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2009 Fiscal Year Annual Research Report

分子マーカーによる動物プランクトン初期幼生の判別・自動計測と生態学的研究への応用

Research Project

Project/Area Number 20241003
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

津田 敦  The University of Tokyo, 海洋研究所, 准教授 (80217314)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 町田 龍二  東京大学, 海洋研究所, 特任研究員 (40401294)
Keywords分子マーカー / 動物プランクトン / 自動計測 / 生物海洋 / 環境計測 / 初期生活史
Research Abstract

水産総合研究センター調査船、北光丸、若鷹丸による10,1,3月の航海で親潮域より、鉛直区分採集を行い、試料を得た。プライマーと加水分解プローブのセット、Nep1、Nef1の相同性検索の結果、相同配列を有する、その他のカイアシ類は存在しなかった。採集サンプルから、Neocalanus属3種とその他のカイアシ類5種の成体雌を各5個体得た。これらの個体から抽出した計40個体のDNA試料を使用し、Nep1とNef1でReal time PCRを行った。その結果、Nep1でN.piumchrus 5個体全て、Nef1でN.flemingeri 5個体全ての増幅曲線が最も早く立ち上がった。Nep1とNef1の両方で、目的種以外の他のカイアシ類でもサイクル数を増やすと、増幅曲線が形成される事が分かった。また、DNA抽出の際、全てのサンプルから同じDNA量を抽出する事が出来なかった為、目的種の個体間で増幅曲線の立ち上がりサイクル数のばらつきが生じた。しかし、目的種と非目的種では増幅曲線が立ち上がるまでに大きな差があり、実験から得られたグラフから目的種を判別する事が可能である。また、ノープリウス幼生で解析を行う際に、試料を成長段階ごとに分類し、体長が同じ個体群で解析を行う事により、ある程度抽出するDNA量を統一し、目的種の増幅曲線の立ち上がりサイクルのばらつきを抑え、正確に目的種を判別できると考えられる。Real time PCRでは、最大384試料の同時解析が可能であり、一度に多量の試料の解析が出来る。Real time PCRによる正確な同定分類方法の確立は、動物プランクトンの初期生活史の研究の進展と、大幅な簡便化に繋がると考えられる。今後は、4,5,6月航海で、試料を採集するとともに、初期生活史の解明を目指す。

  • Research Products

    (17 results)

All 2010 2009

All Journal Article (8 results) (of which Peer Reviewed: 5 results) Presentation (9 results)

  • [Journal Article] Meso- and microzooplankton responses to an in situ iron fertilization experiment(SEEDS-II)in the northwest subarctic Pacific2009

    • Author(s)
      Tsuda, A
    • Journal Title

      Deep-Sea Research II 56

      Pages: 2733-2744

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Seasonal change of oceanographic conditions and chlorophyll a vertical distribution in the southwestern Okhotsk Sea during the non-iced season2009

    • Author(s)
      Kasai, H.
    • Journal Title

      Journal of Oceanography 66

      Pages: 13-26

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Life history and ontogenetic vertical migration of Neocalanus gracilis(Dana)in the western North Pacific2009

    • Author(s)
      Shimode, S
    • Journal Title

      Aquatic Biology 7

      Pages: 295-306

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Complete mitochondrial genome sequences of the three pelagic chaetognaths Sagitta nagae, Sagitta decipiens and Sagitta enflata2009

    • Author(s)
      Miyamoto, H.
    • Journal Title

      COMPARATIVE BIOCHEMISTRY AND PHYSIOLOGY D-GENOMICS & PROTEOMICS 5

      Pages: 65-72

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Zooplankton diversity analysis through single-gene sequencing of a community sample2009

    • Author(s)
      Machida, R.J.
    • Journal Title

      BMC GENOMICS 10

      Pages: 438

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 動物プランクトンデータベースのこれからの展開2009

    • Author(s)
      町田龍二
    • Journal Title

      日本プランクトン学会報 56

      Pages: 158-160

  • [Journal Article] 全海洋動物プランクトンセンサス(Census of Marine Zooplankton : CMarZ)の成果と展望2009

    • Author(s)
      西田周平
    • Journal Title

      日本プランクトン学会報 56

      Pages: 139-144

  • [Journal Article] 浮遊性カイアシ類の両極および反赤道分布について2009

    • Author(s)
      大塚攻
    • Journal Title

      化石 85

      Pages: 6-13

  • [Presentation] 西部北太平洋に出現するCalanus属カイアシ類3種間の簡易識別点2010

    • Author(s)
      野々村卓美
    • Organizer
      日本海洋学会2010年度春季大会
    • Place of Presentation
      東京
    • Year and Date
      2010-03-30
  • [Presentation] Real-Time PCRを用いたNeocalanus plumchrusおよびN.flemigeri同定法の確立2010

    • Author(s)
      藤岡秀文
    • Organizer
      日本海洋学会2010年度春季大会
    • Place of Presentation
      東京
    • Year and Date
      2010-03-30
  • [Presentation] 中・深層性毛顎類Eukrohnia hamataとEu.Bathypelagicaの全球的な分子系統地理2010

    • Author(s)
      宮本洋臣
    • Organizer
      日本海洋学会2010年度春季大会
    • Place of Presentation
      東京
    • Year and Date
      2010-03-30
  • [Presentation] Vertical distribution of large suspension feeding copepods in the Oyashio region during the growing period2009

    • Author(s)
      Tsuda, A.
    • Organizer
      PICES 18th Annual Meeting
    • Place of Presentation
      Jeju, Korea
    • Year and Date
      2009-10-23
  • [Presentation] Vertical and horizontal carbon transport through the ontogenetic vertical migration of copepods2009

    • Author(s)
      Saito, H.
    • Organizer
      Chapman conference on the Biological Carbon Pump of the Oceans
    • Place of Presentation
      Brockenhurst, Hampshire, England
    • Year and Date
      2009-10-15
  • [Presentation] 動物プランクトンの行動を観察する2009

    • Author(s)
      津田敦
    • Organizer
      海洋生物科学シンポジウム
    • Place of Presentation
      大船渡
    • Year and Date
      2009-06-10
  • [Presentation] Zooplankton metagenomics and its comparison with Chaetognatha barcode date.2009

    • Author(s)
      Machida, R.J.
    • Organizer
      DNA Barcoding of Marine Biodiversity(MarBOL)
    • Place of Presentation
      Massachusetts, USA
    • Year and Date
      2009-04-30
  • [Presentation] Zooplankton metagenomics and its comparison with Chaetognatha barcode data2009

    • Author(s)
      Machida, R.J.
    • Organizer
      DNA Barcoding of Marine Biodiversity(MarBOL)
    • Place of Presentation
      Bremerhaven, Germany
    • Year and Date
      2009-04-16
  • [Presentation] 動物プランクトンデータベースのこれからの展開2009

    • Author(s)
      町田龍二
    • Organizer
      日本海洋学会2010年度春季大会
    • Place of Presentation
      東京
    • Year and Date
      2009-04-06

URL: 

Published: 2011-06-16   Modified: 2016-04-21  

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