Hybrid Approaches to Computationally Hard Problems : Approximation, Randomization, and Parallelization

2010 Fiscal Year Self-evaluation Report

• Project/Area Number: 20500021
• Research Category: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• Allocation Type: Single-year Grants
• Section: 一般
• Research Field: Fundamental theory of informatics
• Research Institution: Tokyo Denki University
• Principal Investigator: CHEN Zhi-Zhong Tokyo Denki University, 理工学部, 教授 (00242933)
• Project Period (FY): 2008 – 2011
• Keywords: 計算生物学 / バイオインフォマティクス / NP困難性 / 最適化問題

Research Abstract

(1)最大三角形詰め込み問題
このNP困難な問題の近似アルゴリズムとして,近似率0.518を達成するものが知られている.本研究で,混成アプローチを用いて,この問題を解くためのよりよいアルゴリズムを設計する.
(2)2-ボックスTandem複製歴再構築問題
このNP困難な問題の近似アルゴリズムとして,近似率6を達成するものが知られている.本研究で,混成アプローチを用いて,この問題を解くためのよりよいアルゴリズムを設計する.
(3)単純グラフにおける最大2-辺彩色問題
このNP困難な問題の近似アルゴリズムとして,近似率0.814を達成するものが知られている.本研究で,混成アプローチを用いて,この問題を解くためのよりよいアルゴリズムを設計する.
(4)Closest文字列と部分文字列問題
この2つのNP困難な問題に対して様々なアルゴリズムが知られている.本研究で,混成アプローチを用いて,この2つの問題を解くためのよりよいアルゴリズムを設計する.
(5)放射線ハイブリッドマップ問題
このNP困難な問題の近似アルゴリズムとして,近似率2を達成するものが知られている.本研究で,混成アプローチを用いて,この問題を解くためのよりよいアルゴリズムを設計する.

Research Products

• [Journal Article] An Approximation Algorithm for the Minimum Co-Path Set Problem. (2011)
  • Author(s): Z.-Z.Chen, G.Lin, L.Wang.
  • Journal Title: Algorithmica Vol.60 Pages: 969-986
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] HybridNET : a Tool for Constructing Hybridization Networks. (2010)
  • Author(s): Z.-Z.Chen, L.Wang.
  • Journal Title: Bioinformatics Vol.26, No.22 Pages: 2912-2913
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Approximating Maximum Edge 2 Coloring in Simple Graphs. (2010)
  • Author(s): Z-Z.Chen, S.Konno, Y.Matsushita.
  • Journal Title: Discrete Applied Mathematics Vol.158 Pages: 1894-1901
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] A 3.4713-Approximation Algorithm for the Capacitated Multicast Tree Routing Problem. (2009)
  • Author(s): Z.Cai, Z.-Z.Chen, G.Lin.
  • Journal Title: Theoretical Computer Science Vol.410, No.52 Pages: 5415-5424
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Approximating Maximum Edge 2-Coloring in Simple Graphs via Local Improvement. (2009)
  • Author(s): Z.-Z.Chen, R.Tanahashi.
  • Journal Title: Theoretical Computer Science Vol.410, No.45 Pages: 4543-4553
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Improved Approximation Algorithms for Reconstructing the History of Tandem Repeats. (2009)
  • Author(s): Z.-Z.Chen, L.Wang.
  • Journal Title: IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics Vol.6, No.3 Pages: 438-453
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Approximation Algorithms for Reconstructing the Duplication History of Tandem Repeats. (2009)
  • Author(s): Z.-Z.Chen, L.Wang, Z.Wang.
  • Journal Title: Algorithmica Vol.54, No.4 Pages: 501-529
  • Peer Reviewed
• [Presentation] A Three-String Approach to the Closest String Problem. (2010)
  • Author(s): Z.-Z.Chen, B.Ma, L.Wang.
  • Organizer: Proceedings of 16th Annual International Computing and Combinatorics Conference, Lecture Notes in Computer Science, Vol.6196, pp.449-458
  • Place of Presentation: Nha Trang, Vietnam
  • Year and Date: 20100719-20100721
• [Presentation] Approximating Maximum Edge 2-Coloring in Simple Graphs. (2010)
  • Author(s): Z.-Z.Chen, S.Konno, Y.Matsushita.
  • Organizer: Proceedings of 6th International Conference on Algorithmic Aspects in Information and Management, Lecture Notes in Computer Science, Vol.6124, pp.78-89
  • Place of Presentation: Weihai, China
  • Year and Date: 20100719-20100721
• [Presentation] A Linear Kernel for Co-Path/Cycle Packing. (2010)
  • Author(s): Z.-Z.Chen, M.R.Fellows, B.Fu, H.Jiang, Y.Liu, L.Wang, B.Zhu.
  • Organizer: Proceedings of 6th International Conference on Algorithmic Aspects in Information and Management, Lecture Notes in Computer Science, Vol.6124, pp.90-102
  • Place of Presentation: Weihai, China
  • Year and Date: 20100719-20100721