2008 Fiscal Year Annual Research Report
タンパク質複合体の構造安定性とダイナミックスに関する理論的研究
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20038018
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| Research Institution | Kanazawa University |
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Principal Investigator |
長尾 秀実 Kanazawa University, 数物科学系, 教授 (30291892)
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| Keywords | シミュレーション / タンパク質 / タンパク質複合体 / 会合解離 / 振動モード / 活性部位 / 分子動力学法 / 電子状態 |
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| Research Abstract |
X線構造解析によりAz_<ox>とCyt_<red>の二次構造が知られている。各立体構造にプロトンを付加し、各活性部位付近の必要パラメータを各活性部位類似のクラスターモデルを用いて密度汎関数法(UB3LYP/6-31G**/ESP)により見積もった。これらの立体構造を用いてAz_<ox>-Cyt_<red>複合体構造最適化をZDOCKプログラムパッケージおよび独自開発プログラムで予測した。
複合体構造予測について二通りの考え方がある。これらの座標データから(1)クーロンエネルギーおよび分子間力(水素結合を含む)エネルギーが低い順に評価する方法と、(2)タンパク質疎水性相互作用エネルギーが低い順に評価する方法である。本年度はこの二通りのスキームによる安定構造の決定を試みた。
(1)においてAZ_<ox>-Cyt_<red>複合体結合部位は二カ所のターン構造に見られ、Cyt_<red>のAsp157とAz_<ox>のTry72、Cyt_<red>のLys149とAz_<ox>のLys41およびVa143による水素結合部位を確認した。また、(2)においては、Az_<ox>およびCyt_<red>結合部位には疎水性残基が集まり、Az_<ox>のTry72とCyt_<red>のPro188およびGln181による水素結合を確認した。タンパク質内のCuとFeイオン間距離は、モデル1が約22.2Å、モデル2が約15.2Åであった。
現在(1)および(2)における精度の高い溶媒和自由エネルギーの計算手法についての検討を重ねている。
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Research Products
(4 results)
