2019 Fiscal Year Research-status Report
Elucidation of the interaction between human commensal bacterial flora and host genetic alterations in the digestive tract
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19K22651
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| Research Institution | Niigata University |
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Principal Investigator |
若井 俊文 新潟大学, 医歯学系, 教授 (50372470)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
奥田 修二郎 新潟大学, 医歯学系, 准教授 (00512310)
坂田 純 新潟大学, 医歯学系, 講師 (70447605)
島田 能史 新潟大学, 医歯学系, 助教 (20706460)
永橋 昌幸 新潟大学, 医歯学総合病院, 研究准教授 (30743918)
市川 寛 新潟大学, 医歯学系, 助教 (50721875)
廣瀬 雄己 新潟大学, 医歯学総合病院, 特任助教 (10737365)
油座 築 新潟大学, 医歯学総合病院, 医員 (00745565)
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| Project Period (FY) |
2019-06-28 – 2022-03-31
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| Keywords | ヒト共生細菌叢 / 癌遺伝子異常 / 消化器 / 伝播経路 / 薬物療法 / バイオマーカー |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究の目的は、「癌遺伝子変異データ、細菌叢ゲノムデータを高次元解析し、癌と関連する細菌叢バイオマーカー及び薬物療法における治療効果の予測が可能となる細菌叢バイオマーカー同定すること」である。臨床応用に向けたMicrobiome-based Precision Medicine（細菌叢を基盤とした精密医療）という新たな治療体系の礎を築くことを目指す。
消化器癌と細菌叢との類似研究における未解明な課題として、細菌叢と宿主（ヒト）の癌遺伝子異常との相互作用があげられる。本研究の意義は、癌における遺伝子異常と癌に共生する細菌（叢）とを同時にゲノム解析することにより、細菌叢と宿主（ヒト）の癌遺伝子異常との相互作用を究明できる点にある。
2019年度は、大腸癌および周囲の非癌粘膜内の腸内細菌叢を16S RNA遺伝子解析し、大腸癌における遺伝子異常との関連性をバイオインフォマティクスによる高次元解析により解析を行っている。宿主（ヒト）における各種体液（唾液、胃液、胆汁、膵液、腸液、糞便）中の細菌叢もターゲットにして、胆道癌、膵癌における各種体液（唾液、胃液、胆汁、膵液、腸液、糞便）中の細菌叢を16S RNA遺伝子解析した。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
2019年度は、29例の大腸癌および周囲の非癌粘膜内の腸内細菌叢を16S RNA遺伝子解析し、本研究方法により細菌叢の同定が可能であることを確認した。大腸癌における腸内細菌叢と遺伝子異常との関連性をバイオインフォマティクスによる高次元解析により解析を行っている。
宿主（ヒト）における各種体液（唾液、胃液、胆汁、膵液、腸液、糞便）中の細菌叢もターゲットにして、胆道癌11例、膵癌4例における各種体液（唾液、胃液、胆汁、膵液、腸液、糞便）中の細菌叢を16S RNA遺伝子解析した。
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| Strategy for Future Research Activity |
2020年度は、大腸癌のFFPEサンプルからDNA抽出を行い、大腸癌および周囲の非癌粘膜内の腸内細菌叢を16S RNA遺伝子解析を行う。大腸癌における腸内細菌叢と遺伝子異常との関連性を解明するために、大腸癌で100例以上のゲノムデータ（16S RNA遺伝子解析データおよび癌遺伝子異常のデータ）の集積を行い、大腸癌における腸内細菌叢と遺伝子異常との関連性をバイオインフォマティクスによる高次元解析により解析を行う。
腸内細菌叢の16S RNA遺伝子解析の際には、肝転移巣、転移リンパ節もサンプリング収集を行い、解析を行う。
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| Causes of Carryover |
FFPEサンプルからDNA抽出を行い、16S RNA遺伝子解析を行う発注が間に合わなかったためである。2020年度は、大腸癌のFFPEサンプルからDNA抽出を行い、大腸癌および周囲の非癌粘膜内の腸内細菌叢を16S RNA遺伝子解析を行う使用計画を立てている。
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