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2009 Fiscal Year Annual Research Report

遺伝子発現ネットワークのためのモデリング・解析・制御

Research Project

Project/Area Number 20360189
Research InstitutionTokyo Institute of Technology

Principal Investigator

井村 順一  Tokyo Institute of Technology, 大学院・情報理工学研究科, 教授 (50252474)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 池田 宰  宇都宮大学, 工学研究科, 教授 (40151295)
Keywords遺伝子ネットワーク / ハイブリッドシステム / 非線形システム / 最適制御 / 緑膿菌 / モデリング
Research Abstract

本年度は,昨年度取得した,緑膿菌内の基本的な遺伝子ネットワークにおける実験データをもとに,ハイブリッドシステムモデルの一つである区分的アファインシステムで実際に数理モデルを導出した.またそのモデルを用いて,阻害剤投与量の最適な時系列プロファイルを最適制御問題として解いた.具体的には,以下のとおりである.
1. 緑膿菌の遺伝子ネットワークの中で基本となるネットワーク構造に着目することとし,lasR,rsaL,lasIの3遺伝子のみから成る遺伝子ネットワークにおけるAHL生産の経時変化の実験データをもとに,対応する非線形数理モデルを構築した.比較のため,rsaLが作用しない場合の実験データを用いて,非線形数理モデルの妥当性を検討した.
2. 1.の検討と並行して,より数理モデルの精度を高めるために,病原性因子lasBを使って阻害剤投与時の実験データを取得し,阻害剤の反応までを含む数理モデルを得る試みをしたが,期待通りの結果が得られなかった.また,その理由についても検討したが,現段階でそれを明確に説明するところまで至っておらず,今後の課題となった.
3. 構築した非線形数理モデルを区分的アファイン近似し,数値シミュレーションによって妥当性を検討した後,23モードの区分的アファインモデルを得た.その数理モデルに昨年度開発した最適制御法に具体的に適用し,阻害剤投与の最適なプロファイルを得た.プロファイルは菌体数の増加に比例して加えると効果的であることがわかった.
4. また上記1.2.3.の相補的な研究としての実験やモデル予測制御法の開発などを行った.

  • Research Products

    (8 results)

All 2010 2009

All Journal Article (4 results) (of which Peer Reviewed: 4 results) Presentation (4 results)

  • [Journal Article] Lebesgue pievewise affine approximation of nonlinear systems2010

    • Author(s)
      S.Azuma, J.Imura, T.Sugie
    • Journal Title

      Nonlinear Analysis : Hybrid Systems 4-1

      Pages: 92-102

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Controlled invariant feasibility-A general appoach to enforcing strong feasibility in MPC applied to move-blocking2009

    • Author(s)
      R.Gondhalekar, J.Imura, K.Kashima
    • Journal Title

      Automatica 45-12

      Pages: 2869-2875

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Novel N-acylhomoserine lactone-degrading bacteria isolated from the leaf surface of Solanum tuberosum and their quorum-quenching properties2009

    • Author(s)
      T.Morohoshi, N.Someya, T.Ikeda
    • Journal Title

      Biosci.Biotech. Biochem. 73

      Pages: 2124-2127

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Motility and the expression of the flagellin protein FliC are negatively regulated by quorum sensing in Edwardsiella tarda2009

    • Author(s)
      T.Morohoshi, Y.Yokoyama, M.Ouchi, N.Kato, T.Ikeda
    • Journal Title

      J.Biosci.Bioeng. 108

      Pages: 314-318

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Inhibition of quorum sensing in gram-negative bacteria using AHL analogues and modified cyclodextrins2009

    • Author(s)
      T.Ikeda, W.Z.Wang, T.Sato, S.Ito, N.Kato, T.Morohoshi
    • Organizer
      Asia Pacific Biochemical Engineering Conference
    • Place of Presentation
      神戸
    • Year and Date
      20091124-20091128
  • [Presentation] Quorum Sensingとバイオ フィルム形成2009

    • Author(s)
      池田宰、諸星知広
    • Organizer
      日本防菌防黴学会 第36回年次シンポジウム
    • Place of Presentation
      千里ライフサイエンスセンター
    • Year and Date
      20090914-20090915
  • [Presentation] Rigorous determination of maximum controlled invariant feasible sets2009

    • Author(s)
      R.Gondhalekar, J.Imura, K.Kashima
    • Organizer
      European Control Conference
    • Place of Presentation
      ブタペスト,ハンガリ
    • Year and Date
      20090823-20090826
  • [Presentation] Discrete-state abstractions of nonlinear systems Using multi-resolution quantizer2009

    • Author(s)
      Y.Tazaki, J.Imura
    • Organizer
      Int. Conference on Hybrid Systems : Computation and Control
    • Place of Presentation
      サンフランシスコ,米国
    • Year and Date
      20090413-20090415

URL: 

Published: 2011-06-16   Modified: 2016-04-21  

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