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2008 Fiscal Year Annual Research Report

分子マーカーによる動物プランクトン初期幼生の判別・自動計測と生態学的研究への応用

Research Project

Project/Area Number 20241003
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

津田 敦  The University of Tokyo, 海洋研究所, 准教授 (80217314)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 町田 龍二  東京大学, 海洋研究所, 特任研究員 (40401294)
Keywords分子マーカー / 動物プランクトン / 自動計測 / 生物海洋 / 環境計測 / 初期生活史
Research Abstract

本年度は、白鳳丸航海KH-08-2次航海に乗船し、Neoeaianus属カイアシ類3種を北太平洋より採集し、エタノール標本として、プローブ分析の基礎資料とした。実験室においては、リアルタイルPCRの購入とそれに伴う立ち上げを行うとともに、Neocalanus plumchrusを対象に、種特異的にハイブリダイゼーションするプライマーとプローブを設計し、実際にサンプルで実験を試みた。設計したプローブとプライマーのセットでは、Neocalanus plumchrusの遺伝子が増幅されたが、近縁種N. flemingeriを対象としても、PCRのサイクル数を多くすると対象遺伝子が増幅されることが明らかとなった。今後、N.flemingeri特異のプローブとプライマーも作成し、卵・幼生といった未知の試料を解析する時は、両種のプローブとプライマーを適用、解析をすることが必要であることが明らかとなった。現在、このN.flemingeri用プライマー・プローブの設計に取り組んでいる。既存試料の解析においては、親潮域における本属の鉛直分布構造を季節ごとに明らかにし、対象とする季節と採集深度を確定した。さらに、N.flemingeriには、大型・小型の2形が出現することが知られているが、この2形が種レベルよりは変異が小さいが遺伝的に異なる集団であることが、ミトコンドリアCOIと12S遺伝子配列の解析によって明らかとなった。この大型・小型の遺伝距離はミトコンドリアCOI,12S遺伝子でそれぞれ、0.036、0.006(p)と近縁種間の遺伝距離と比較すると小さく(例えばN.plumchrusとN. cristatusの遺伝距離(p)はそれぞれ、0.162、0.076)、比較的近年に出現した集団であることが推察された。

  • Research Products

    (16 results)

All 2009 2008

All Journal Article (5 results) (of which Peer Reviewed: 5 results) Presentation (10 results) Book (1 results)

  • [Journal Article] 浮遊性カイアシ類の両極および反赤道分布について2009

    • Author(s)
      大塚 攻
    • Journal Title

      化石 85

      Pages: 6-13

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Carbon isotopic evidence for the origin of excess methane in subsurface seawater.2008

    • Author(s)
      Sasakawa, M.
    • Journal Title

      Jouranal of Geophysical. Research 113

      Pages: doi:10.1029/2007JC004217

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Impacts of the ontogenetically migrating copepods to carbon flux in the western subarctic Pacific Ocean2008

    • Author(s)
      Kobari, T.
    • Journal Title

      Deep-Sea Research Part II 55

      Pages: 1648-1660

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 海洋動物プランクトンの進化遺伝学的研究および今後の展望2008

    • Author(s)
      町田龍二
    • Journal Title

      海の研究 17

      Pages: 115-132

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Stage-V copepodites of Calanus sinicus and Calanus jashnovi (Copepoda: Calanoida) in mesopelagic zone of Sagami Bay as i dentified with genetic markers, with special reference to their vertical distribution2008

    • Author(s)
      Nonomura T.
    • Journal Title

      Progress in Oceanography 77

      Pages: 45-55

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] The complete mitochondrial genome sequence of the planktonic chaetoghaths2008

    • Author(s)
      Miyamoto H.
    • Organizer
      World Conference on Marine Biodiversity
    • Place of Presentation
      Valencia, Spain
    • Year and Date
      20081113-14
  • [Presentation] 亜熱帯海域における大型カイアシ類生活史2008

    • Author(s)
      下出信次
    • Organizer
      東京大学海洋研究所共同利用シンポジウム「亜熱帯海洋学の最前線」
    • Place of Presentation
      東京
    • Year and Date
      2008-12-20
  • [Presentation] 房総沖で採集されたマイワシ・カタクチイワシ仔魚の輸送経路・経験環境と成長履歴2008

    • Author(s)
      伊藤幸彦
    • Organizer
      日本水産海洋学会
    • Place of Presentation
      東京
    • Year and Date
      2008-11-21
  • [Presentation] Distribution and life history of a subtropical copepod, Neocalanus gracilis: implication for the northward intrusion by subarctic species2008

    • Author(s)
      Tsuda, A.
    • Organizer
      PICES 17th Annual Meeting
    • Place of Presentation
      Dalian, China
    • Year and Date
      2008-10-27
  • [Presentation] Practical identification of three sympatric calanoid copepods, Calanus sinicus, C. jashnovi and C. pacificus, in the western North Pacific2008

    • Author(s)
      Nonomura, T.
    • Organizer
      PICES 17th Annual Meeting
    • Place of Presentation
      Dalian, China
    • Year and Date
      2008-10-26
  • [Presentation] Perturbation experiments with iron in the subarctic Pacific: Zooplankton responses and its consequences2008

    • Author(s)
      Tsuda, A.
    • Organizer
      5th World Fisheries Congress
    • Place of Presentation
      横浜
    • Year and Date
      2008-10-20
  • [Presentation] Zooplankton Community Genomics -Beyond Barcoding of Marine Animals-2008

    • Author(s)
      Machida R. J
    • Organizer
      Scientific Committee on Oceanic Research 50th An niversary Symposium
    • Place of Presentation
      Massachusetts, U. S. A.
    • Year and Date
      2008-10-20
  • [Presentation] Species identification of the microcopepod family Oncaeidae in the Mediterranean Sea using morphological and molecular criteria2008

    • Author(s)
      Bottger-Schnack R
    • Organizer
      10th International Conference on Copepoda
    • Place of Presentation
      Pattaya, Thailand
    • Year and Date
      2008-07-14
  • [Presentation] Utility of mitochondrial DNA sequences for species identification and phylogenetic markers in copepods2008

    • Author(s)
      Machida R. J.
    • Organizer
      10th International Conference on Copepoda
    • Place of Presentation
      Pattaya, Thailand
    • Year and Date
      2008-07-14
  • [Presentation] Grazing vs iron hypothesis in subarctic Pacific: Highlights of SEEDS and SEEDS II experiments.2008

    • Author(s)
      Tsuda, A.
    • Organizer
      7th Westpac/IOC Scientific Symposium
    • Place of Presentation
      Kota Kinablu, Malaysia
    • Year and Date
      2008-06-08
  • [Book] 水圏生物科学入門2009

    • Author(s)
      津田敦
    • Total Pages
      37-48
    • Publisher
      恒星社厚生閣

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Published: 2010-06-11   Modified: 2016-04-21  

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