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2009 Fiscal Year Annual Research Report

GPGPUの並列プログラミングモデルの研究

Research Project

Project/Area Number 20240002
Research InstitutionOsaka University

Principal Investigator

萩原 兼一  Osaka University, 大学院・情報科学研究科, 教授 (00133140)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 伊野 文彦  大阪大学, 大学院・情報科学研究科, 准教授 (90346172)
置田 真生  大阪大学, 大学院・情報科学研究科, 助教 (50563988)
Keywordsアルゴリズム / 高性能計算 / GPUコンピューティング / CUDA / 並列計算モデル / マルチGPU / GPUクラスタ / GPUグリッド
Research Abstract

処理すべきデータがすべてGPUのメモリVRAMに格納可能な場合は,GPUプログラムは実装しやすい. 一方,格納できない場合は,データを分割して処理し,各実行結果を融合することになる.実用上大きなデータ処理の需要は高く,一般的なPCクラスタではよく研究されているが,マルチGPU処理の場合はまだよく解明されていない.それを解明するために,平成21年度は複数GPUを用いて応用問題を解き,GPUコンピューティングにおける性能問題に関して研究した.応用問題は,a) コーンビーム再構成,b) 高速フーリエ変換,c) アミノ酸配列データベース検索,d) 行列積とした.
1. 1台のPCに4台のGPUをコプロセッサ接続する構成が,現在よく用いられている.a)およびb)に関しては,ほぼ4倍弱の良好な台数効果のGPUプログラムが開発でき,実装上の有益な知見を得た.
2. CPU~GPU間のデータ転送を効率的に行うことが,性能のよいGPUプログラムを開発する上で重要である.このデータ転送をマルチGPU環境で効率的に行う方法の開発と,それを支援するミドルウェアを開発した.
3. 多数のGPUを用いるGPUグリッド環境が有望である.PCグリシドのようにスクリーンセーバが起動するときに応用プログラムを実行させる方法を用いるとGPUでの処理時間がPCと比べて短時間なのでGPUグリッドの場合は無駄が多くなる.この無駄を少なくする方法とそれを実行するツールを作成した.その方法で,上記c)とd)を実行し,その有効性を確認した.
4. 単体GPUでe)PET再構成,f)全点対最短経路長,g)全変動最小化を行った.

  • Research Products

    (28 results)

All 2010 2009 Other

All Journal Article (7 results) (of which Peer Reviewed: 7 results) Presentation (20 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Accelerating Smith-Waterman Algorithm for Biological Database Search on CUDA-Compatible GPUs2010

    • Author(s)
      Yuma Munekawa
    • Journal Title

      IEICE Transactions on Information and Systems 6

      Pages: 1479-1488

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] A Middleware for Efficient Stream Processing in CUDA2010

    • Author(s)
      Shinta Nakagawa
    • Journal Title

      Computer Science-Research and Development 25

      Pages: 41-49

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] High-Throughput Cone Beam Reconstruction Using CUDA Compatible GPUs2010

    • Author(s)
      Yusuke Okitsu
    • Journal Title

      Parallel Computing 2/3

      Pages: 129-141

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Harnessing the Power of Idle GPUs for Acceleration of Biological Sequence Alignment2009

    • Author(s)
      Fumihiko Ino
    • Journal Title

      Parallel Processing Letters 19

      Pages: 513-533

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Computing Low Latency Batches with Unreliable Workers in Volunteer Computing Environments2009

    • Author(s)
      Eric Martin Heien
    • Journal Title

      Journal of Grid Computing 7

      Pages: 501-518

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Optimization Techniques for Parallel Biophysical Simulations Generated by insilico IDE2009

    • Author(s)
      Eric Martin Heien
    • Journal Title

      情報処理学会論文誌:コンピューティングシステム 2

      Pages: 131-143

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] A Task Parallel Algorithm for Finding All-Pairs Shortest Paths Using the GPU

    • Author(s)
      Tomohiro Okuyama
    • Journal Title

      International Journal of High Performance Computing and Networking 6(ページ未定)

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] GPUを用いた逐次近似法によるコーンビーム再構成の高速化2010

    • Author(s)
      興津佑輔
    • Organizer
      電子情報通信学会2010総合大会
    • Place of Presentation
      東北大学(仙台市, 宮城県)
    • Year and Date
      2010-03-19
  • [Presentation] insilicoSim : an Extendable Engine for Parallel Heterogeneous Biophysical Simulations2010

    • Author(s)
      Eric M.Heien
    • Organizer
      3rd International Conference on Simulation Tools and Techniques
    • Place of Presentation
      Hotel Sol Principe (Torrem olinos, Malaga, SPAIN)
    • Year and Date
      2010-03-18
  • [Presentation] GPUによる医用画像処理の高速化について2010

    • Author(s)
      萩原兼一
    • Organizer
      【招待講演】応用物理学会研究会情報フォトニクス研究会
    • Place of Presentation
      大阪大学(大阪府)
    • Year and Date
      2010-03-09
  • [Presentation] GPUによるOSEM再構成の高速化および精度評価2010

    • Author(s)
      片山大河
    • Organizer
      電子情報通信学会「医用画像研究会」
    • Place of Presentation
      ぶんかテンブス館(那覇市,沖縄県)
    • Year and Date
      2010-01-28
  • [Presentation] GPU上での高速なブロック化フロイド・ワーシャル法2010

    • Author(s)
      奥山倫弘
    • Organizer
      第10回ハイパフォーマンスコンピューティングと計算科学シンポジウム
    • Place of Presentation
      工学院大学(東京都)
    • Year and Date
      2010-01-14
  • [Presentation] GPUによる高速な全変動最小化2010

    • Author(s)
      松田俊広
    • Organizer
      第10回ハイパフォーマンスコンピューティングと計算科学シンポジウム
    • Place of Presentation
      工学院大学(東京都)
    • Year and Date
      2010-01-14
  • [Presentation] 文書作成および科学計算を両立するGPU向け協調マルチタスキングの検討2010

    • Author(s)
      老田健太郎
    • Organizer
      第10回ハイパフォーマンスコンピューティングと計算科学シンポジウム
    • Place of Presentation
      工学院大学(東京都)
    • Year and Date
      2010-01-14
  • [Presentation] CUDAカーネルを時系列解析するための実行ログ生成ツールの検討2010

    • Author(s)
      神田裕士
    • Organizer
      第10回ハイパフォーマンスコンピューティングと計算科学シンポジウム
    • Place of Presentation
      工学院大学(東京都)
    • Year and Date
      2010-01-14
  • [Presentation] Cooperative Multitasking for GPU-Accelerated Grid Systems2009

    • Author(s)
      Fumihiko Ino
    • Organizer
      22nd International Conference for High Performance Computing, Networking, Storage and Analysis
    • Place of Presentation
      Oregon Convention Center (Portland, OR, USA)
    • Year and Date
      2009-11-17
  • [Presentation] GPUコンピューティングにおける高速化-医用画像処理を例として-2009

    • Author(s)
      萩原兼一
    • Organizer
      【招待講演】精密工学会画像応用技術専門委員会研究会
    • Place of Presentation
      東京電機大学(東京都)
    • Year and Date
      2009-11-13
  • [Presentation] 複数の並列計算環境に対応したMapReduceのPythonによる実装2009

    • Author(s)
      高田祐輔
    • Organizer
      情報処理学会「第177回計算機アーキテクチャ研究会」
    • Place of Presentation
      東京工業大学(東京都)
    • Year and Date
      2009-10-26
  • [Presentation] GPUクラスタによる高速なアミノ酸配列データベース検索2009

    • Author(s)
      宗川裕馬
    • Organizer
      情報処理学会「並列/分散/協調処理に関する「仙台」サマー・ワークショップ」
    • Place of Presentation
      フォレスト仙台(仙台市,宮城県)
    • Year and Date
      2009-08-05
  • [Presentation] GPUを用いたアウトオブコアなコーンビーム再構成の高速化2009

    • Author(s)
      興津佑輔
    • Organizer
      情報処理学会「並列/分散/協調処理に関する「仙台」サマー・ワークショップ」
    • Place of Presentation
      フォレスト仙台(仙台市,宮城県)
    • Year and Date
      2009-08-05
  • [Presentation] CUDAプログラムにおいてストリーム処理を支援するミドルウェア2009

    • Author(s)
      中川進太
    • Organizer
      情報処理学会「並列/分散/協調処理に関する「仙台」サマー・ワークショップ」
    • Place of Presentation
      フォレスト仙台(仙台市,宮城県)
    • Year and Date
      2009-08-05
  • [Presentation] Real-Time Total Variation Minimization Using the GPU2009

    • Author(s)
      Toshihiro Matsuda
    • Organizer
      Computer Assisted Radiology and Surgery : 23rd International Congress and Exhibition
    • Place of Presentation
      Estrel Hotel Berlin (Berlin, GERMANY)
    • Year and Date
      2009-06-27
  • [Presentation] CUDAによるパラメータ・スイープアプリケーションの高速化2009

    • Author(s)
      本窪田昌也
    • Organizer
      情報処理学会「第120回ハイパフォーマンスコンピューティング研究発表会」
    • Place of Presentation
      宇宙航空研究開発機構(調布市,東京都)
    • Year and Date
      2009-06-12
  • [Presentation] Harnessing the Power of Idle GPUs for Acceleration of Biological Sequence Alignment2009

    • Author(s)
      Fumihiko Ino
    • Organizer
      2nd Workshop on Large-Scale Parallel Processing
    • Place of Presentation
      Aurelia Convention Centre & Expo. (Rome, ITALY)
    • Year and Date
      2009-05-29
  • [Presentation] PyMW-a Python Module for Parallel Master Worker Computing2009

    • Author(s)
      Eric M.Heien
    • Organizer
      3rd Workshop on Desktop Grids and Volunteer Computing Systems
    • Place of Presentation
      Aurelia Convention Centre & Expo. (Rome, ITALY)
    • Year and Date
      2009-05-29
  • [Presentation] CUDAプログラムにおいてストリーム処理を支援するミドルウェアの検討2009

    • Author(s)
      中川進太
    • Organizer
      第7回先進的計算基盤システムシンポジウム
    • Place of Presentation
      広島国際会議場(広島市,広島県)
    • Year and Date
      2009-05-28
  • [Presentation] PyMW-a Python Module for Parallel Master Worker Computing2009

    • Author(s)
      Eric M.Helen
    • Organizer
      1st International Conference on Parallel, Distributed and Grid Computing for Engineering
    • Place of Presentation
      Pollack Mihaly Faculty of Engineering, University of Pecs (Pecs, HUNGARY)
    • Year and Date
      2009-04-07
  • [Remarks]

    • URL

      http://www-hagi.ist.osaka-u.ac.jp/

URL: 

Published: 2011-06-16   Modified: 2016-04-21  

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