2010 Fiscal Year Annual Research Report
ゲノムサインによる野生動物および寄生虫内微生物の空間・時間移行データマップの作出
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20380163
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| Research Institution | Rakuno Gakuen University |
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Principal Investigator |
遠藤 大二 酪農学園大学, 獣医学部, 教授 (40168828)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
浅川 満彦 酪農学園大学, 獣医学部, 教授 (30184138)
金子 正美 酪農学園大学, 環境システム学部, 教授 (00347767)
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| Keywords | Genomic signature / 縮重塩基 / バイオバーコード / 野鳥寄生虫 / 空間疫学 / 野生動物疾病管理 / GIS / rRNA |
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| Research Abstract |
Genomic signatureを応用し、縮重塩基を応用して増幅範囲を広く設定したプライマーを設計するためのプログラムを節足動物、細菌およびウイルスについて作出した。特に、節足動物および細菌については、rRNAの保存配列中でのプライマーを自動設計化することにより増幅効率を高めた。また、節足動物については、これらのプライマーをITS領域の増幅に利用し、キャピラリー電気泳動法に応用することにより、野鳥の食餌中節足動物を同定するためのPCRおよび泳動方法を開発した。また、野鳥が感染する可能性のウイルスについては、ウイルス科内の近縁属レベルの共通プライマーセットを設計し、網羅的なウイルス検出を可能にした。これらの技術により、野鳥組織および糞便中の病原体検出が効率化された(遠藤)。また、野生動物中の寄生蠕虫について北海道を中心に採材と同定を進め、野生動物が持つ病原性・非病原性微生物相を網羅的に記載した。このことにより、前年度までに作成されたマトリックス化分析を拡大した。あわせて、野生動物疾病管理学に関するマニュアルを改善した(浅川)。これらの知見を活用して、野生生物の時間・空間マップの枠組みに調査データを追加し、また、種名を遺伝子データに合わせて標準化することにより、遺伝子データとの連携を可能にした。また、これまでに集積したGIS情報と併せて、データマイニングソフトによりデータマップを作成した。ただ、分析過程において、地理および時間情報が完全な採材記録の点数が複雑ネットワーク解析には不十分であったため、データベースを継続的に拡大するためのツールを開発した。これらの分析により、病原体を含む微生物の移動を総括的に把握するための、情報集積基盤を作出した(金子・遠藤)。
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Research Products
(10 results)
