2010 Fiscal Year Annual Research Report
百万年以上にわたり組換えが抑制された染色体ゲノムの構造・動態解析
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20310118
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| Research Institution | The Institute of Physical and Chemical Research |
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Principal Investigator |
阿部 訓也 独立行政法人理化学研究所, 動物変異動態解析技術開発チーム, チームリーダー (40240915)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
太田 聡史 独立行政法人理化学研究所, 情報解析技術室, 專任研究員 (30391890)
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| Keywords | 染色体組換え / t-ハプロタイプ / BACライブラリー / ゲノム再編成 |
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| Research Abstract |
染色体の組換え(交叉)は遺伝的多様性を生み出す原動力であり、ゲノムの再編・進化にも重要な役割を持つ。本研究では数百万年の間、組換えが抑制されたマウス17番染色体の染色体領域であるt-ハプロタイプの構造・配列解析を行い、その構造情報を得ることを第一義の目的としている。今年度は、tw5ハプロタイプのホモ個体のゲノムDNAを用いて作製したBACゲノムライブラリーのスクリーニングを行い、t-コンプレックス領域のゲノムクローンを単離した。これらのBACクローンの一部の配列決定を行った。その結果、t-ハプロタイプのゲノム配列は、現在知られている実験標準系統(C57BL/6)の配列と比較した場合、非常に高頻度の一塩基遺伝子多型(SNP)が検出されることがわかった。現在、tw5以外のt-ハプロタイプゲノムとの比較、t-ハプロタイプ同志の比較を行っている。アレイCGH実験に用いるマイクロアレイプローブを再設計し、新規のマイクロアレイを用いて、t-ハプロタイプゲノムと標準系統であるC57BL/6ゲノムのコピー数の比較や、DNA再編成の有無を検討した結果、大規模な重複、欠失が存在することが確認された。この再編成の位置より、t-ハプロタイプに存在する逆位の切断点の位置が推測された。また、大規模な再構成だけでなく、多数の小規模なDNA再編成も検出された。この新規アレイを用いて複数の異なるt-ハプロタイプゲノムを比較した結果、t-ハプロタイプ同志は標準系統に比べると相対的に似通った構造を持っているが、t-ハプロタイプ相互の間でも、大規模な重複あるいは欠失が存在することが確かめられた。このことから、染色体組換えが抑制された状況でも大規模なDNA再編成が生じ得る、あるいは進化の過程で再編成(逆位など)は複数回生じた、と推測された。
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