2010 Fiscal Year Annual Research Report
核内低分子RNAによる遺伝子発現の多様性獲得機構の解明
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20370075
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| Research Institution | National Institute of Advanced Industrial Science and Technology |
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Principal Investigator |
廣瀬 哲郎 独立行政法人産業技術総合研究所, バイオメディシナル情報研究センター, 研究チーム長 (30273220)
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| Keywords | 遺伝子発現 / RNA / ゲノム / 分子生物学 |
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| Research Abstract |
ヒトに存在する標的が未同定なオーファンsnoRNAの機能解明を目指して引き続き解析を行った。前年度までに20種類以上のヒトのBoxC/D及びBoxH/ACAオーファンsnoRNAを、実施者が考案したアンチセンスオリゴヌクレオチド(ASO)によるノックダウン方法によって機能破壊する実験を行った。その中から、オーファンsnoRNA中の複数の配列を標的としたASOでノックダウンできるHBII295とU97を選別した。HeLa細胞を用いて、新たに2種類のオーファンsnoRNAのノックダウンした細胞を調整した。その細胞由来のトータルRNAとコントロール細胞由来のトータルRNAを用いて、次世代シーケンサーによるRNA-segを実施し、ノックダウン細胞で特異的に発現変化している遺伝子の同定を試みた。産総研CBRCグループとの共同研究によって、各リードをヒトゲノム上にマップし、様々な条件によって絞り込まれた発現変動遺伝子のリストを作製した。次に得られた候補をリアルタイムPCRによって確認する作業を行った。その結果、変化傾向を示す遺伝子を見出したが、その変化は期待よりも僅かなものであった。現在その検証を行うために、snoRNAと標的mRNA間相互作用を検出する実験系の開発を行っている。この他に、精製した核内Cajal体に含まれるRNA種の次世代シーケンサー解析で得られたCajal体局在snoRNAホスト遺伝子RNAについて解析をすすめ、転写開始点から数百塩基長のイントロンを含むRNA断片がCajal体画分に濃縮されることを見出した。また細胞内にトランスフェクションしたそのRNA断片がCajal体に局在することをFISH法によって検出した。さらにCajal体画分に含まれるRNAを精査した結果、繰り返し構造をもつ奇妙な遺伝子座由来のRNAがCajal体画分に高度に濃縮されることを見出した。
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[Journal Article] Thymus-specific noncoding RNA, Thy-ncR1, is a cytoplasmic riboregulator that facilitates hUPF1-dependent degradation of MFAP4 mRNA in specific T-cell leukemia cells.2010
Author(s)
Aoki, K., Harashima, A., Sano, M., Yokoi, T., Nakamura, S., Kibata, M., Hirose, T.
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Journal Title
BMC Molecular Biology
Volume: 11
Pages: 99
Peer Reviewed
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