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2010 Fiscal Year Annual Research Report

金属タンパク質成熟化の構造生物学

Research Project

Project/Area Number 20247009
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

三木 邦夫  京都大学, 大学院・理学研究科, 教授 (10116105)

KeywordsHypタンパク質 / X線結晶解析 / ヒドロゲナーゼ / 金属取り込み / 複合体構造
Research Abstract

本研究は,ヒドロゲナーゼ成熟化因子Hypタンパク質の結晶構造解析を行い,その成熟化過程を構造生物学的に解明することを目的としている.HypFについては,前年度までに得られた結晶化条件の改善を進め,針状結晶と六角板状結晶が得られ,放射光による回折実験の結果,後者については5A分解能を超える回折が確認でき,六方晶系に属することが明らかになった.HypBホモログについては,斜方晶系に属する結晶が得られ,2.1A分解能での構造解析に成功し,ホモダイマー構造を取ることが明らかになり,精密化を進めている.ゲルろ過カラムクロマトグラフィーを用いて,HypAおよびHypCと[NiFe]ヒドロゲナーゼ大サブユニットとの相互作用を解析し,ヒドロゲナーゼ大サブユニットはHypAと強く結合する一方,HypCとは弱くしか結合しないことが示唆された.また,前年度構造決定に成功したHypC-HypD複合体に加えて,本年度はHypC-HypD-HypEの三者複合体の構造解析を行い,2.3A分解能での結晶構造を決定した。HypC-HypD-HypE複合体においては,HypEダイマーの各側面にHypC-HypD複合体が結合していることがわかった.変異体解析の結果,HypEの保存された疎水性残基が三者複合体形成の留め具として重要な役割を果たしていることも明らかになった.シアノ基転位に関わるHypEのC末端領域は,HypCとHypDで形成されるFe結合部位の付近に位置しており,Cys残基間の酸化還元によってFe原子のシアノ化が起こる反応機構が,強く示唆されるものであった.

  • Research Products

    (7 results)

All 2012 2011 2010

All Journal Article (1 results) (of which Peer Reviewed: 1 results) Presentation (6 results)

  • [Journal Article] Characterization and in vitro interaction study of a [NiFe] hydrogenase large subunit from the hyperthermophilic archaeon Thermococcus kodakarensis KOD12012

    • Author(s)
      D.Sasaki, S.Watanabe, T.Kanai, H.Atomi, T.Imanaka, K.Miki
    • Journal Title

      Biochem.Biophys.Res.Commun.

      Volume: 417 Pages: 192-196

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Structural Basis of Maturation Process of [NiFe] Hydrogenase by Hyp Proteins2012

    • Author(s)
      K.Miki
    • Organizer
      Symposium : Protein Crystallography in Martinsried, its Beginnings, Maturation, Dissemination, and no End
    • Place of Presentation
      Max-Planck-Institut fur Biochemie, Martinsried, Germany
    • Year and Date
      20120218-20120219
  • [Presentation] Crystal Structure of [NiFe] Hyodrogenase Maturation Complexes2011

    • Author(s)
      S.Watanabe, R.Matsumi, H.Atomi, T.Imanaka, K.Miki
    • Organizer
      XXII Congress and General Assembly of the International Union of Crystallography
    • Place of Presentation
      Madrid, Spain
    • Year and Date
      20110822-20110830
  • [Presentation] Crystal Structure of Hyp Protein Complexes for [NiFe] Hyodrogenase Maturation2011

    • Author(s)
      S.Watanabe, R.Matsumi, H.Atomi, T.Imanaka, K.Miki
    • Organizer
      15th International Conference of Biological Inorganic Chemistry, ICBIC15
    • Place of Presentation
      Vancouver, Canada
    • Year and Date
      20110807-20110812
  • [Presentation] Crystal structures of the Hyp proteins for [NiFe] hydrogenase maturation2010

    • Author(s)
      S.Watanabe, T.Arai, R.Matsumi, H.Atomi, T.Imanaka, K.Miki
    • Organizer
      The 10th Conference of the Asian Crystallographic Association, AsCA10
    • Place of Presentation
      Bexco, Busan, Korea
    • Year and Date
      20101031-20111103
  • [Presentation] Structural Studies of Hyp Proteins for [NiFe] Hydrogenase Maturation2010

    • Author(s)
      S.Watanabe, T.Arai, R.Matsumi, H.Atomi, T.Imanaka, K.Miki
    • Organizer
      The 9th International Hydrogenase Conference
    • Place of Presentation
      Uppsala Concert and Congress Hall, Sweden
    • Year and Date
      20100627-20100702
  • [Presentation] Structural Basis of Maturation Process of [NiFe] Hydrogenase by Hyp Proteins2010

    • Author(s)
      K.Miki
    • Organizer
      1st International Symposium on Chemical Biology and Nanotechnology
    • Place of Presentation
      KAIST, Daejeon, Korea
    • Year and Date
      2010-11-12

URL: 

Published: 2013-06-26  

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