2008 Fiscal Year Annual Research Report
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20370092
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| Research Institution | Osaka University |
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Principal Investigator |
四方 哲也 Osaka University, 大学院・情報科学研究科, 教授 (00222399)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
岸本 利彦 東邦大学, 理学部, 准教授 (90339200)
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| Keywords | トランスクリプトーム解析 / プロテオーム解析 / 耐熱化機構 / 大腸菌 |
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| Research Abstract |
研究計画に従って、
(1)増殖可能上限温度を3度上昇させた大腸菌をさらに高温適応させて、最少培地で46度でも通常の比増殖速度が得られる株を進化させた。
(2)再現性が高く,検出感度・精度も高レベルで安定しているゲノム変異解析,トランスクリプトーム比較解析を可能にするために、ゲノムタイリングアレイ使用条件の最適化を行った。その結果、一塩基置換が検出可能で、高精度のトランスクリプトーム解析が可能な条件を見出した。
(3)41度、43度、45度と徐々に高温適応した大腸菌株について、その進化過程の途中のストック株についてゲノム変異解析を行った。その結果、同義置換率を考慮して、43度以上で顕著な自然突然変異率の上昇がみられた。また、変異は酵素類よりはファクターなどの制御因子に多く入っていた。今後は配列確認と統計解析を進める。
(4)41度、43度、45度と徐々に高温適応した大腸菌株について、その進化過程の途中の株の可溶性細胞抽出液のタンパク質組成を電気泳動にて分析し、45度で発現の上昇や消失が見られるタンパク質および60度2時間処理に耐性を有するタンパク質を数種類見いだし、質量分析によるタンパク質同定を行った。その結果、分子シャペロンや細胞内酸化ストレスに関与するタンパク質、解糖系酵素を同定した。
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[Journal Article] Construction of Escherichia coli gene expression level perturbationcollection.2009
Author(s)
Kashiwagi, A., Sakurai, T., Tsuru, S., Ying, B-W., Mori, K., Yomo, T.
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Journal Title
Metab. Eng. 11
Pages: 56-63
Peer Reviewed
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[Journal Article] Model-based analysis of non-specific binding for background correctionof high-density oligonucleotide microarrays.2009
Author(s)
Furusawa, C, Ono, N., Suzuki, S., Agata, T., Shimizu, H., Yomo, T.
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Journal Title
Bioinformatics 25
Pages: 36-41
Peer Reviewed
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[Journal Article] Comprehensive analysis of the effects of Escherichia coli ORFs on protein translation reaction. : .2008
Author(s)
Kazuta, Y., Adachi, J., Matsuura, T., Ono, N., Mori, H., andYomo, T.
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Journal Title
Mol. Cell. Proteomics 7 (8)
Pages: 1530-1540
Peer Reviewed
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[Journal Article] An improved physico-chemical model of hybridization on high-density oligonucleotide microarrays.2008
Author(s)
Ono, N., Suzuki, S., Furusawa, C, Agata, T., Kashiwagi, A., Shimizu, H., Yomo, T.
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Journal Title
Bioinformatics 24(10)
Pages: 1278-1285
Peer Reviewed
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[Presentation] 耐熱性を進化させた大腸菌のゲノム変異の解析2008
Author(s)
飯島玲生, 小野直亮, 鈴木真吾, 岸本利彦, 辰巳誠, 森光太郎, インベイウェン, 古滓力, 四方哲也
Organizer
第31回日本分子生物学会年会・第81回日本生化学会大会・合同大会
Place of Presentation
神戸国際会議場
Year and Date
20081209-20081212
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[Presentation] Cellular fluctuation in protein concentration and its role on adaptiveresponse.2008
Author(s)
Yomo, T., Tsuru, S., Ichinose, J., Kaneko, K., Ying, B-W.
Organizer
The 9th International Conference on Systems Biology (ICSB 2008)
Place of Presentation
Goteborg, Sweden
Year and Date
20080822-20080828
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[Presentation] Adaptive gene expression to nutrient depletion out of native regulatorymechanisms.2008
Author(s)
Tsuru, S., Ying, B. W., Ushioda, J., Kashiwagi, A., Yomo, T.
Organizer
The 9th International Conference on Systems Biology (ICSB 2008)
Place of Presentation
Goteborg, Sweden
Year and Date
20080822-20080828
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[Presentation] Quantitative expression analysis using oligonucleotide microarrays basedon a physico-chemical model.2008
Author(s)
Ono, N., Suzuki, S., Furusawa, C, Shimizu, H., Yomo, T.
Organizer
3rd International Conference on Bio-Inspired Models of Network, Information, and Computing Systems (BIONETICS 2008)
Place of Presentation
Awaji Yumebutai International Conference Center, Hyogo
Year and Date
2008-11-25
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[Presentation] Cellular fluctuation in protein concentration and its role on adaptiveresponse2008
Author(s)
Yomo, T., Tsuru, S., Ichinose, J., Kaneko, K., Ying, B-W.
Organizer
The 9th International Conference on Systems Biology (ICSB 2008)
Place of Presentation
Goteborg, Sweden
Year and Date
2008-08-23
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