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2008 Fiscal Year Annual Research Report

電子顕微鏡画像処理システムの開発

Research Project

Project/Area Number 20051018
Research InstitutionKyushu Institute of Technology

Principal Investigator

安永 卓生  Kyushu Institute of Technology, 大学院・情報工学研究院, 教授 (60251394)

Keywords電子顕微鏡 / 画像処理 / 3次元電子顕微鏡 / 3次元再構成 / GUI / 画像処理システム
Research Abstract

本申請研究は、電子顕微鏡画像を処理、三次元再構成するためのプログラム群を整理し、汎用性の高いGUIをもつシステムとしてまとめることで、「電子顕微鏡による構造解析を一般に利用できるツール」とすることを目的としている。また、どういった画像処理法を選択すれば良いか、また、パラメータについて混乱が大きい。そこで、エージェント指向を採用し、解析者と情報をやりとりしながら、適したパラメータを探索していくシステムを開発することとした。本申請課題により、ユーザビリティを挙げ、電子顕微鏡画像処理を一般的かつ迅速なものとし、超分子複合体の迅速かつ容易な三次元再構成を実現する。
本年度は、以下の作業を行った。【GUI】電子顕微鏡画像処理は、CUIとGUIのバランスが重要である。このCUIとGUIを共に両立させるために、make/UNIXのルールを流用し、GUIは、Tcl/Tkを用いることで、Windows/UNIXともに同等のGUIをもつシステムの構築を行った。【統合化】典型的な画像処理に関して、複数のプログラムを統合し、固定的な画像処理は可能なものとする。20年においては、パラメータの変更等をマニュアルで行うことができるものとした。【並列化】現実的な画像処理を行うためには、統合化のキーとなる、makeを並列化する必要がある。現在のmakeファイルをMPIにより並列化することで、複数のプロセスを複数ホストで起動することを目指している。【エージェント化】画像処理結果に応じた実行プログラムおよび実行パラメータの手動および自動変更が可能となるように機能を向上させる。今年度は、この準備を行った。

  • Research Products

    (19 results)

All 2009 2008 Other

All Journal Article (4 results) (of which Peer Reviewed: 4 results) Presentation (13 results) Book (1 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Dynein pulls microtubules without rotating its stalk2008

    • Author(s)
      Ueno H., Yasunaga T., Shigy oji, C. and Hirose K
    • Journal Title

      ProNAS 105

      Pages: 19702-19707

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Partially functional outer arm dynein in a novel Chlamydomonas mutant expressing a truncated y heavy chain2008

    • Author(s)
      Liu Z., Takazaki H., Nakazaw a Y., Sakato M., Yagi T., Yasunaga T., King S.M., and Kamiya R.
    • Journal Title

      Eukaryotic Cell 7

      Pages: 1136-1145

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structural basis for tropomyosin overlap in thin (actin) filaments and the generation of a molecular swivel by troponin-T2008

    • Author(s)
      Murakami K., Stewart M., No zawa K., Tomii K., Kudou N Igarashi N., Shirakihara Y., Wakatsuki S., Yasunaga T., and Wakabavashi T
    • Journal Title

      ProNAS 105

      Pages: 7200-7205

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Evaluation of a 2k CCD camera with an epitaxially-grown CsI scintillator for recording energy-filtered electron cryo-micrographs2008

    • Author(s)
      Yasunaga, T., Wakabayashi, T.
    • Journal Title

      Journal of Electron Microscopy 57

      Pages: 101-112

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] クライオ電子顕微鏡を用いたモーター分子の構造解析2009

    • Author(s)
      安永卓生
    • Organizer
      生体運動合同班会議
    • Place of Presentation
      東京大学
    • Year and Date
      2009-01-11
  • [Presentation] 電子顕微鏡画像処理システムEos2の構築2008

    • Author(s)
      安永卓生、岩崎憲治、宮澤淳夫
    • Organizer
      第46回日本生物物理学会
    • Place of Presentation
      福岡国際センター
    • Year and Date
      20081203-05
  • [Presentation] アクチンの吐露歩ミオシン結合モチーフについて2008

    • Author(s)
      村上健次、安永車生、若林健之
    • Organizer
      第46回日本生物物理学会
    • Place of Presentation
      福岡国際センター
    • Year and Date
      20081203-05
  • [Presentation] 2+3次元画像を用いた、可視化・可聴化による特徴像の解析補助ツールの開発22008

    • Author(s)
      瀧本雄介、安永卓生
    • Organizer
      第46回日本生物物理学会
    • Place of Presentation
      福岡国際センター
    • Year and Date
      20081203-05
  • [Presentation] 多種の処理ツールの統合による半自動3次元再構成システムの開発2008

    • Author(s)
      新名人士、谷口香苗、西野有里、岩崎憲治、高木淳一、宮澤淳夫、光岡薫、安永卓生
    • Organizer
      第46回日本生物物理学会
    • Place of Presentation
      福岡国際センター
    • Year and Date
      20081203-05
  • [Presentation] 電子顕微鏡-三次元再構成を用いた車軸藻ミオシンの構造解析2008

    • Author(s)
      峰寛、伊藤浩二、山本啓一、安永卓生
    • Organizer
      第46回日本生物物理学会
    • Place of Presentation
      福岡国際センター
    • Year and Date
      20081203-05
  • [Presentation] クライオ電子顕微鏡法による軸糸ダイニンの構造解析2008

    • Author(s)
      高崎寛子、金明月、安永卓生
    • Organizer
      第46回日本生物物理学会
    • Place of Presentation
      福岡国際センター
    • Year and Date
      20081203-05
  • [Presentation] クライオ電子顕微鏡法、単粒子解析を用いたアセチルコリン受容体の構造解析2008

    • Author(s)
      福地弘晃, 西野有里, 宮澤淳夫, 安永卓生
    • Organizer
      第46回日本生物物理学会
    • Place of Presentation
      福岡国際センター
    • Year and Date
      20081203-05
  • [Presentation] A new protein labeling technique using genetically encoded metallot hionein tag for electron microscopy2008

    • Author(s)
      Yuri Nishino, Takuo Yasunagaand Atsuo Miyazawa
    • Organizer
      9th Asia-Pacific Microscopy Conference
    • Place of Presentation
      Jeju, Korea
    • Year and Date
      20081102-07
  • [Presentation] クライオ電子顕微鏡法の現状と将来(招待講演)2008

    • Author(s)
      安永卓生
    • Organizer
      顕微鏡学会・九州支部会
    • Place of Presentation
      久留米大学
    • Year and Date
      2008-12-06
  • [Presentation] 電子顕微鏡-3次元再構成法を用いた車軸藻ミオシンの反応メカニズムの解明2008

    • Author(s)
      峰寛、 安永卓生
    • Organizer
      顕微鏡学会・九州支部会
    • Place of Presentation
      久留米大学
    • Year and Date
      2008-12-06
  • [Presentation] クライオ電子顕微鏡による外腕ダイニンミュータントの比較2008

    • Author(s)
      金明月、高暗寛子、安永卓生
    • Organizer
      顕微鏡学会・九州支部会
    • Place of Presentation
      久留米大学
    • Year and Date
      2008-12-06
  • [Presentation] 電子顕微鏡でみえるものはなにか(招待講演)2008

    • Author(s)
      安永卓生
    • Organizer
      P&P先端技術講演会
    • Place of Presentation
      九州大学
    • Year and Date
      2008-10-16
  • [Book] 「ナノイメージング」第一編ナノイメージングを可能にする顕微鏡法・第3章電子顕微鏡を用いたナノイメージング2008

    • Author(s)
      安永卓生(共著)
    • Total Pages
      15
    • Publisher
      (株)NTS
  • [Remarks]

    • URL

      http://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/

URL: 

Published: 2010-06-11   Modified: 2016-04-21  

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