2019 Fiscal Year Research-status Report
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19K22451
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| Research Institution | Gifu University |
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Principal Investigator |
永井 宏樹 岐阜大学, 大学院医学系研究科, 教授 (80222173)
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| Project Period (FY) |
2019-06-28 – 2022-03-31
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| Keywords | 寄生・共生 / アカントアメーバ |
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| Outline of Annual Research Achievements |
以前の予備スクリーニングの際に得られた候補微生物のうち、クローニングが終了していなかったものについて、限界希釈法によるクローニングを行った。クローニングが完了したものから、アメーバ共培養系による培養の後、スクロース勾配遠心法により粗精製を行った。候補微生物の分類や今後の次世代シーケンシングによる展開を見据えて、ゲノムDNAの単離法の確立を行った。巨大ウイルスを含む様々な微生物から解析に適した品質のゲノムDNAの単離が行えるユニバーサルな方法は得られなかったが、基本的にはSDS存在下でプロテアーゼK処理後、有機溶媒にて抽出する古典的な方法により大多数のものは満足な単離が行えた。これが困難である場合、高濃度尿素を含む溶解液を利用することとした。SSU rRNAを標的とするPCRおよびPCR産物のサンガーシーケンシングにより、細菌は全て属レベル以上で同定された。ほとんどはプロテオバクテリア門細菌であったが、一部バクテロイデス門細菌が含まれていた。新種の可能性のある細菌も単離されたが、CPRクレードに属するような細菌はこれまでのところ見いだせていない。細菌と同定されなかったものについて、巨大ウイルスの手持ちのPCRプライマーセットによる検討を行い、多くは既知の巨大ウイルスの系統に分類できた。以上の検討によっても同定できない微生物・ウイルスについては、今後次世代シーケンシングによるゲノム解析を行う予定である。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
予備スクリーニングにより得られた候補微生物・ウイルスの同定は着実に進めており、当初計画どおり進捗していると考える。
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| Strategy for Future Research Activity |
今後、新たなサンプルのスクリーニングも並行して進める予定である。
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| Causes of Carryover |
次世代シーケンシングに関して、当初自研究室内でのロングリードシーケンシング(MinION)をすすめる予定であったが、共同研究者によるショートリードシーケンシング(Illumina)を先行させることとしたため、ロングリードシーケンシングを翌年度以降に行うこととした。
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