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2008 Fiscal Year Annual Research Report

蛋白質機能を支えるダイナミクスの解明

Research Project

Project/Area Number 20370062
Research InstitutionNara Institute of Science and Technology

Principal Investigator

片岡 幹雄  Nara Institute of Science and Technology, 物質創成科学研究科, 教授 (30150254)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 上久保 裕生  奈良先端科学技術大学院大学, 物質創成科学研究科, 准教授 (20311128)
山崎 洋一  奈良先端科学技術大学院大学, 物質創成科学研究科, 助教 (40332770)
Keywords動力学的転移 / ボソンピーク / 核酸分解酵素 / 中性子非弾性散乱 / 中性子準弾性散乱 / 水和水 / 振動スペクトル / タンパク質動力学
Research Abstract

蛋白質は、極低温や低水和の条件下では機能しない。水和や熱揺らぎが蛋白質の機能に影響を与えていると考えられる。本研究では、Staphylococcal nuclease(SNase)を用い、蛋白質ダイナミクスに対する水和の効果を中性子散乱により調べた。
水和率の異なる3種類のSNease試料について、それぞれ100Kから300Kの様々な温度で中性子非弾性散乱データを測定した。すべての測定温度で、5meV以上の高エネルギー領域では、水和量の違いによる蛋白質ダイナミクスの変化は観測されなかった。高エネルギー領域のスペクトルは局在した運動に起因する。これらの運動には水和の効果が現れないことを意味する。一方、低エネルギー領域では、顕著に水和の効果が現れる。
100Kでは、すべての試料で、ボゾンピークと呼ばれる2-4meV付近のブロードなピークが観測される。ボソンピークは蛋白質全体に広がった運動モードに起因し、蛋白質が弾性体であることを示す。水和によりボゾンピークの位置は高エネルギー側にシフトする。この結果は、水和水による水素結合が、蛋白質を硬くすることを示している。300Kでは、高水和試料のみに、強い準弾性散乱が観測されるのに対し、低水和試料は脱水和試料と同様のスペクトルを示す。この結果は、準安定構造間をジャンプする蛋白質の非調和運動を活性化するための水和量に閾値があることを示す。生理条件下では、この閾値をはるかに超えているため、機能をもたらす非調和な運動が活性化されることが保証されていることがわかった。低温では水和は蛋白質を硬くし、室温では蛋白質をやわらかくする。蛋白質動力学の調和的性質と非調和的性質に対する水和の効果が全く異なることが初めて示された。

  • Research Products

    (30 results)

All 2009 2008

All Journal Article (10 results) (of which Peer Reviewed: 10 results) Presentation (20 results)

  • [Journal Article] Low barrier hydrogen bond in photoactive yellow protein2009

    • Author(s)
      Shigeo Yamaguchi
    • Journal Title

      Proceed ings of the National Academy of Science of USA 106

      Pages: 440-444

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Diverse Roles of Glycine Residues Conserved in Photoactive Yellow Proteins.2008

    • Author(s)
      Yasushi Imamoto
    • Journal Title

      Biophysical Journal 94

      Pages: 3620-3628

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Role of the N-terminal region in the function of the photosynthetic bacterium transcription regulator PpsR2008

    • Author(s)
      Yoichi Yamazaki
    • Journal Title

      Photochemistry and Photobiology 84

      Pages: 839-844

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Mechanism of induced folding : Both folding before binding and binding before folding can be realized in staphylococcal nuclease mutants2008

    • Author(s)
      Masayoshi Onitsuka
    • Journal Title

      Proteins : Struetures, Functions and Bioinformatics 72

      Pages: 837-847

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Hydration effects on low-frequency protein dynamics observed insimulated neutron scattering spectra2008

    • Author(s)
      Yasumasa Joti
    • Journal Title

      Biophysical Journal 94

      Pages: 4435-4443

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] The photoreaction of the photoactive yellow protein domain in thelight sensor histidine kinase Ppr is influenced by the C-terminal domains2008

    • Author(s)
      Hironari Kamikubo
    • Journal Title

      Photochemistry and Photobiology 84

      Pages: 895-902

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Low-temperature spectroscopy of Metl00Ala mutant of photoactiveyellow protein2008

    • Author(s)
      Yasushi Imamoto
    • Journal Title

      Photochemistry and Photobiology 84

      Pages: 970-976

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Interaction between N-terminal loop and β-scaffold of photoactiveyellow protein2008

    • Author(s)
      Miki Harigai
    • Journal Title

      Photochemistry and Photobiology 84

      Pages: 1031-1037

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Hydration affects both harmonic and anharmonic nature of proteindynamics2008

    • Author(s)
      Hiroshi Nakagawa
    • Journal Title

      Biophysical Journal 95

      Pages: 2916-2923

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Nucleotide-dependent conformational changes and assembly of the AAA ATPase SKD1/VPS4B2008

    • Author(s)
      Michio Inoue
    • Journal Title

      Traffic 9

      Pages: 2180-2189

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] structure and photoreaction of photoact ive yellow protein : Direct observation of low barrier hydrogen bond and its roles2009

    • Author(s)
      Mikio Kataoka
    • Organizer
      ATI International Forum 2009, "Protein Structure Determination and Applications"
    • Place of Presentation
      茨城県東海村
    • Year and Date
      2009-03-09
  • [Presentation] Mechanism of Induced Folding of Staphylococcal Nuclease : Implication to Natively Unfolding Protein2009

    • Author(s)
      Mikio Kataoka
    • Organizer
      The 6th Asian Biophysics Association (ABA)Symposium
    • Place of Presentation
      香港(中国)
    • Year and Date
      2009-01-12
  • [Presentation] 蛋白質動力学転移における水和水の構造とダイナミクス2008

    • Author(s)
      中川洋
    • Organizer
      日本生物物理学会第46回年会
    • Place of Presentation
      福岡
    • Year and Date
      2008-12-05
  • [Presentation] 光受容タンパク質AppAの分子内相互作用機構2008

    • Author(s)
      中西勇人
    • Organizer
      日本生物物理学会第46回年会
    • Place of Presentation
      福岡
    • Year and Date
      2008-12-05
  • [Presentation] Human p100のSNase様ドメインの折れ畳み能2008

    • Author(s)
      米田知可子
    • Organizer
      日本生物物理学会第46回年会
    • Place of Presentation
      福岡
    • Year and Date
      2008-12-04
  • [Presentation] 網羅的アラニン挿入変異解析法によるジヒドロ葉酸還元酵素の機能発現及び構造形成領域の抽出2008

    • Author(s)
      芝るみ
    • Organizer
      日本生物物理学会第46回年会
    • Place of Presentation
      福岡
    • Year and Date
      2008-12-04
  • [Presentation] 拡散係数変化によるPYPの光反応における構造変化の起源の検討2008

    • Author(s)
      Javaid Shahbaz Khan
    • Organizer
      日本生物物理学会第46回年会
    • Place of Presentation
      福岡
    • Year and Date
      2008-12-04
  • [Presentation] Photoactive yellow proteinの構造および機能エレメントの同定2008

    • Author(s)
      山田好輝
    • Organizer
      日本生物物理学会第46回年会
    • Place of Presentation
      福岡
    • Year and Date
      2008-12-04
  • [Presentation] 核酸分解酵素におけるループの揺らぎと機能の関係2008

    • Author(s)
      田所成文
    • Organizer
      日本生物物理学会第46回年会
    • Place of Presentation
      福岡
    • Year and Date
      2008-12-03
  • [Presentation] L108が担うStaphylococcal Nucleaseの折り畳みにおける役割の解明2008

    • Author(s)
      中垣礼寧
    • Organizer
      日本生物物理学会第46回年会
    • Place of Presentation
      福岡
    • Year and Date
      2008-12-03
  • [Presentation] アラニン挿入変異がキネティクスに与える影響2008

    • Author(s)
      渾田宏起
    • Organizer
      日本生物物理学会第46回年会
    • Place of Presentation
      福岡
    • Year and Date
      2008-12-03
  • [Presentation] Rhodobacter capsulatus由来PYPの複合体状態における分光学的特長2008

    • Author(s)
      山崎洋一
    • Organizer
      日本生物物理学会第46回年会
    • Place of Presentation
      福岡
    • Year and Date
      2008-12-03
  • [Presentation] 光センサー型ヒスチジンキナーゼPYPドメインの光反応に対するC末端ドメインの影響2008

    • Author(s)
      上久保裕生
    • Organizer
      日本生物物理学会第46回年会
    • Place of Presentation
      福岡
    • Year and Date
      2008-12-03
  • [Presentation] Rc-PYPにおけるN末端部位の役割2008

    • Author(s)
      太田成人
    • Organizer
      日本生物物理学会第46回年会
    • Place of Presentation
      福岡
    • Year and Date
      2008-12-03
  • [Presentation] Photoactive Yellow Protein中の2種のshort hydrogen bondの直接観察2008

    • Author(s)
      山口繁生
    • Organizer
      日本生物物理学会第46回年会
    • Place of Presentation
      福岡
    • Year and Date
      2008-12-03
  • [Presentation] Effect of hydration water on protein dynamics2008

    • Author(s)
      Mikio Kataoka
    • Organizer
      150th Anniversary of Japan-France Relation-ship Workshop on Water & Cell Physiology
    • Place of Presentation
      京都
    • Year and Date
      2008-11-26
  • [Presentation] Effect of hydration on the glass-1ike transition of protein2008

    • Author(s)
      Mikio Kataoka
    • Organizer
      Japan-France Bilateral Joint Seminar 2008“Frontiers of Glassy Physics"
    • Place of Presentation
      京都
    • Year and Date
      2008-11-19
  • [Presentation] Protein Dynamics and structure studied by Neutron Scattering2008

    • Author(s)
      Mikio Kataoka
    • Organizer
      Asia Science Seminar on “Frontier Scienceat High-Intensity Proton Accelerators"
    • Place of Presentation
      北京(中国)
    • Year and Date
      2008-10-21
  • [Presentation] Effect of hydration and conformational state on proteindynamics2008

    • Author(s)
      Mikio Kataoka
    • Organizer
      Workshop Biomolecular Dynamics and Protein-Water Interactions
    • Place of Presentation
      ミュンヘン(ドイツ)
    • Year and Date
      2008-09-25
  • [Presentation] Staphylococcal nucleaseの誘導折り畳み機構2008

    • Author(s)
      片岡幹雄
    • Organizer
      第8回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      東京
    • Year and Date
      2008-06-10

URL: 

Published: 2010-06-11   Modified: 2016-04-21  

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