2010 Fiscal Year Annual Research Report
化学発生生物学展開のためのホヤを用いた小分子化合物高速スクリーニング
Project/Area Number |
20200034
|
Research Institution | Keio University |
Principal Investigator |
堀田 耕司 慶應義塾大学, 理工学部, 講師 (80407147)
|
Keywords | FGFR / ホヤ / 小分子へ化合物 / RT-PCR / 化学発生生物学 / イメージング / 3次元 / 神経管閉鎖 |
Research Abstract |
本年度は昨年度確立した、ホヤ胚に小分子化合物を添加する系を用いて、ターゲット既知・未知両方の少分子化合物を添加する実験(リバースケミカルゲノミクスおよびフォワードケミカルゲノミクスと言える)、およびホヤ化学発生生物学データベースの構築を行った。(1)リバースケミカルゲノミクス:FGFR阻害剤の一種であるSU4984を原腸陥入期において添加すると、神経管閉鎖異常胚が得られた。この表現型をより詳細に解析するために、個体まるごと一細胞レベルで3次元的に撮影しコンピュータモデリングした結果、興味深いことに、尾部表皮細胞体積が正常胚と比較して大きくなっていることがわかった。 SU4984には他にも阻害するターゲットが存在するため、現在これらのターゲットを実際にノックダウンすることで特異性を確認している。(2)フォワードケミカルゲノミクス(分担 田代):癌細胞遊走阻害物質であるがターゲットが未知の小分子化合物をホヤ胚に添加した結果、他の組織には観察できる限り異常がみられず、脊索の形成のみ異常となる興味深い表現型が得られた。現在、ターゲットタンパク質の単離を急いでいる。(3)データベース作成:上記(1)および(2)を含むこれまでの実験から得られた知見を集約し、既存の化合物や800件に及ぶホヤ発生に関わる知見と結びつけ、"ホヤ化学発生生物学データベースACBDver.1(http://dx.doi.org/10.1038/npre.2010.5087.2)"としてまとめた。このデータベースは、ホヤにおいてこれまでに添加された様々な化合物とその表現型が登録されているだけでなく、化合物やターゲットタンパク質配列の類似性をもとにホヤに添加されたことのない化合物の効果まで類推した結果も登録している。このようなデータベースは未知有用小分子化合物を探索する手掛かりとなる基盤を築くと考えられる。
|
Research Products
(16 results)
-
[Journal Article] CIPRO 2.5 : Cionaintestinalis Protein Database, a unique integrated repository of large-scale omics data, bioinformatic analyses, and curated annotation, with user rating and reviewing functionality2011
Author(s)
Endo, Toshinori, Ueno, Keisuke, Yonezawa, Kouki, Mineta, Katsuhiko, Hotta, Kohji, Satou, Yutaka, Yamada, Lixy, Ogasawara, Michio, Takahashi, Hiroki., Nakajima, Ayako, Nakachi, Mia, Nomura, Mamoru, Yaguchi, Junko, Sasakura, Yasunori, Yamasaki, Chisato, Sera, Miho, Yoshizawa, Akiyasu, Imanishi, Tadashi, Taniguchi, Hisaaki, Inaba, Kazuo
-
Journal Title
Nucleic Acid Research
Volume: 39
Pages: D807-14
Peer Reviewed
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
[Presentation] ASNET : Actin-based network structure in the tunic of ascidian larva2010
Author(s)
Kohji HOTTA, Hiroshi Q TERAKUBO, Mitsuru Nakamura, Yoko NAKAJIMA, Yasunori SASAKURA, Takeo HORIE, Alu KONNO, Hiroki TAKAHASHI, Kazuo INABA, Kotaro OKA
Organizer
Society for Developmental Biology 69th Annual Meeting
Place of Presentation
Albuquerque, New Mexico, USA
Year and Date
2010-08-06
-
-
[Presentation] Actin-based network structure in the tunic of ascidian larva revealed by confocal laser scanning andtransmission electron microscopes2010
Author(s)
KOHJI HOTTA, Hiroshi Terakubo, Yoko Nakajima, YasunoriSasakura, Takeo Horie, Alu Konno, Hiroki, Takahashi, Kazuo Inaba, Kotaro Oka
Organizer
43rd Annual Meeting for the Japanese Society of Developmental Biologists Jointly Sponsored by the Asia-Pacific Developmental Biology Network
Place of Presentation
Kyoto, International Conference Center
Year and Date
2010-06-21
-
[Presentation] Ascidian dendritic network in tunic2010
Author(s)
Kohji HOTTA, Hiroshi Q TERAKUBO, Yoko NAKAJIMA, Alu KONNO, Takeo HORIE, Hiroki TAKAHASHI, Yasunori SASAKURA, Kazuo INABA, Kotaro OKA
Organizer
2ND JOINT MEETING OF THE SFBD
Place of Presentation
Institut Pasteur, Paris, France
Year and Date
2010-05-26
-
-