローブを用いて上記子宮腺筋症44サンプル、子宮腺筋症間質13サンプル、正常子宮内膜57サンプル、血液23サンプルから得たDNAに対しターゲットシーケンスを施行した。平均デプスは254(±45.2)、シーケンス領域における20リード以上のカバー率は99.8％であった。体細胞変異の解析は血液から得たDNAのシーケンスデータをリファレンスとした。子宮腺筋症組織で変異を認めた代表的な遺伝子（サンプルにおける頻度、症例あたりの頻度、平均変異アリル頻度）はKRAS(34％、35％、0.38)、ARID1A(20％、30％、0.24)、ARHGAP35(16％、22％、0.19)、PIK3CA(11％、13％、0.37)あった。正常子宮内膜組織で変異を認めた代表的な遺伝子はPIK3CA(68％、91％、0.10)、ARHGAP35(60％、91％、0.09)、KRAS(53％、74％、0.17)、PPP2R1A(28％、48％、0.07)であった。23症例のうち3症例で子宮腺筋症と子宮内膜間でKRAS変異が共有されていた。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
子宮腺筋症上皮組織と子宮内膜上皮組織に対し十分なデプスでシーケンス実験を行えたから。
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| Strategy for Future Research Activity |
子宮腺筋症症例の臨床背景と遺伝子変異解析結果との関連を考察し、子宮腺筋症と子宮内膜との間で遺伝子変異を共有していた症例についてはエクソームシーケンスを追加し遺伝学的な関連や進化についての考察を深める。レーザーマイクロダイセクション法で選択的組織採取を行った子宮腺筋症上皮、正常子宮内膜上皮からRNA抽出を行い、網羅的な発現解析を行うことで遺伝子変異と遺伝子発現の関連を観察する。
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| Causes of Carryover |
実験の進行順序が当初の予定と異なったため。次年度使用額については追加シーケンス実験に使用予定である。
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