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2021 Fiscal Year Annual Research Report

バリノマイシンのカリウムイオン選択性の水和効果の解明

Research Project

Project/Area Number 19K23624
Research InstitutionTokyo Institute of Technology

Principal Investigator

平田 圭祐  東京工業大学, 理学院, 助教 (80845777)

Project Period (FY) 2019-08-30 – 2022-03-31
Keywordsバリノマイシン / 水和効果 / 赤外分光 / エレクトロスプレーイオン化 / 質量分析
Outline of Annual Research Achievements

気相中で冷却されたバリノマイシン(VM)-金属(Na, K)錯体とその水和クラスターの赤外スペクトルを測定し、量子化学計算との比較から錯体の分子構造を決定した。VM-金属錯体ではK+のみならずNa+でも同様に八面体型六配位構造をとることが分かった。一方、水和クラスターでは水分子の結合サイトがK+とNa+で大きく異なり、VM-Na+錯体では水1分子でVM骨格が大きく歪むことが分かった。密度汎関数法によるエネルギー計算の結果から、VMのK+選択性はVMの空孔とイオンサイズのマッチングの効果とVM-金属錯体の溶媒和安定化の効果の両者が重要であることが分かった。前者は理論計算で予測されていたが、本研究の進展により初めてこれが実証された。後者はこれまで考えられてこなかった全く新たな効果であり、バリノマイシンのみならず多様なイオン選択性分子においても同様の効果が発現する可能性が示唆された。

  • Research Products

    (10 results)

All 2022 2021 Other

All Int'l Joint Research (3 results) Journal Article (5 results) (of which Int'l Joint Research: 5 results,  Peer Reviewed: 5 results,  Open Access: 1 results) Presentation (2 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results)

  • [Int'l Joint Research] イリノイ大/パシフィックノースウェスト国立研究所(米国)

    • Country Name
      U.S.A.
    • Counterpart Institution
      イリノイ大/パシフィックノースウェスト国立研究所
  • [Int'l Joint Research] パリ大学(フランス)

    • Country Name
      FRANCE
    • Counterpart Institution
      パリ大学
  • [Int'l Joint Research] ベルリン工科大学(ドイツ)

    • Country Name
      GERMANY
    • Counterpart Institution
      ベルリン工科大学
  • [Journal Article] Collision-assisted stripping for determination of microsolvation-dependent protonation sites in hydrated clusters by cryogenic ion trap infrared spectroscopy: the case of benzocaineH<sup>+</sup>(H<sub>2</sub>O)<sub><i>n</i></sub>2022

    • Author(s)
      Hirata Keisuke、Haddad Fuad、Dopfer Otto、Ishiuchi Shun-ichi、Fujii Masaaki
    • Journal Title

      Physical Chemistry Chemical Physics

      Volume: 24 Pages: 5774~5779

    • DOI

      10.1039/D1CP05762F

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Gas phase protonated nicotine is a mixture of pyridine- and pyrrolidine-protonated conformers: implications for its native structure in the nicotinic acetylcholine receptor2022

    • Author(s)
      Takeda Naoya、Hirata Keisuke、Tsuruta Kazuya、Santis Garrett D.、Xantheas Sotiris S.、Ishiuchi Shun-ichi、Fujii Masaaki
    • Journal Title

      Physical Chemistry Chemical Physics

      Volume: 24 Pages: 5786~5793

    • DOI

      10.1039/D1CP05175J

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Hydration-controlled excited-state relaxation in protonated dopamine studied by cryogenic ion spectroscopy2021

    • Author(s)
      Hirata Keisuke、Kasai Ken-ichi、Gregoire Gilles、Ishiuchi Shun-ichi、Fujii Masaaki
    • Journal Title

      The Journal of Chemical Physics

      Volume: 155 Pages: 151101~151101

    • DOI

      10.1063/5.0066919

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Double Ion Trap Laser Spectroscopy of Alkali Metal Ion Complexes with a Partial Peptide of the Selectivity Filter in K<sup>+</sup> Channels─Temperature Effect and Barrier for Conformational Conversions2021

    • Author(s)
      Suzuki Yukina、Hirata Keisuke、Lisy James M.、Ishiuchi Shun-ichi、Fujii Masaaki
    • Journal Title

      The Journal of Physical Chemistry A

      Volume: 125 Pages: 9609~9618

    • DOI

      10.1021/acs.jpca.1c06440

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Potassium and sodium ion complexes with a partial peptide of the selectivity filter in K<sup>+</sup> channels studied by cold ion trap infrared spectroscopy: the effect of hydration2021

    • Author(s)
      Negoro Takumi、Hirata Keisuke、Lisy James M.、Ishiuchi Shun-ichi、Fujii Masaaki
    • Journal Title

      Physical Chemistry Chemical Physics

      Volume: 23 Pages: 12045~12050

    • DOI

      10.1039/D1CP00936B

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Presentation] Vibrational spectroscopy of hydrated clusters of valinomycin-metal complexes: Watching single water hydration2021

    • Author(s)
      Keisuke Hirata, Eiko Sato, Shun-ichi Ishiuchi, Masaaki Fujii
    • Organizer
      Pacifichem 2021
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Cold ion trap infrared spectroscopy of Beauvericin metal complexes - Ionic radius dependence of conformations2021

    • Author(s)
      Kien Vo, Keisuke Hirata, James M. Lisy, Shun-ichi Ishiuchi, Masaaki Fujii
    • Organizer
      第15回分子科学討論会

URL: 

Published: 2022-12-28  

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