2021 Fiscal Year Annual Research Report
新しい脊椎動物モデル・キンギョの変異体の表現型多様性を作り上げる分子機構の理解
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19K22426
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| Research Institution | Nagahama Institute of Bio-Science and Technology |
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Principal Investigator |
大森 義裕 長浜バイオ大学, バイオサイエンス学部, 教授 (90469651)
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| Project Period (FY) |
2019-06-28 – 2022-03-31
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| Keywords | ゲノムワイド関連解析 / 脊椎動物モデル |
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| Outline of Annual Research Achievements |
令和3年度は、昨年度までに新たに作製した表現型をもつキンギョの雑種交配F1を掛け合わせてF2世代の作製を行った。十分な個体数のF2を得ることができた。新たにF2世代が得られた個体群について、DNA精製カラムを用いてゲノム精製を行い全ゲノムシーケンスとRADseqによる次世代DNAシーケンサーを用いた解析を行った。電気泳動により、20kb以上の高純度なDNAが精製されていることを確認した。Qbit解析により正確なDNAの定量を行いサンプルを調整した。さらに、表現型をもつキンギョの組織を単離し、ホモゲナイザーで組織を破砕しAGPC法（acid guanidinium thiocyanate-phenol-chloroform extraction）によりRNAを精製した。電気泳動によりRNAの精度を確認したところ精度の高いRNAであることが確認できた。こうして得られた材料を元に複数個体の野生型と変異体のRNAseq解析を進めた。FASTQファイルからHISAT2により私たちの構築したキンギョゲノムのRefseqに対してマッピングを行った。fpkm値をカウントし遺伝子発現量を比較した。これらのデータを元に変異体における原因遺伝子の同定や分子メカニズムの解明をすすめている。また、これまでに得られた品種間におけるゲノムワイド関連解析のデータの情報学的解析も継続して行っている。これらの解析によって得られた結果をもとに学会発表を行った。また、本プロジェクトの解析を元に得られた情報をもとに、出版社から依頼を受け専門家だけでなく一般に向けたキンギョの遺伝学に関する本を執筆中である。本プロジェクトによって得られた研究内容を元にした論文の執筆も進めており、近くこれを学術論文として投稿する予定である。
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