Identification of pathogens in wildlife using next-generation sequencing in Central Africa

2020 Fiscal Year Final Research Report

• Project/Area Number: 19K19411
• Research Category: Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
• Allocation Type: Multi-year Fund
• Review Section: Basic Section 58020:Hygiene and public health-related: including laboratory approach
• Research Institution: Nagasaki University
• Principal Investigator: ABE Haruka 長崎大学, 熱帯医学研究所, 助教 (90554353)
• Project Period (FY): 2019-04-01 – 2021-03-31
• Keywords: アフリカ / ガボン / 野生動物 / ブッシュミート / ウイルス / メタゲノム解析

Outline of Final Research Achievements

In this study, 395 wild animals were collected to find pathogens that potentially infect humans in Gabon, Central Africa. Animal samples included bushmeat (porcupines, blue duikers, etc.) and small mammals (rodents and shrews). Metagenome analysis of animal samples revealed the existence of pathogenic viruses, such as hepatitis virus, rotavirus, and astrovirus. Phylogenetic analysis of the detected viral genome sequence indicated a unique evolutionary process of several pathogenic viruses in Gabon. These results showed the risks of zoonotic viral infections through direct contacts with wild animals, and also revealed a Central Africa-specific evolution of viruses.

Free Research Field

公衆衛生学

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

中部アフリカに位置するガボン共和国は国土の80%以上が熱帯雨林であり、野生動物が現地民の住環境の比較的近辺にまで存在している。また、ガボンではブッシュミート（野生動物の食肉）の消費量がアフリカの中でも多く、野生動物からの病原体感染リスクが高いにもかかわらず野生動物を対象とする研究は進んでいない。本研究では野生動物に存在しヒト感染を起こし得る病原ウイルスを多数明らかにすることで、現地での野生動物を介したウイルス感染に対する注意喚起するとともに、現地の医療機関における適切な診断や治療にも貢献することが期待できる。