2009 Fiscal Year Annual Research Report
ゲノムサインによる野生動物および寄生虫内微生物の空間・時間移行データマップの作出
| Project/Area Number |
20380163
|
|---|
| Research Institution | Rakuno Gakuen University |
|---|
Principal Investigator |
遠藤 大二 Rakuno Gakuen University, 獣医学部, 教授 (40168828)
|
|---|
| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
浅川 満彦 酪農学園大学, 獣医学部, 教授 (30184138)
金子 正美 酪農学園大学, 環境システム学部, 教授 (00347767)
|
|---|
| Keywords | 野鳥 / PCR / degenerateプライマー / グラフレイアウトプログラム / 網羅的生物種同定 / 脊椎動物 / 節足動物 / 植物 |
|---|
| Research Abstract |
本年度は、野鳥の寄生虫の空間-時間マップを作成するための同定するためのアプローチとして、野鳥内の寄生生物種の同定と寄生種の空間-時間分析のためのネットワーク分析プログラムの準備を進めた。種の同定としては、ヒオドシジュケイTragopan satyraにHeterakis属の線虫が寄生していることを形態学的および分子生物学的に同定した。また、ヤンバルクイナGallirallus okinawaeに寄生しているHeterakis isolonche線虫およびGlaphyrostomum吸虫を区別しつつ迅速に同定する遺伝子増幅(PCR)法を確立した。さらに、網羅的な生物種の同定方法として、生物種ごとの遺伝子またはゲノムの塩基配列の相同性を元にグラフレイアウトプログラムによって平面的に対象配列を配置し、相同性クラスター群としてプライマー設計単位を同定するとともに、塩基配列の相同性60%程度の塩基配列集団について混合塩基を含むdegenerateプライマーを設計するプログラムを開発し、任意のウイルス間の共通プライマーを設計可能なホームページを公開した(http://www.geneknot.jp/cocomo)。続けて、対象を脊椎動物、節足動物および植物に広げ、rRNAおよびCox1等の報告例が多い遺伝子を用い、目および科レベルでの特異的共通プライマーの設計に着手した。これらの遺伝子分析からのデータの生成に備え、空間-時間分析のために、ネットワーク分析プログラムを作出し、同一種検出地域の関係を生物種の移動という形で把握し、生物種の移動が交叉する地域の特定を動的に行うための準備を進めた。
|
Research Products
(4 results)
