2009 Fiscal Year Annual Research Report
核内低分子RNAによる遺伝子発現の多様性獲得機構の解明
| Project/Area Number |
20370075
|
|---|
| Research Institution | National Institute of Advanced Industrial Science and Technology |
|---|
Principal Investigator |
廣瀬 哲郎 National Institute of Advanced Industrial Science and Technology, バイオメディシナル情報研究センター, 研究チーム長 (30273220)
|
|---|
| Keywords | 遺伝子発現 / RNA / ゲノム / 分子生物学 |
|---|
| Research Abstract |
前年度に至適化した哺乳類培養細胞における核内RNAノックダウン法について、20種類以上のオーファンnoRNAを実施し、さらにRNAポリメラーゼIのレポーター遺伝子を用いて、オーファンsnoRNAに部位特異的な2'-0-メチル化活性があることを証明し、ノックダウンによってその活性が失われることを証明した。これによって、この方法がオーファンsnoRNAの機能解析法として有用であることをRNA誌に論文発表した。本方法は、その後国内外の複数の研究室で有効な方法として利用されている。オーファンsnoRNAの中で、複数の配列のアンチセンスオリゴヌクレオチドでノックダウンできるHBII295とU97を選別して、独立に2種類のノックダウン細胞を調整し、その細胞由来のRNAとコントロール細胞由来のRNAを用いて、次世代シーケンサー(イルミナGA2)によるRNA seqを実施した。産総研CBRCの光山グループとの共同研究によって、各リードをヒトゲノム上にマップし、各オーファンsnoRNAでリード数が増減しているものを選別し、そのリストを作製した。現在その中から実際に発現変動しているものをRT-PCRによって検証している。核内Cajal体を細胞分画によって精製し、そこに局在するRNA種の解析を次世代シーケンサーを用いて行った。その結果、複数のsnoRNAホスト遺伝子の前駆体RNA断片が濃縮していることを見出した。この事はsnoRNA生合成がCajal体に局在して、これまで明らかでなかった前駆体RNAの合成を伴って行われていることを示唆している。
|
-
-
[Journal Article] Transcripts of unknown function in multiple-signaling pathways involved in human stem cell differentiation2009
Author(s)
Kikuchi, K., Fukuda, M., Ito, T., Inoue, M., Yokoi, T., Chiku, S., Mitsuyama, T., Asai, K., Hirose, T., Aizawa, Y.
-
Journal Title
NUCLEIC ACIDS RESEARCH VOL.37
Pages: 4987-5000
Peer Reviewed
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
