2009 Fiscal Year Annual Research Report
地下深部生命圏の遺伝子資源保全へ向けた環境ゲノム調整法と多様性解析
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20310124
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| Research Institution | Japan Agency for Marine-Earth Science and Technology |
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Principal Investigator |
高見 英人 Japan Agency for Marine-Earth Science and Technology, 海洋・極限環境生物圏領域, チームリーダー (70359165)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
坪内 泰志 独立行政法人海洋研究開発機構, 海洋・極限環境生物圏領域, 研究員 (30442990)
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| Keywords | メタゲノム解析 / 地下生命圏 / 極限環境 / 16S rRNA遺伝子 / 微生物多様性 / 遺伝子資源 |
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| Research Abstract |
ある特定の分離・培養された微生物と酷似するものが優先種として環境中に存在、または実験室環境からコンタミした場合、非優先種の多様性解析が困難となる。そこで、昨年度検討した大腸菌DNAをモデルとしたDNA除去法について最終評価を行ったところ、DNAを吸着させるためのリガンドの配列を200bp、除去するDNAが2kb程度に断片化されていれば効率よくDNAを除去できることがわかった。一方、本研究の申請時に90%以上が同一種によって占められると考えられていたコアサンプルについては、DNA抽出時に用いられたアクロモペプチダーゼに本酵素の生産菌とされていたAchromobacterではないLysobacter由来のDNAが相当量コンタミしていることが原因であると判明した。そこで、昨年度は、アクロモペプチダーゼを用いずに下北半島東方沖掘削コア5サンプルから再度DNA抽出を行い、PCRにより増幅されたバクテリア及びアーキアの16S rDNA配列を決定し、それぞれの層準に見られたPhylotypeの系統解析を行った。これらの結果、コアサンプルには全体の10-40%程度が未培養菌由来の優先種によって占められているものもあったが、未培養菌のゲノム情報を得ることができないため、一部の優先種を除くことなく16S rDNAが解析されたコアサンプルのゲノムDNAからショットガンライブラリーを作製した。各サンプルのショットガンライブラリーから、1万クローンの両端配列(2万リード)をサンガー法によって決定した。
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