2021 Fiscal Year Research-status Report
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19K22451
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| Research Institution | Gifu University |
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Principal Investigator |
永井 宏樹 岐阜大学, 大学院医学系研究科, 教授 (80222173)
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| Project Period (FY) |
2019-06-28 – 2023-03-31
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| Keywords | 寄生 / 共生 / アカントアメーバ |
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| Outline of Annual Research Achievements |
これまでの研究により単離した候補微生物約150のうち、新属・新科以上の新規性が期待される放線菌門細菌２種のうち１種について、平行研究において完全ゲノムを得ることができた。ゲノム長4.45Mbp、72.4%と高いGC含量を持つことがひとつの特徴と言うことができる。ANI(Avereage Nucleotide idientity)解析で最も高いスコアは78.2%であり、このことは本細菌が新属以上の新規性を有していることと矛盾しない。今後、残る１株の完全ゲノムの目指すとともに、新種の細菌として記載を目指し必要な解析を進めているところである。
候補微生物のうち巨大ウイルスを含む巨大核質DNAウイルス(NCLDV)に分類される20種については、前年度までに明らかにしたミミウイルス科新規クレードと、新規パンドラウイルス１種について完全ゲノムの決定を目指して研究を進めているが、以下の問題により進捗が遅れている。1)アメーバ共培養系において増殖速度が遅く、長期間培養における系への真菌類のコンタミネーション制御法を確立する必要に迫られている。2)粗精製したウイルス粒子からのDNA精製において、精製効率が上がらず最適化が求められる。後者の問題については、水素結合ブレーカーを含む溶解液や新たな糖鎖切断酵素の使用により改善を得られる見込みである。今後、以上の問題を解決することにより、新規の巨大ウイルスとしての記載を目指して、解析を行っていきたい。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
研究実績の概要に記載した技術的な問題、および研究室共用基幹機器の故障により進捗に若干の遅れが生じている。
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| Strategy for Future Research Activity |
技術的な問題については、培養環境の見直し、DNA単離手法の最適化により克服することができると考えており、現在検討を行っている。故障機器については代替機の設置が令和4年4月に完了している。今後は当初計画通り研究を進めて行きたい。
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| Causes of Carryover |
技術的困難等により研究の進捗に遅れが生じている。次年度使用額については当初計画通り使用する。
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