2010 Fiscal Year Annual Research Report
タンパク質の不規則領域のデータベースの構築と機能解析
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20500269
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| Research Institution | The University of Tokyo |
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Principal Investigator |
清水 謙多郎 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 教授 (80178970)
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| Keywords | 生体生命情報学 / 蛋白質 / プロテオーム / 構造予測 / 構造評価 / 構造精密化 |
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| Research Abstract |
本研究は、まず、PDBの各構造に登録された構造因子を直接解析し電子密度マップを再現するとともに、温度因子、溶媒露出表面積、二次構造も合わせて解析することで、実験事実からdisorderの「程度」を求める手法を開発し、PDBに登録された各構造に対して利用者がその基準を自由に指定し検索することができるデータベースを構築することを目的とする。今年度は、タンパク質の不規則領域(disorder領域)のデータベースを構築するとともに、より効果的な不規則領域の検索方法を検討し、また、精確かつ詳細に不規則領域の特性と、種々の機能との関係を調べた。
(1)不規則領域の定義・抽出法について検討し、効果的な不規則領域の検索方法を考案した。前年度構築した構造特徴データベースと電子密度マップデータベースを統合し、不規則領域データベースを完成させた。さまざまな入力形式、指定法に対応できるようにした。
(2)不規則領域の特性(アミノ酸の出現傾向、配列の複雑度、疎水性、電荷、進化速度(配列保存度)、長さの分布、タンパク質全体に占める割合、配列上の位置(N末、C末など)、空間上の位置、周辺の二次構造とその位置関係などを詳細に解析した。
(3)不規則領域と相互作用の関係(タンパク質問相互作用ネットワークにおけるハブタンパク質の特性や相互作用部位と不規則領域との関係、相互作用に関連したorder化など)を解析した。
(4)不規則領域とドメインの保存の関係について解析した。今後は、細胞局在、細胞分化、成長因子など不規則領域と関連が深いと言われている機能をもつタンパク質について詳細な解析を行う予定である。
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