2008 Fiscal Year Annual Research Report
In silico解析とin vitro解析によるRNAスプライシング機構の研究
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20016011
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| Research Institution | Nagoya University |
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Principal Investigator |
大野 欽司 Nagoya University, 大学院・医学系研究科, 教授 (80397455)
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| Keywords | スプライシング遺伝子変異 / スプライシングブランチポイント / siRNA設計アルゴリズム |
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| Research Abstract |
1. Splice donor siteの予測アルゴリズムとsiRNA設計アルゴリズムのウェブサービス
支援班のサポートによりsplice donor siteの遺伝子変異のスプライシング結果を予測するアルゴリズム(SD Score, http:www.med.nagoya-u.ac.jp/neurogenetics/SD_Score/sd_score.html)のウェブサービスとsiRNA設計アルゴリズム(iScore, http://www.med.nagoya-u.ac.jp/neurogenetics/i_Score/i_score.html)のウェブサービスを開始した。
2. ヒトbranch pointコンセンサス塩基配列の決定
ヒト20種類のhouse keeping genesの52のintronsを対象に367個のlariat clonesを解析した。Branch pointsの塩基は、92.3%A,3.3%C,1.7%G,2.8%Uであった。ヒトのbranch pointコンセンサス配列はyUnAyであることが判明した。Branch pointsの83%は-34位から-21位に存在した。Polypyrimidine tractはbranch pointの下流4から24塩基に存在した。ヒトのbranch pointコンセンサス配列は、予想されるよりもdegenerativeであり、branch pointは他のsplicing cis-element(s)と同時に認識をされている可能性が高いと思われた。
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