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2010 Fiscal Year Annual Research Report

推論による仮説発見とシステム生物学への応用

Research Project

Project/Area Number 20240016
Research InstitutionNational Institute of Informatics

Principal Investigator

井上 克巳  国立情報学研究所, 情報学プリンシプル研究系, 教授 (10252321)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 佐藤 泰介  東京工業大学, 大学院・情報理工学研究科, 教授 (90272690)
亀谷 由隆  東京工業大学, 大学院・情報理工学研究科, 助教 (60361789)
岩沼 宏治  山梨大学, 大学院・医学工学総合研究部, 教授 (30176557)
鍋島 英知  山梨大学, 大学院・医学工学総合研究部, 准教授 (10334848)
坂間 千秋  和歌山大学, システム工学部, 教授 (20273873)
Keywords人工知能 / 推論 / システム生物学 / 仮説発見 / 結論発見 / 確率推論 / 帰納論理プログラミング / アブダクション
Research Abstract

本年度は次の(A)~(C)の研究分担にしたがって研究を進めた。
(A)仮説発見システムの開発(岩沼・鍋島・山本・井上)
結論発見プログラムSOLARの等式推論の性能向上に向けて、等号の部分評価法であるmodification法を再スタート型モデル消去法の枠組みで再構成し、理論的性質の考察とSOLAR実装時の性能評価を行い一定の性能改善を得た。また問題に応じて最適戦略を選択するポートフォリオ型探索戦略をSOLARに導入した。
SOLARを用いたメタアブダクションによるネットワーク補完方法を拡張し、正負の効果を持つリンクを補完する方法を開発した。また観測が変数を含む場合のアブダクションを効率よく解くために、分割統治法を一般化しタブロー節が変数を含む場合にも各サブゴールを独立して解けるようにした。さらに仮説生成に関する基礎として、逆伴意と逆包摂の関係および非再帰的な仮説の効率的生成について考察した。
(B)仮説選択システムの開発(佐藤・亀谷・坂間・井上)
論理に基づいた確率モデリングにおいて、確率モデルを命題論理式に変換する際に命題変数を順序付けした上でorder-encodingと呼ばれる変換手法を使うことで、よりコンパクトに変換できることを理論的・実験的に確認した。order-encodingと論理的制約に基づいたCBPMと呼ばれる確率モデリングの枠組みを組み合わせることにより、観測データから命題変数の確率を正しく学習できることも実験的に確認した。
また非確率的な仮説選択手法の確立に向けて、帰納推論能力の比較に関する研究、および生命現象に関係する行動モデルの定式化として不誠実な推論の論理に関する研究を行った。
(C)システム生物学における仮説発見(全員)
大腸菌の論理モデルを構築し代謝物質の変化に関する規則を熱力学方程式から導き、SOLARによるアブダクション結果を確率的にランク付けして状態推定を行うシステムを開発した。別の例としては、癌の遺伝子制御ネットワークにおける補完問題をメタアブダクションで解く方法について検討した。

  • Research Products

    (33 results)

All 2011 2010 Other

All Journal Article (8 results) (of which Peer Reviewed: 8 results) Presentation (21 results) Remarks (4 results)

  • [Journal Article] アブダクションとインダクション2010

    • Author(s)
      井上克巳
    • Journal Title

      人工知能学会誌

      Volume: 25(3) Pages: 389-399

    • URL

      http://ci.nii.ac.jp/naid/110007610263/ja/

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 解集合プログラミング2010

    • Author(s)
      坂間千秋
    • Journal Title

      人工知能学会誌

      Volume: 25(3) Pages: 368-378

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Discovering Rules by Meta-level Abduction2010

    • Author(s)
      Katsumi Inoue
    • Journal Title

      Inductive Logic Programming : Revised Papers from the 19th International Conference, Lecture Notes in Artificial Intelligence(Luc De Raedt (ed.))

      Volume: 5989 Pages: 49-64

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] CHR(PRISM)-based Probabilistic Logic Learning2010

    • Author(s)
      Jon Sneyers
    • Journal Title

      Theory and Practice of Logic Programming

      Volume: 10 Pages: 433-447

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Solving Open Job-Shop Scheduling Problems by SAT Encoding2010

    • Author(s)
      Miyuki Koshimura
    • Journal Title

      Journal of IEICE Transactions on Information and Systems

      Volume: E93.D(8) Pages: 2316-2318

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] A Logical Account of Lying2010

    • Author(s)
      Chiaki Sakama
    • Journal Title

      Logics in Artificial Intelligence, Lecture Notes in Artificial Intelligence(Tomi Janhunen and Ilkka Niemela (eds.))

      Volume: 6341 Pages: 286-299

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] A SAT-based Method for Solving the Two-dimensional Strip Packing Problem2010

    • Author(s)
      Takehide Soh
    • Journal Title

      Fundamenta Informaticae

      Volume: 102(3-4) Pages: 467-487

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Generating Combinatorial Test Cases by Efficient SAT Encodings Suitable for CDCL SAT Solvers2010

    • Author(s)
      Mutsunori Banbara
    • Journal Title

      Logic for Programming, Artificial Intelligence and Reasoning, Lecture Notes in Computer Science(Christian G.Fermuller and Andrei Voronkov (eds.))

      Volume: 6397 Pages: 112-126

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Application of Meta-level Abduction for the Treatment of Hypertension using SOLAR2011

    • Author(s)
      Gregoire Lejay
    • Organizer
      The 2011 IEEE International Workshop on Bioinformatics and Life Science Modeling and Computing (BLSMC 2011)
    • Place of Presentation
      Biopolis, Singapore
    • Year and Date
      2011-03-22
  • [Presentation] Complete Distributed Consequence Finding with Message Passing2011

    • Author(s)
      Katsumi Inoue
    • Organizer
      The 3rd International Conference on Agents and Artificial Intelligence (ICAART 2011)
    • Place of Presentation
      Rome, Italy
    • Year and Date
      2011-02-28
  • [Presentation] リテラルブロック距離に基づく良い学習節の評価と獲得によるSATソルバの性能改善2011

    • Author(s)
      鍋島英知
    • Organizer
      第81回人工知能学会人工知能基本問題研究会
    • Place of Presentation
      山梨大学(山梨県)
    • Year and Date
      2011-01-31
  • [Presentation] 単調双対化計算に基づく一般双対化問題の解法2011

    • Author(s)
      山本泰生
    • Organizer
      第81回人工知能学会人工知能基本問題研究会
    • Place of Presentation
      山梨大学(山梨県)
    • Year and Date
      2011-01-31
  • [Presentation] Kinetic Models and Qualitative Abstraction for Relational Learning in Systems Biology2011

    • Author(s)
      Gabriel Synnaeve
    • Organizer
      The International Conference on Bioinformatics Models, Methods and Algorithms (BIOINFORMATICS 2011)
    • Place of Presentation
      Rome,Italy
    • Year and Date
      2011-01-27
  • [Presentation] Nelson-Oppen結合手続きの逆伴意法に基づく改良2011

    • Author(s)
      岩沼宏治
    • Organizer
      情報処理学会プログラミング研究会
    • Place of Presentation
      宮古市中央公民館(岩手県)
    • Year and Date
      2011-01-20
  • [Presentation] Exploring Relations between Answer Set Programs2010

    • Author(s)
      Katsumi Inoue
    • Organizer
      The Symposium on Constructive Mathematics in Computer Science
    • Place of Presentation
      Lexington, USA(招待)
    • Year and Date
      20101025-20101026
  • [Presentation] Past and Future 20 Years of ILP2010

    • Author(s)
      Katsumi Inoue
    • Organizer
      The 20th International Conference on Inductive Logic Programming (ILP 2010)
    • Place of Presentation
      Firenze, Italy(Panel;招待)
    • Year and Date
      20100627-20100630
  • [Presentation] A Bayesian Hybrid Approach to Unsupervised Time Series Discretization2010

    • Author(s)
      Yoshitaka Kameya
    • Organizer
      The 15th International Conference on Technologies and Applications of Artificial Intelligence (TAAI-2010)
    • Place of Presentation
      Hsinchu, Taiwan
    • Year and Date
      2010-11-20
  • [Presentation] 結論発見手続きSOLタブロー法のための多重探索戦略の提案2010

    • Author(s)
      鈴木健士郎
    • Organizer
      第80回人工知能学会人工知能基本問題研究
    • Place of Presentation
      CIC キャンパス・イノベーションセンター(東京都)
    • Year and Date
      2010-11-17
  • [Presentation] An EM Algorithm on BDDs with Order Encoding for Logic-based Probabilistic Model2010

    • Author(s)
      Masakazu Ishihata
    • Organizer
      The 2nd Asian Conference on Machine Learning (ACML-2010)
    • Place of Presentation
      東京工業大学(東京都)
    • Year and Date
      2010-11-09
  • [Presentation] The Many Faces of Deception2010

    • Author(s)
      Chiaki Sakama
    • Organizer
      30 Years of Nonmonotonic Reasoning
    • Place of Presentation
      Lexington, USA
    • Year and Date
      2010-10-22
  • [Presentation] 近年の一階論理定理証明プログラムの実際2010

    • Author(s)
      岩沼宏治
    • Organizer
      電子情報通信学会ソフトウエアサイエンス研究会(IEICE-SS2010-33 Vol.110, No.227)
    • Place of Presentation
      岩手県立大学(岩手県)(招待講演)
    • Year and Date
      2010-10-14
  • [Presentation] Towards Efficient Multi-agent Abduction Protocols2010

    • Author(s)
      Gauvain Bourgne
    • Organizer
      The 3rd International Workshop on Languages, Methodologies and Development Tools for Multi-agent Systems (LADS 2010)
    • Place of Presentation
      Lyon, France
    • Year and Date
      2010-08-31
  • [Presentation] Abduction of Distributed Theories through Local Interactions2010

    • Author(s)
      Gauvain Bourgne
    • Organizer
      The 19th European Conference on Artificial Intelligence (ECAI 2010)
    • Place of Presentation
      Lisbon, Portugal
    • Year and Date
      2010-08-20
  • [Presentation] Identifying Necessary Reactions in Metabolic Pathways by Minimal Model Generation2010

    • Author(s)
      Takehide Soh
    • Organizer
      The 6th Conference on Prestigious Applications of Artificial Intelligence (PAIS 2010)
    • Place of Presentation
      Lisbon, Portugal
    • Year and Date
      2010-08-18
  • [Presentation] Finding Minimal Reaction Sets in Large Metabolic Pathways2010

    • Author(s)
      Takehide Soh
    • Organizer
      The 6th International Workshop on Constraint Based Methods for Bioinformatics (WCB 2010)
    • Place of Presentation
      Edinbaurgh, England
    • Year and Date
      2010-07-21
  • [Presentation] Hypothesizing about Networks by Meta-level Abduction2010

    • Author(s)
      Katsumi Inoue
    • Organizer
      The 20th International Conference on Inductive Logic Programming (ILP 2010)
    • Place of Presentation
      Firenze,Italy
    • Year and Date
      2010-06-29
  • [Presentation] From Inverse Entailment to Inverse Subsumption2010

    • Author(s)
      Yoshitaka Yamamoto
    • Organizer
      The 20th International Conference on Inductive Logic Programming (ILP 2010)
    • Place of Presentation
      Firenze, Italy
    • Year and Date
      2010-06-28
  • [Presentation] モデル生成を用いた代謝ネットワークにおける極小部分パスウェイの同定2010

    • Author(s)
      宋剛秀
    • Organizer
      人工知能学会全国大会
    • Place of Presentation
      長崎ブリックホール(長崎県)
    • Year and Date
      2010-06-09
  • [Presentation] Query-driven Coordination of Multiple Answer Sets2010

    • Author(s)
      Gauvain Bourgne
    • Organizer
      AAMAS 2010 Workshop on Declarative Agent Languages and Technologies (DALT 2010)
    • Place of Presentation
      Toronto,Canada
    • Year and Date
      2010-05-10
  • [Remarks] 科研テーマ・ホームページ

    • URL

      http://research.nii.ac.jp/il/event/project_a.html

  • [Remarks] 受賞

  • [Remarks] ●2010年6月 The 20th International Conference on Inductive Logic Programming (ILP2010) : Best Student Paper Award

  • [Remarks] ●2011年1月 BIOINFORMATICS 2011 : Best Student Paper Award

URL: 

Published: 2012-07-19  

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