2020 Fiscal Year Annual Research Report
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19K22398
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| Research Institution | Kyoto University |
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Principal Investigator |
本田 瑞季 京都大学, 医学研究科, 特定助教 (50828978)
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| Project Period (FY) |
2019-06-28 – 2021-03-31
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| Keywords | RNA-seq / 光学技術 / トランスクリプトーム / ゲノム解析技術 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
生体組織には様々な細胞種が混在し、組織や細胞タイプごとに固有の遺伝子発現プロファイルをもつため、特定の細胞タイプを高純度に「分取」することが求められる。しかし、Laser microdissection 法では微小な細胞集団の分離が難しく、cell sortingでは酵素処理によるダメージは避けられない。そこで、本研究ではこのような「分取」技術に依存しない、顕微鏡で光照射した関心領域に限定した新たな RNA-seq 法、Photo-Isolation Chemistry (PIC) の開発を目指す。これは光開裂型の化学修飾を施した逆転写用 caged オリゴ DNA を組織切片や細胞に滴下し、関心領域（ROI）に 光照射後、常法通りの RNA-seq を行なうと ROI だけの遺伝子発現情報が取得できるといった技術である。
2019 年度内に PIC 法を確立し、胎生期の神経管の異なる 3 領域（光照射範囲：約75 μm径）に適応した。その結果、得られた発現プロファイルは照射領域ごとにクラスタリングされ、領域特異的な遺伝子も 204 個得られ、実際に in situ hybridizationで 領域特異的な発現を確認した。2020 年度は、PIC のさらなる超高解像度化を目指し、デジタルミラーデバイスを活用した光照射システムの構築を行い、光学限界の 数百 nm まで照射領域を限局することに成功した。この光照射システムを用い、細胞内の核内構造体の一つである核スペックルに限定した PIC を行なったところ、核スペックル特異的遺伝子である MALAT1 を検出することに成功した。したがって、PIC を用いることで、マクロ領域だけでなく、細胞内構造体にまで限定したミクロ領域からのトランスクリプトーム情報も正確に取得できることが示された。
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Research Products
(3 results)
