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2009 Fiscal Year Final Research Report

Principles of promoter acquisition mechanism in symbiogenesis

Research Project

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Project/Area Number 20017015
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas

Allocation TypeSingle-year Grants
Review Section Biological Sciences
Research InstitutionNagoya University

Principal Investigator

OBOKATA Junichi  Nagoya University, 遺伝子実験施設, 招へい教員 (50185667)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) YAMAMOTO Yoshiharu  岐阜大学, 応用生物科学部, 准教授 (50301784)
Project Period (FY) 2008 – 2009
Keywordsシンビオジェネシス / プロモーター獲得 / クロマチンリモデリング / エピゲノム / H2A.Z / H3K4me3 / 植物ゲノム / ChIP-on-chip解析
Research Abstract

In endosymbiotic evolution, genes of the endosymbionts are gradually transferred to the host nucleus whereby they obtained new promoters to become functional host genes. We analyzed the molecular process of this promoter acquisition, using promoter trap lines of Arabidopsis as a model system. As a result, we found that the promoter acquisition occurs in three types ; namely de novo origination type, trapping preexisting promoter type, and the combination type of the former two. Further analyses of these subtypes revealed that the de novo origination of new promoters is closely related with chromatin remodeling that occurs at the insertion sites of the coding sequences.

  • Research Products

    (38 results)

All 2010 2009 2008 Other

All Journal Article (12 results) (of which Peer Reviewed: 10 results) Presentation (20 results) Book (4 results) Remarks (2 results)

  • [Journal Article] 高等植物におけるpol-II依存性プロモーター2010

    • Author(s)
      山本義治
    • Journal Title

      横浜市立大学論叢 60

      Pages: 133-142

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Identification of photosynhetic sacoglossans from Japan.2009

    • Author(s)
      Yamamoto YY, Yusa Y, Yamamoto S. Hirano Y, Hirano Y, Motomura T, Tanemura T, Obokata J.
    • Journal Title

      Endocytobiosis Cell Res 19

      Pages: 112-119

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Live imaging of chloroplast FtsZ1 filaments, rings, spirals, and motile dot structures in the AtMinE1 mutant and overexpressor of Arabidopsis thaliana.2009

    • Author(s)
      Fujiwara M, Sekine K, Yamamoto YY, Abe T, Sato N, Itoh R.
    • Journal Title

      Plant Cell Physiol 50

      Pages: 1116-1126

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Heterogeneity of Arabidopsis core promoters revealed by high density TSS analysis.2009

    • Author(s)
      Yamamoto YY, Yoshitsugu T, Sakurai T, Seki M, Shinozaki K, Obokata J.
    • Journal Title

      Plant J 60

      Pages: 350-362

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Two RNA editing sites with cis-acting elements of moderate sequence identity are recognized by an identical site-recognition protein in tobacco chloroplasts.2008

    • Author(s)
      Kobayashi Y, Matsuo M, Sakamoto K, Wakasugi T, Yamada K, Obokata J.
    • Journal Title

      Nucleic Acids Res 36

      Pages: 311-318

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] ppdb: a plant promoter database.2008

    • Author(s)
      Yamamoto YY, Obokata J.
    • Journal Title

      Nucleic Acids Res 36

      Pages: D977-981

  • [Journal Article] Three novel subunits of Arabidopsis chloroplastic NAD(P)H dehydrogenase identified by bioinformatic and reverse genetic approaches.2008

    • Author(s)
      Takabayashi A, Ishikawa N, Obayashi T, Ishida S, Obokata J, Endo T, Sato F.
    • Journal Title

      Plant J 57

      Pages: 207-219

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Widespread translational inhibition by plant miRNAs and siRNAs.2008

    • Author(s)
      Brodersen P, Sakvarelidze-Achard L, Bruun-Rasmussen M, Dunoyer P, Yamamoto YY, Sieburth L, Voinnet O.
    • Journal Title

      Science 320

      Pages: 1185-1190

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] LET-dependent effects of heavy-ion beam irradiation in Arabidopsis thaliana.2008

    • Author(s)
      Kazama Y, Saito H, Yamamoto YY, Hayashi Y, Ichida H, Ryuto H, Fukunishi N, Abe T.
    • Journal Title

      Plant Biotech 25

      Pages: 113-117

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] タバコ形質転換法2008

    • Author(s)
      長尾一生、山本義治、小保方潤一
    • Journal Title

      北海道大学低温科学研究所・日本光合成研究会、光合成研究法、低温科学 67

      Pages: 617-621

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] タバコ2008

    • Author(s)
      山本義治、小保方潤一
    • Journal Title

      北海道大学低温科学研究所・日本光合成研究会、光合成研究法、低温科学 67

      Pages: 39-41

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 光合成をするウミウシ

    • Author(s)
      山本義治、種村尚典、遊佐陽一、平野弥生、平野義明、本村泰三、小保方潤一
    • Journal Title

      うみうし通信 60

      Pages: 10-11

  • [Presentation] 植物核に挿入されたコード領域はヌクレオソームと転写単位の再編成を引き起こす2010

    • Author(s)
      工藤久幸、松尾充啓、木村宏、中邨真之、山本義治、小保方潤一
    • Organizer
      第51回植物生理学会年会
    • Place of Presentation
      熊本大学
    • Year and Date
      2010-03-18
  • [Presentation] コアプロモーターと遺伝子の構造や機能との関係2009

    • Author(s)
      山本義治、小保方潤一
    • Organizer
      第50回日本植物生理学会年会
    • Place of Presentation
      名古屋大学
    • Year and Date
      20090321-20090324
  • [Presentation] Pol IIの転写開始位置の決定に関わるコード領域の役割2009

    • Author(s)
      工藤久幸、山本義治、中邨真之、小保方潤一
    • Organizer
      第32回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      横浜
    • Year and Date
      2009-12-12
  • [Presentation] 植物プロモーター工場2009

    • Author(s)
      吉岡洋平、Naznin Hushna Ara、百町満朗、小林安文、小山博之、小林佑理子、井内聖、小林正智、坂井優作、山本義治
    • Organizer
      第32回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      横浜
    • Year and Date
      2009-12-12
  • [Presentation] 植物ゲノムの流動性とプロモーターのダイナミズム-オルガネラから核への遺伝子移動はどのように生じるのか?2009

    • Author(s)
      小保方潤一
    • Organizer
      2009年度日本植物学会近畿支部会・藻類談話会合同大会
    • Place of Presentation
      神戸大学
    • Year and Date
      2009-11-14
  • [Presentation] マイクロアレイデータを用いたシス配列予測2009

    • Author(s)
      吉岡洋平、Naznin Hushna Ara、百町満朗、小林安文、小山博之、小林佑理子、井内聖、小林正智、山本義治
    • Organizer
      日本植物病理学会関西支部会
    • Place of Presentation
      神戸
    • Year and Date
      2009-10-18
  • [Presentation] Analysis of cis-regulatory elements in the promoters of genes related with disease resistance.2009

    • Author(s)
      Naznin Hushna Ara, Yohei Yoshioka, Mitsuro Hyakumachi, Yoshiharu Y. Yamamoto.
    • Organizer
      日本植物病理学会関西支部会
    • Place of Presentation
      神戸
    • Year and Date
      2009-10-17
  • [Presentation] シロイヌナズナの全身的抵抗性誘導に関するマイクロアレイデータの比較解析2009

    • Author(s)
      吉岡洋平、Naznin Hushna Ara、山本義治、百町満朗
    • Organizer
      日本植物病理学会関西支部会
    • Place of Presentation
      神戸
    • Year and Date
      2009-10-17
  • [Presentation] 植物プロモーターデータベースppdbの構築2009

    • Author(s)
      山本義治、佐藤直樹、小保方潤一
    • Organizer
      日本育種学会秋季大会
    • Place of Presentation
      札幌
    • Year and Date
      2009-09-26
  • [Presentation] シロイヌナズナ葉緑体ゲノム由来の核DNA (nupDNA)のプロモーター獲得について2009

    • Author(s)
      山本義治、松尾充啓、小保方潤一
    • Organizer
      日本遺伝学会年会
    • Place of Presentation
      松本
    • Year and Date
      2009-09-16
  • [Presentation] クラミドモナスにおけるオルガネラ間相互作用の解析ー単細胞藻類だからみえること2009

    • Author(s)
      松尾充啓、福澤秀哉、田畑哲之、小保方潤一
    • Organizer
      第7回クラミドモナスワークショップ
    • Place of Presentation
      名古屋大学野依学術交流館
    • Year and Date
      2009-03-26
  • [Presentation] 葉緑体から核への遺伝子移動はどのように生じるのか?2009

    • Author(s)
      小保方潤一
    • Organizer
      第4回「光計測技術と生物発光リアルタイム測定システムの応用」研究会
    • Place of Presentation
      名大・野依学術交流館
    • Year and Date
      2009-03-06
  • [Presentation] ppdb 2. 0:植物プロモーターデータベース2008

    • Author(s)
      山本義治、小保方潤一
    • Organizer
      BMB2008(第31回日本分子生物学会年会/第81回日本生化学会大会合同大会)
    • Place of Presentation
      神戸ポートアイランド神戸
    • Year and Date
      20081209-20081212
  • [Presentation] コード領域の上流近傍における転写開始位置の決定機構2008

    • Author(s)
      工藤久幸、山本義治、中邨真之、大谷将人、長谷川桂子、小保方潤一
    • Organizer
      BMB2008(第31回日本分子生物学会年会/第81回日本生化学会大会合同大会)
    • Place of Presentation
      神戸
    • Year and Date
      20081209-20081212
  • [Presentation] Promoter prediction from genome sequence2008

    • Author(s)
      Yamamoto YY, Oboakta J.
    • Organizer
      The 55th NIBB Conference & Arabidopsis Workshop 2008 "Frontier of Plant Science in the 21st Century
    • Place of Presentation
      Okazaki Conference Center, Okazaki
    • Year and Date
      20080913-20080915
  • [Presentation] 高等植物におけるコアプロモーターと遺伝子機能・構造の関係2008

    • Author(s)
      山本義治、小保方潤一
    • Organizer
      日本遺伝学会第80回大会
    • Place of Presentation
      名古屋大学
    • Year and Date
      20080903-20080905
  • [Presentation] プロモーター下流の転写領域による転写開始位置制御機構2008

    • Author(s)
      工藤久幸、山本義治、中邨真之、大谷将人、長谷川桂子、小保方潤一
    • Organizer
      日本遺伝学会第80回大会
    • Place of Presentation
      名古屋大学
    • Year and Date
      20080903-20080905
  • [Presentation] 『盗葉緑体』によって光合成を行う嚢舌目ウミウシの検索2008

    • Author(s)
      山本義治、種村尚典、遊佐陽一、平野弥生、平野義昭、本村泰三、小保方潤一
    • Organizer
      第8回日本光合成研究会
    • Place of Presentation
      野依記念学術交流館、名古屋大学
    • Year and Date
      20080530-20080531
  • [Presentation] 光合成シグナルと呼吸シグナルによる光合成装置の相補的な形成制御2008

    • Author(s)
      松尾充啓、小保方潤一
    • Organizer
      第8回日本光合成研究会
    • Place of Presentation
      名大・野依記念
    • Year and Date
      20080530-20080531
  • [Presentation] 包括的ゲノム解析が明らかにする植物ゲノムの流動性とプロモーターのダイナミズム2008

    • Author(s)
      小保方潤一
    • Organizer
      第8回名古屋大学遺伝子実験施設公開セミナー「新たなDNA解析:次世代DNA解析のすべてとDNA解析の新分野への展開」
    • Place of Presentation
      名古屋大学
    • Year and Date
      2008-12-16
  • [Book] Extraction of position-sensitive promoter constituents In Computational biology(new research, Russe AS)2009

    • Author(s)
      Yamamoto YY, bokata J.
    • Total Pages
      441
    • Publisher
      Hauppauge, Nova Science Publishers
  • [Book] ベーシックマスターシリーズ細胞生物学第1章細胞の誕生2009

    • Author(s)
      小保方潤一
    • Total Pages
      327
    • Publisher
      オーム社
  • [Book] 遺伝子が「一生を過ごす」場としてのゲノム(生る-生命誌年刊号, vol 53-56)2008

    • Author(s)
      小保方潤一
    • Total Pages
      206
    • Publisher
      JT姓名誌研究館
  • [Book] Machinery of RNA editing in plant organelles.(ed. by Harold C. Smith, Frontiers of RNA and DNA Editing)2008

    • Author(s)
      Shikanai, T., Obokata, J.
    • Total Pages
      426
    • Publisher
      Wiley Press
  • [Remarks] ホームページ等

    • URL

      http://www.gene.nagoya-u.ac.jp/~obokata-g/Site/Top.html

  • [Remarks]

    • URL

      http://ppdb.gene.nagoya-u.ac.jp/cgi-bin/index.cgi

URL: 

Published: 2011-06-18   Modified: 2016-04-21  

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