2019 Fiscal Year Research-status Report
Relationship between microbiota changes on the epithelium and onset of epithelial infectious diseases caused by HIV infection, and application to palliative care against the diseases
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19KK0243
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| Research Institution | Kanazawa University |
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Principal Investigator |
岡本 成史 金沢大学, 保健学系, 教授 (50311759)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
倉石 貴透 金沢大学, 薬学系, 准教授 (90613167)
大貝 和裕 金沢大学, 保健学系, 准教授 (40706983)
須釜 淳子 金沢大学, 新学術創成研究機構, 教授 (00203307)
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| Project Period (FY) |
2019-10-07 – 2023-03-31
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| Keywords | 皮膚細菌叢 / カメルーン / 採取方法 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究初年度では、カメルーンのヤウンデ第一大学の所在地であるカメルーン・ヤウンデでの皮膚細菌叢の採取方法について教育、指導を行い、適切な採取方法とその条件を確認した。さらに、本研究遂行に協力する感染初期，無症候期，AIDS発症期の各HIV感染者および，同世代の健常者からボランティアの募集をスタートさせ、インフォームドコンセントを行った上で同意承諾書に署名し、それが完了したボランティアの方から皮膚細菌叢の採取を始めた。
また、カメルーンなどの発展途上国における皮膚細菌叢に関するマイクロバイオーム解析を行った例はなく、さらにHIV感染者、AIDS発症者に対する皮膚細菌叢の解析が可能か否か不明であったため、カメルーンの健常人ボランティア1名、HIV感染者2名、AIDS発症者2名の御協力の下、額、後頭部、前腕部の各皮膚から細菌叢を採取し、それらのサンプルからマイクロバイオーム解析が可能か否か検討することとした。
その結果、16SリボソームRNA遺伝子のコピー数の中央値は、部位によって異なり、前腕部や後頭部の各皮膚に比べて、額部分の皮膚から収集したものが最も多くの細菌叢を採取することを明らかにした。
以上の結果は、我々の採取方法を使用して表面皮膚微生物を収集することが発展途上国で実現可能であることを示唆するものである。さらに、リソースが限られている場合でも、皮膚の微生物叢の研究が可能であり、次世代のシーケンスなどのさらなるメタゲノム分析を行うことができることを示した。これらの結果に基づき、今後、本研究課題の計画に沿って本格的に研究を進めていく。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
本研究を遂行するにあたり、これまで我々が行ってきた解析方法が、発展途上国などのリソースの乏しい地域においても可能か、また、皮膚細菌叢に関する研究遂行が可能かを明確にする必要があった。本年度の研究では、我々の行っているスワブ法による採取により、マイクロバイオーム解析に必要な皮膚細菌叢のDNAを十分量採取できることを確認でき、今後の解析を遂行することを可能であることを明らかにした。
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| Strategy for Future Research Activity |
皮膚・粘膜表層，糞便中から常在微生物叢を採取し，次世代シーケンス解析 (NGS)を行う．その結果から各グループの皮膚粘膜表層に存在する常在微生物叢の詳細と特徴を検討する．
感染初期，無症候期，AIDS発症期の各HIV感染者グループならびに健常者グループの皮膚・口腔・咽頭・鼻腔粘膜，ならびに糞便を採取し，常在細菌叢を採取する．採取した皮膚常在微生物叢の一部は，寒天培地にて培養した後，分離して保存し，残りは微生物のDNA採取に用い，そのDNAを日本に送付する．その後，カメルーンスタッフも含めた研究協力者10名が日本国内で次世代シーケンス解析を行い，各グループの皮膚粘膜表層に存在する常在微生物叢変化の詳細と特徴を日本側の研究者らにより解析する．特に皮膚粘膜感染症を発症しているHIV感染者で特異的に減少，または増加する常在微生物叢の構成細菌を明らかにする．
また、カメルーンの研究者とさらなる打合せを行い、測定した被験者の免疫状態に関する測定方法の具体的な検討をすすめていく。
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| Causes of Carryover |
3月末に掲載が決まった論文の掲載料金が年度末ギリギリでの支払いとなり、ドル建て支払で金額調整が難しく、次年度に使用する金額が発生した。この金額および次年度に請求した助成金については、継続して行う研究で使用する消耗品購入にあてることとする予定である。
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