2019 Fiscal Year Research-status Report
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19K22566
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| Research Institution | Kagoshima University |
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Principal Investigator |
古川 龍彦 鹿児島大学, 医歯学域医学系, 教授 (40219100)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
南 謙太朗 鹿児島大学, 医歯学総合研究科, 特任研究員 (20735956)
大槻 純男 熊本大学, 大学院生命科学研究部(薬), 教授 (60323036)
落合 博 広島大学, 統合生命科学研究科(理), 講師 (60640753)
中岡 博史 国立遺伝学研究所, ゲノム・進化研究系, 助教 (70611193)
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| Project Period (FY) |
2019-06-28 – 2021-03-31
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| Keywords | 遺伝子増幅 / コピー数変化 / ゲノム / オートファジー / がん抑制遺伝子 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
この期間にcrisper cas9を用いて増幅遺伝子を可視化に取り組んだ。すでに行っていたSNPアレイの結果からMGEM6細胞で遺伝子増幅が起こっていると予想される染色体11短腕の15.5-15.4範囲でRRM1遺伝子のゲノムを含まない範囲について短い繰り返し配列を用いてラベルを行うことを計画した。しかし、適切に使用できると判断できる部分がなかったために、増幅部分に多数のガイドRNAを設計して、可視化を試みた。しかし、蛍光の強度を十分に上昇させることができず。当初の計画は変更して繰り返し配列中に蛍光遺伝子をKock-in すること、また、増幅部分の実際の遺伝子配列の詳細を明らかにしアンプリコンの全体像を明らかにするために現在ロングシークエンスによる全ゲノムシークエンスを計画中である。Crisperを用いたゲノムのラベルについて検討するとともに、CHIPシークエンスの条件検討を行っている。
また、肺がん細胞A549のテトラサイクリン誘導性プロモーターを持つBHLHE41発現細胞株を樹立して、ドキシサイクリンの存在下でこの細胞の増殖抑制効果を確認した。BHLHE41の発現を誘導したとき、cleaved caspase3の発現は見られず、アポトーシスは否定的で、LCIIの蓄積が起こっていること、クロロキンを作用させたときにLCIIの蓄積が抑制さえることなどの結果からBHLHE41発現によってオートファジー細胞死が誘導されることを確認した。さらにドキシサイクリ含有した水をのませることでXenograftモデルでの腫瘍の縮小効果を確認することができた。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
増幅遺伝子を可視化について当初の計画の技術的な困難を克服することが難しかったので、計画変更が必要となったため。
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| Strategy for Future Research Activity |
可視化に関しては繰り返し配列中に蛍光遺伝子をKock-in することを計画している。免疫沈降などの条件が計画通り進行できない場合にも必要なな情報を得るために、Pac-Bioを用いたロングシークエンスによる全ゲノム解列解析とATAC-seq (Assay for Transposase Accessible Chromatin Sequencing）を計画している。
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| Causes of Carryover |
7月からの執行であったこと、また一部計画に変更の必要が生じたために次年度使用額が生じた。次年度使用額については2020年度に実施を計画しているATAC-seqの経費に主に使用する予定である。
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[Journal Article] Involvement of ribosomal protein L11 expression in sensitivity of gastric cancer against 5-FU.2020
Author(s)
Kawahata T, Kawahara K, Shimokawa M, Sakiyama A, Shiraishi T, Minami K, Yamamoto M, Shinsato Y, Arima K, Hamada T, Furukawa T.
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Journal Title
Oncol Lett.
Volume: 19
Pages: 2258-2264
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] FARP1 boosts CDC42 activity from integrin αvβ5 signaling and correlates with poor prognosis of advanced gastric cancer.2020
Author(s)
Hirano T, Shinsato Y, Tanabe K, Higa N, Kamil M, Kawahara K, Yamamoto M, Minami K, Shimokawa M, Arigami T, Yanagita S, Matushita D, Uenosono Y, Ishigami S, Kijima Y, Maemura K, Kitazono I, Tanimoto A, Furukawa T, Natsugoe S.
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Journal Title
Oncogenesis
Volume: 9
Pages: 1-14
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] Formin-like 1 (FMNL1) Is Associated with Glioblastoma Multiforme Mesenchymal Subtype and Independently Predicts Poor Prognosis.2020
Author(s)
Higa N, Shinsato Y, Kamil M, Hirano T, Takajo T, Shimokawa M, Minami K, Yamamoto M, Kawahara K, Yonezawa H, Hirano H, Furukawa T, Yoshimoto K, Arita K.
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Journal Title
Int J Mol Sci.
Volume: 20
Pages: 6355-63
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] 5-Aza-2-deoxycytidine Enhances the Sensitivity of 5-Fluorouracil by Demethylation of the Thymidine Phosphorylase Promoter.2019
Author(s)
Nishizawa Y, Ikeda R, Yamamoto M, Kawahara K, Shinsato Y, Minami K, Nitta M, Terazono H, Akiyama SI, Furukawa T, Takeda Y.
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Journal Title
Anticancer Res.
Volume: 39
Pages: 4129-4136
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] mRNA Therapy Improves Metabolic and Behavioral Abnormalities in a Murine Model of Citrin Deficiency.2019
Author(s)
Cao J, An D, Galduroz M, Zhuo J, Liang S, Eybye M, Frassetto A, Kuroda E, Funahashi A, Santana J, Mihai C, Benenato KE, Kumarasinghe ES, Sabnis S, Salerno T, Coughlan K, Miracco EJ, Levy B, Besin G, Schultz J, Lukacs C, Guey L, Finn P, Furukawa T, Giangrande PH, Saheki T, Martini PGV.
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Journal Title
Mol Ther.
Volume: 27
Pages: 1242-1251
DOI
Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
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