2020 Fiscal Year Research-status Report
X染色体における一塩基多型マイクロハプロタイプの検索と血縁鑑定への応用
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19K19488
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| Research Institution | Nagoya City University |
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Principal Investigator |
福田 真未子 名古屋市立大学, 医薬学総合研究院(医学), 助教 (60832201)
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| Project Period (FY) |
2019-04-01 – 2022-03-31
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| Keywords | DNA多型 / 個人識別 / 血縁鑑定 / マイクロハプロタイプ / X染色体 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
マイクロハプロタイプと呼ばれる一塩基多型が数百bpの範囲に数個並んだ部分のハプロタイプが，個人識別マーカーとして注目されている。本研究では未だ報告の少ないX染色体に着目し，日本人集団において高い多形性を有するマイクロハプロタイプマーカーの確立を目指す。
まずポピュレーションデータを収集する対象座位の選択のため，公開ゲノムデータである「1000genomes」を用いて，多型性の高いマイクロハプロタイプの検索を行った。選定基準としては日本人集団を含む東アジア集団において多型性の高い座位，かつアメリカ，アフリカ，ヨーロッパ，南アジアの各集団において比較的多型性が高いものを検索した。繰り返しモチーフや挿入欠失などの混在を避け，十数箇所の候補座位を選定することができた。
次に倫理審査委員会の承認を得てマーカー座位のポピュレーションデータの収集を行った。同意を得た約600人の血液からDNAを抽出し，massive parallel sequencer (MPS)を用いてtargeted resequencingによりマーカー座位の多型解析を行った。一部の座位ではリファレンス配列との不整合などが見られたものの，現段階でおよそ7割程度の解析を実施できた。
解析は未だ途中ではあるが，約10座位において日本人集団で高い多型性を持つことが判明した。X染色体の特徴を生かした血縁鑑定事例への利用や，ポピュレーションデータ集計用のRスクリプトの記述も並行して行っている。
一方，MPSはエラーを生じやすい媒体であり，マイクロハプロタイプをMPSで解析し法医学的に利用することには一定の困難が伴うことが示唆され，安定した結果を得るために最適なマーカーとしての構造等について検討が必要であると考えられた。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
初夏に緊急事態宣言を受け，在宅勤務をしていた時期があり，実験の進行がやや遅れた。ただし年末から実験補助を受けることができたため，遅れは取り戻してきている。
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| Strategy for Future Research Activity |
引き続き多型解析を進めるとともに，集計したデータからX染色体マイクロハプロタイプの特性を解析し公表する予定である。また，シーケンシング解析時の中間ファイルを用いて，マーカーとして安定した構造についてさらに検討を進める予定である。
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