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2011 Fiscal Year Annual Research Report

モジュール設計による機能性RNA-タンパク質複合体創製原理の確立

Research Project

Project/Area Number 20241051
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

森井 孝  京都大学, エネルギー理工学研究所, 教授 (90222348)

Keywordsモジュール / センサー / 分子認識 / ケミカルバイオロジー / RNA / RNA-ペプチド複合体 / インビトロセレクション / リセプター
Research Abstract

本研究では、RNA-ペプチド複合体(RNP)の各サブユニットに「機能性モジュール構造」を導入して、蛍光RNPセンサーとRNP酵素を設計・作製する合目的な方法論を確立する。このために、RNP複合体を用いた分子設計の利点であるRNAサブユニットとペプチドサブユニットを段階的に機能化する方法を汎用性のある方法論として発展させる。また、細胞内で利用できる機能性RNPをケミカルバイオロジーのツールとして開発することを目的とした。
本年度は以下の成果を達成した。
(1)ペプチドモジュールの反応活性点をもとにしたRNP触媒の構築
RNPの段階的機能化法により、エステル結合を加水分解するRNP酵素の作製を試みた。反応基質としてアデノシンの5'-H基にリンカーを介してニトロフェノールエステル導入した分子を合成した。RNAサブユニットにはATP結合性RNPのRNAを利用した。RevペプチドのN末端にエチレンジアミン基を導入したペプチドサブユニットを合成した。現在、ATP結合性RNPのRNAサブユニット群とエチレンジアミン修飾RevからRNPライブラリーを構築し、ニトロフェノールエステル加水分解活性を有するRNPを探索している。
(2)細胞内に導入可能な機能性RNP複合体の構築
3'-末端を酸化したRNA末端とペプチドサブユニットに導入したヒドラジド基藩王させ、安定なRNPを構築した。この手法は、ペプチドN末端に蛍光分子を導入した場合にも用いることが出来た。得られた共有結合安定化RNP骨格を持つ蛍光センサーは、HeLa細胞抽出液中で2時間は活性を維持した。

  • Research Products

    (13 results)

All 2012 2011 2010 Other

All Journal Article (5 results) (of which Peer Reviewed: 4 results) Presentation (5 results) Book (1 results) Remarks (1 results) Patent(Industrial Property Rights) (1 results)

  • [Journal Article] Zinc finger proteins for site-specific protein positioning on DNA origami2012

    • Author(s)
      Nakata, E.; Liew, F.F.; Uwatoko, C.Kiyonaka, S.Mori, Y.; Katsuda, Y.; Endo, M.; Sugiyama, H.; Morii T.
    • Journal Title

      Angew Chem.Int.Ed.

      Volume: 51 Pages: 2421-2424

    • DOI

      10.1002/anie.201108199

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Facile conversion of RNA aptamers to modular fluorescent sensors with tunable detection wavelengths2011

    • Author(s)
      Nakano, S.; Nakata, E.; Morii, T.
    • Journal Title

      Bioorg.Med.Chem.Lett.

      Volume: 21 Pages: 4503-4506

    • DOI

      10.1016/j.bmcl.2011.05.120

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Construction of dopamine sensors by using fluorescent ribonucleopeptide complexes2011

    • Author(s)
      Liew, F.F.; Hasegawa, T.; Fukuda, M.; Nakata, E.; Morii, T.
    • Journal Title

      Bioorg.Med.Chem.

      Volume: 19 Pages: 4473-4481

    • DOI

      10.1016/j.bmc.2011.06.031

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] A ribonucleopeptide module for effective conversion of an RNA aptamer to a fluorescent sensor2011

    • Author(s)
      Liew, F.F.; Hayashi, H.; Nakano, S.; Nakata, E.; Morii, T.
    • Journal Title

      Bioorg.Med.Chem.

      Volume: 19 Pages: 5771-5775

    • DOI

      DOI:10.1016/j.bmc.2011.08.031

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structural Aspects for the Recognition of ATP by Ribonucleopeptide Receptors2010

    • Author(s)
      T. Morii, et al
    • Journal Title

      J. Am. Chem. Soc

      Volume: Vol.133 Pages: 4567-4579

    • DOI

      DOI:10.1021/ja110725d

  • [Presentation] Development of the attachment technology of functional proteins on DNA origami2011

    • Author(s)
      Ngo T.A., Nakata E., Liew F.F., Nishiguchi Y., Morii T.
    • Organizer
      11th iCeMS International Symposium
    • Place of Presentation
      京都大学(京都府)
    • Year and Date
      2011-12-06
  • [Presentation] Facile conversion of RNA aptamers to modular fluorescent sensors2011

    • Author(s)
      Tamura T., Nakano S., Nakata E., Morii T.
    • Organizer
      The 38th International Symposium on Nucleic Acid Chemistry
    • Place of Presentation
      北海道大学(北海道)
    • Year and Date
      2011-11-09
  • [Presentation] A Modular Strategy for Assembling Receptors and Sensors from Ribonucleopeptides2011

    • Author(s)
      Takashi Morii
    • Organizer
      2nd Asian 3 Round Table on Nucleic Acids
    • Place of Presentation
      Wuhan (China)(招待講演)
    • Year and Date
      2011-10-15
  • [Presentation] A Modular Strategy for Tailoring Functional Ribonucleopeptides2011

    • Author(s)
      Takashi Morii
    • Organizer
      Bioorganic Chemistry Gordon Research Conference
    • Place of Presentation
      Andover (USA)(招待講演)
    • Year and Date
      2011-06-13
  • [Presentation] Modular Functionalization of Ribonucleopeptide AssembliesModular Functionalization of Ribonucleopeptide Assemblies2011

    • Author(s)
      Takashi Morii
    • Organizer
      The seminar at School of Physical & Mathematical Sciences, Nanyang Technological University
    • Place of Presentation
      Singapore (Singapore)(招待講演)
    • Year and Date
      2011-04-13
  • [Book] 第6章機能性RNA-タンパク質複合体,核酸化学のニュートレンドDNA/RNAの新たな可能性を拓く2011

    • Author(s)
      森井孝
    • Total Pages
      6
    • Publisher
      化学同人
  • [Remarks]

    • URL

      http://www.iae.kyoto-u.ac.jp/english/soshiki/biofunctional.html

  • [Patent(Industrial Property Rights)] RNA高精度検出用蛍光プローブ2011

    • Inventor(s)
      森井孝、中田栄司、松本桂彦
    • Industrial Property Rights Holder
      国立大学法人京都大学
    • Industrial Property Number
      2011-244709
    • Filing Date
      2011-11-08

URL: 

Published: 2013-06-26  

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