Analysis of molecular evolution of various respiratory viruses in an area of the Philippines

2022 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 19KK0204
• Research Institution: Tohoku University
• Principal Investigator: 押谷 仁 東北大学, 医学系研究科, 教授 (80419994)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 乙丸 礼乃 長崎大学, 熱帯医学研究所, 助教 (00849416) ; 岡本 道子 東北大学, 医学系研究科, 助教 (10593981) ; 古瀬 祐気 長崎大学, 医歯薬学総合研究科(医学系), 教授 (50740940) ; 小田切 崇 岩手医科大学, 医学部, 助教 (80770221)
• Project Period (FY): 2019-10-07 – 2024-03-31
• Keywords: 呼吸器感染症 / フィリピン / コロナウイルス / ライノウイルス

Outline of Annual Research Achievements

フィリピンのビリラン島で実施してきた呼吸器感染症に関する研究で得られたさまざまな呼吸器ウイルスの解析を行うことを目的としてきた。ビリラン島の研究はCOVID-19パンデミックのために中断していたが、2022年9月に研究が再開され、RSウイルスなど多くの呼吸器ウイルスが検出されてきている。また、COVID-19流行以前に採取された検体についてもさまざまな観点から解析を行った。ライノウイルスは最も高い頻度で検出される呼吸器ウイルスであるが、その病因的意義は十分に確立していない。特に新たに検出されたライノウイルスC（RV-C）は重症化に関与している可能性が指摘されているが、重症化に関与しているという確実なデータは得られていなかった。ビリラン島におけるデータから既存のRV-A・RV-BとRV-Cの重症度を比較した結果、RV-Cは重症例が多く、特にRV-CとRV-AのRecombinationの結果生じたと考えられるウイルスの感染例で重症例が多いことが明らかになった（Open Forum Infect Dis. 2022 ）。また、既存のヒトコロナウイルスであるOC43について全ゲノムシークエンスを行い、OC43ではSARS-CoV-2に比べて進化速度が遅いことが明らかになった。また、ビリラン島で採取された小児血清から既存のヒトコロナウイルス（OC43, 229E, NL63, HKU1)に対する抗体価を分析した結果、いずれのウイルスに対しても高い抗体価を保有することが明らかになった。ELISAではSARS-CoV-2に対して交差反応を示したが、明らかな中和抗体がある検体は認められなかった（Sci Rep. 2023）。

Current Status of Research Progress

3: Progress in research has been slightly delayed.

Reason

ビリラン島での検体採取はCOVID-19のパンデミックのために中断されていたが、2022年9月に検体採取を再開した。またフィリピン側の研究者の多くもCOVID-19対応のために他のウイルスの解析に充てる時間のない状況が続いていたが、現在はその状況も改善している。

Strategy for Future Research Activity

ビリラン島で検体採取が再開され、多くのウイルスが検出されているため、それらのウイルスを含め解析を行っていく。特にCOVID-19流行期には多くの呼吸器ウイルスの伝播が見られない状況だったために伝播が再開した後のウイルスの変化についても解析を進めていく。

Causes of Carryover

ビリラン島での検体採取はCOVID-19のパンデミックのために中断されていたが、2022年9月に検体採取を再開した。またフィリピン側の研究者の多くもCOVID-19対応のために他のウイルスの解析に充てる時間のない状況が続いていたが、現在はその状況も改善しているため検体採取のための準備を行う必要がある。

Research Products

• [Int'l Joint Research] Research Institute for Tropical Medicine(フィリピン)
  • Country Name: PHILIPPINES
  • Counterpart Institution: Research Institute for Tropical Medicine
• [Journal Article] Seroprevalence of four endemic human coronaviruses and, reactivity and neutralization capability against SARS-CoV-2 among children in the Philippines (2023)
  • Author(s): Sayama Y, Okamoto M, Saito M, Saito-Obata M, Tamaki R, Joboco CD, Lupisan S, Oshitani H.
  • Journal Title: Scintific Reports Volume: 13 Pages: 2310
  • DOI: 10.1038/s41598-023-29072-3.
  • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Cartography of SARS‐CoV‐2 variants based on the susceptibility to therapeutic monoclonal antibodies (2022)
  • Author(s): Furuse Yuki
  • Journal Title: Journal of Medical Virology Volume: 95 Pages: e28275
  • DOI: 10.1002/jmv.28275
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Properties of the Omicron Variant of SARS-CoV-2 Affect Public Health Measure Effectiveness in the COVID-19 Epidemic (2022)
  • Author(s): Furuse Yuki
  • Journal Title: International Journal of Environmental Research and Public Health Volume: 19 Pages: 4930
  • DOI: 10.3390/ijerph19094930
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Comparison of Rhinovirus A-, B-, and C-Associated Respiratory Tract Illness Severity Based on the 5'-Untranslated Region Among Children Younger Than 5 Years (2022)
  • Author(s): Sayama A, Okamoto M, Tamaki R, Saito-Obata M, Saito M, Kamigaki T, Sayama Y, Lirio I, Manalo JIG, Tallo VL, Lupisan SP, Oshitani H.
  • Journal Title: Open Forum of Infectious Diseases Volume: 9 Pages: ofac387
  • DOI: 10.1093/ofid/ofac387.
  • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
• [Presentation] 公衆衛生・国際保健・感染症対策の実際 ―エボラとコロナの経験から― (2022)
  • Author(s): 古瀬祐気
  • Organizer: 九州沖縄小児感染免疫カンファレンス、オンライン
• [Presentation] あの感染症対策の中の人 (2022)
  • Author(s): 古瀬祐気
  • Organizer: 異分野融合研究における細胞ダイバーシティの数理科学的解析に向けて; 新潟; 2022年8月
• [Remarks] 長崎大学医学部／ 大学院医歯薬学総合研究科 ウイルス学分野 古瀬祐気 研究室
  • URL: https://furuse-lab.mystrikingly.com/