• Search Research Projects
  • Search Researchers
  • How to Use
  1. Back to project page

2009 Fiscal Year Annual Research Report

蛋白質機能を支えるダイナミクスの解明

Research Project

Project/Area Number 20370062
Research InstitutionNara Institute of Science and Technology

Principal Investigator

片岡 幹雄  Nara Institute of Science and Technology, 物質創成科学研究科, 教授 (30150254)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 上久保 裕生  奈良先端科学技術大学院大学, 物質創成科学研究科, 准教授 (20311128)
山崎 洋一  奈良先端科学技術大学院大学, 物質創成科学研究科, 助教 (40332770)
Keywords動力学的転移 / 非天然構造 / 核酸分解酵素 / 中性子非干渉性散乱 / 平均二乗変位 / 水和水 / 動力学の階層性 / タンパク質動力学
Research Abstract

蛋白質が機能を発現するためには、固有の立体構造の折りたたまれる必要がある。折りたたまれることにより獲得される物性が、蛋白質と単なるポリペプチドとの違いをもたらしていると期待される。我々は黄色ブドウ球菌核酸分解酵素(SNase)を用いて、生理的条件下では折りたたまれていないが酵素活性を有する変異体(Δ137-149)の作製に成功している。Δ137-149は、天然変性蛋白質のモデル系とみなすこともできる。野生型(折りたたまれている)とΔ137-149(折りたたまれていない)を用いて、蛋白質ダイナミクスに対する構造状態の効果を中性子散乱により調べた。野生型とΔ137-149の水和試料および脱水和試料について、異なるエネルギー分解能の分光器4台を用いて、中性子非干渉性散乱実験を様々な温度で行い、平均二乗変位(MSD)の温度依存性を求めた。4nsの分解能では、水和試料に対して、MSDの温度依存性に構造状態による差はほとんど観ることができなかったが、脱水和試料については明確な差が見出された。脱水和試料では、140Kにのみ動力学転移が見られる。転移後のMSDの増加率はΔ137-149の方が大きく、折り畳みによって蛋白質が硬くなることが示される。水和試料では、新たに240Kに転移が生じるが、構造状態には依存しない。しかし、分解能400psの分光器でのみ、系統的に構造状態による差が見出された。以上の結果、生理的条件下での蛋白質の動力学は、主に水和水に支配されているが、動力学の階層性は構造状態に依存することが明らかになった。

  • Research Products

    (26 results)

All 2010 2009

All Journal Article (5 results) (of which Peer Reviewed: 5 results) Presentation (20 results) Book (1 results)

  • [Journal Article] Effect of conformational states on protein dynamical transition2010

    • Author(s)
      H.Nakagawa
    • Journal Title

      Biochim.Biophys.Acta 1804

      Pages: 27-33

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Non-local interaction responsible for the tertiary structural formation of Staphylococcal nuclease2010

    • Author(s)
      Shingo Kato
    • Journal Title

      Biophys.J 98

      Pages: 678-686

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Self-assembling Formation and Enhanced Magnetic Properties of Three-dimensional Super-lattics Structures Composed of Cube- and Sphere-shaped EuS nanocrsytals2010

    • Author(s)
      Atsushi Tanaka
    • Journal Title

      Chemistry of Materials 22(印刷中)

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structural effects on the ultrafast photoisomerization of photoactive yellow protein : Transient absorption spectroscopy of two point mutants2009

    • Author(s)
      Pascale Changenet-Barret
    • Journal Title

      J.Phys.Chem.C. 113

      Pages: 11605-11613

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Self-aggregation of magnetic semiconductor EuS nanocrystals2009

    • Author(s)
      Atsushi Tanaka
    • Journal Title

      Thin Solid Films 518

      Pages: 870-872

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 中性子結晶構造解析による蛋白質中の「低障壁」水素結合の発見2009

    • Author(s)
      上久保裕生
    • Organizer
      第9回日本中性子科学会年会
    • Place of Presentation
      茨城
    • Year and Date
      20091209-20091211
  • [Presentation] Low barrier hydrogen bond in photoactive yellow protein and its role in photoreaction2009

    • Author(s)
      Mikio Kataoka
    • Organizer
      The 1st NCTU-NAIST workshop on "Molecular/Nano Science"
    • Place of Presentation
      新竹(台湾)
    • Year and Date
      20091111-20091113
  • [Presentation] Photoactive Yellow Proteinの低障壁水素結合2009

    • Author(s)
      山口繁生
    • Organizer
      第47回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      徳島
    • Year and Date
      20091030-20091101
  • [Presentation] 中性子非弾性散乱で蛋白質の熱揺らぎを測る2009

    • Author(s)
      片岡幹雄
    • Organizer
      第47回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      徳島
    • Year and Date
      20091030-20091101
  • [Presentation] Rc-PYPと相互作用タンパク質を用いた酵素活性の光制御系の作製2009

    • Author(s)
      久保晴政
    • Organizer
      第47回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      徳島
    • Year and Date
      20091030-20091101
  • [Presentation] Rhodobacter capsulatus由来PYPの相互作用様式の解析2009

    • Author(s)
      山崎洋一
    • Organizer
      第47回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      徳島
    • Year and Date
      20091030-20091101
  • [Presentation] Rc-PYPの低温分光2009

    • Author(s)
      濱口祐也
    • Organizer
      第47回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      徳島
    • Year and Date
      20091030-20091101
  • [Presentation] キメラを用いたPhotoactive Yellow Proteinの研究2009

    • Author(s)
      松本啓佑
    • Organizer
      第47回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      徳島
    • Year and Date
      20091030-20091101
  • [Presentation] Staphylococcal nucleaseアラニン挿入変異体の結晶学的研究2009

    • Author(s)
      吉岡紘志
    • Organizer
      第47回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      徳島
    • Year and Date
      20091030-20091101
  • [Presentation] エレメント置換による蛋白質の機能獲得の試み2009

    • Author(s)
      小賀坂彰浩
    • Organizer
      第47回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      徳島
    • Year and Date
      20091030-20091101
  • [Presentation] アゾベンゼンを用いた構造エレメントのモジュレーション2009

    • Author(s)
      齊藤謙介
    • Organizer
      第47回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      徳島
    • Year and Date
      20091030-20091101
  • [Presentation] 誘導折り畳み反応のΦ値解析:スタフィロコッカルヌクレアーゼ変異体の誘導折り畳み反応におけるリガンド結合の役割2009

    • Author(s)
      鬼塚正義
    • Organizer
      第47回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      徳島
    • Year and Date
      20091030-20091101
  • [Presentation] 電子常磁性共鳴分光法による天然変性Staphylococcal nuclease変異体の構造解析2009

    • Author(s)
      澤田宏起
    • Organizer
      第47回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      徳島
    • Year and Date
      20091030-20091101
  • [Presentation] 網羅的アラニン挿入変異解析法を用いたジヒドロ葉酸還元酵素の機能発現および構造形成領域の抽出2009

    • Author(s)
      芝るみ
    • Organizer
      第47回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      徳島
    • Year and Date
      20091030-20091101
  • [Presentation] 網羅的アラニン挿入変異解析によるHuman p100 SNase様ドメインの構造形成に関わる領域の抽出2009

    • Author(s)
      小川洋子
    • Organizer
      第47回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      徳島
    • Year and Date
      20091030-20091101
  • [Presentation] 蛋白質の調和運動と非調和運動に対する水和効果2009

    • Author(s)
      中川洋
    • Organizer
      第47回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      徳島
    • Year and Date
      20091030-20091101
  • [Presentation] Effect of Hydration Water on Protein Dynamics2009

    • Author(s)
      Mikio Kataoka
    • Organizer
      The 3rd UT Horiba Interantional Symposium on Hydrogen and Water in Condensed Matter Physics
    • Place of Presentation
      千葉
    • Year and Date
      20091012-20091016
  • [Presentation] Low barrier hydrogen bond in photoactive yellow protein and its role in photoreaction2009

    • Author(s)
      Mikio Kataoka
    • Organizer
      Telluride Science Research Center (TSRC) Work shop on Protein Dynamics 2009
    • Place of Presentation
      テルライド(アメリカ)
    • Year and Date
      20090803-20090807
  • [Presentation] イェロープロテインの低障壁水素結合の形成とその役割2009

    • Author(s)
      片岡幹雄
    • Organizer
      第36回生体分子化学討論会
    • Place of Presentation
      札幌
    • Year and Date
      20090619-20090620
  • [Presentation] タンパク質動力学に対する水和の効果2009

    • Author(s)
      片岡幹雄
    • Organizer
      第9回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      熊本
    • Year and Date
      20090520-20090522
  • [Book] Protein dynamics studied by neutron incoherent scattering2010

    • Author(s)
      Mikio Kataoka
    • Publisher
      John Wiley(印刷中)

URL: 

Published: 2011-06-16   Modified: 2016-04-21  

Information User Guide FAQ News Terms of Use Attribution of KAKENHI

Powered by NII kakenhi