2010 Fiscal Year Annual Research Report
高感度・高S/N比の座位別増幅型多色SNP検出技術の開発
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20300183
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| Research Institution | The Institute of Physical and Chemical Research |
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Principal Investigator |
LEZHAVA A. 独立行政法人理化学研究所, オミックス機能研究ユニット, ユニットリーダー (40443048)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
岡本 晃充 独立行政法人理化学研究所, 岡本独立主幹研究ユニット, ユニットリーダー(独立主幹研究員) (60314233)
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| Keywords | Smart Amplification Process / Exciton Primer / SNP genotyping / Mutation detection / Two-color reaction / Visualization of amplified product / Cancer / Virus Detection |
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| Research Abstract |
本研究チームの主要論文(Lezhava他、Human Mutation誌2010)発表後、本研究はウイルス検出、癌の変異検出やファーマコゲノミクスなどにSmartAmp法を適用することを中心に行い、また分析を最適化するための技術開発も並行して継続した。
まず標識色素の2色化に取り組み、新しい蛍光色素への改善を行った。ここで特に留意したのが、最も普及している波長(510/530,530/550nm)で検出できる色素を使用すること、FAMやROXフィルターを備える市販の機器での検出が可能であることという点である。これは国内外の研究機関に取り入れてもらうための重要なステップであった。
EGFRとKras遺伝子における癌の変異検出はExciton Primerを用いることにより成功した。Kras変異検出(excon12,13)は、DNAを用いたClamping法により、1チューブで変異の検出を達成した(Kras Paper)。上記によりバックグラウンドは抑圧され、検出能が著しく向上した。学会Golden Helix Symposiaにおいて発表済みである。
標識色素の2色化は健康なものに対して変異細胞の割合を検出する可能性を示唆、またEGFR変異検出(excon21)に関する研究においても様々な応用の可能性を与えた。同時にワーファリンSNP遺伝子タイピングにおいても新しい色素の導入で改良がみられた。この成果は学会International Conference on Drug Discovery & Therapyで発表した。SNPと変異検出以外にもExciton Primerは病原体とウイルス検出のために適用されている。2009年に流行したH1N1インフルエンザウイルスをSmartAmp法により簡便に検出する方法を開発し、紫外線の下、目視での判定を可能とした。その後、臨床研究を行い、結果を研究論文にまとめた。
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Research Products
(6 results)
