Testing the evolutionary conservation of miRNA-target pairs identified by a new exhaustive method

2021 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 19K22460
• Research Institution: Tokyo Metropolitan University
• Principal Investigator: 野澤 昌文 東京都立大学, 理学研究科, 准教授 (50623534)
• Project Period (FY): 2019-06-28 – 2023-03-31
• Keywords: miRNA / ショウジョウバエ / 大規模シーケンス / 遺伝子発現

Outline of Annual Research Achievements

昨年度に引き続き、おもにキイロショウジョウバエ（Drosophila melanogaster）を用いてmiRNAと標的遺伝子のペアを効率的にシーケンスする方法の改良を試みた。いくつかの条件を検討したが、いずれの条件においても得られたリードのうちmiRNAと標的遺伝子がペアになっているリードはごくわずかであり、手法の確立には至らなかった。
一方、昨年度に行ったナノポアロングリードシーケンスとイルミナショートリードシーケンスを組み合わせた高精度ゲノム構築については、特にロングリードシーケンスのためのDNA抽出法とシーケンス法のプロトコルを確立することができた。また、解析の手法についてもおおよそ確立できた。また、通常配列決定が困難なY染色体配列を常染色体やX染色体と識別する手法を利用し、約1MbpのY染色体配列を決定することに成功した。得られた高精度ゲノム配列はmiRNA-標的遺伝子ペアの染色体上の位置を同定するうえで有用であると期待している。

Current Status of Research Progress

4: Progress in research has been delayed.

Reason

今のところ、効率的なmiRNA-標的遺伝子ペアの同定法を確立できていないため。また、今年度も昨年度に引き続き、新型コロナウイルスの影響で実験解析に影響があったため。所属機関で発生した火災も多少影響したため。

Strategy for Future Research Activity

研究期間の1年間の延長を認めていただいたので、あと1年でmiRNA-標的遺伝子ペアを同定するための手法確立の糸口をつかみたいと考えている。また、キイロショウジョウバエの変異体を用いたmiRNA-標的遺伝子ペアの同定も並行して行う予定である。

Causes of Carryover

miRNA-標的遺伝子ペアの効率的な同定法を確立できず、予算を消化できなかったため。また、昨年度の引き続き、新型コロナウィルスの影響で予定通り研究が進まなかったため。