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2008 Fiscal Year Annual Research Report

分子熱浴に接した多原子分子系のクラマース-フォッカー-プランク方程式の新展開

Research Project

Project/Area Number 20550011
Research InstitutionNagoya University

Principal Investigator

長岡 正隆  Nagoya University, 大学院・情報科学研究科, 教授 (50201679)

Keywords化学物理 / 原子・分子物理 / シミュレーション工学 / 自己組織化 / 非平衡
Research Abstract

凝集系で揺らいでいる溶質分子のダイナミクスについて、溶質分子の内部自由度に着目することにより、分子構造に対応する分布のダイナミクスとしてKramers-Fokker-Planck(KFP)方程式を導入することができる。最も単純なシステムは内部自由度が1である二原子分子であるが、対応する一次元KFP方程式では溶質分子に応答する周囲の溶媒の影響について考慮されていない。我々はその影響を数値的に評価するために、フッ化水素(HF)分子を含む水溶液系について、独立した100万本の分子動力学計算から、HF分子の振動エネルギー緩和に対する溶媒構造の揺らぎについて調査した。位相空間上の100万点は3つの自由度をもつ分布を計算することを保障する。
エネルギー緩和初期の0.1psについて解析した。HF分子周囲の溶媒分子の運動エネルギーを三次元空間分布として計算したところ、HF分子の振動エネルギーが第一溶媒和層の水分子に、振動を伴いながら伝播していることが分かった。このエネルギーを水分子の並進・回転・内部振動の成分に分離して評価したところ、平衡状態では成立しているエネルギー等分配則が破れ、特に内部振動についてのエネルギー伝搬が優位に現れていることが分かった。
我々はこれまでの研究で、KFP方程式を拡張する一つの方法として溶媒の熱力学情報を活用する方法を提案してきた。この方法では溶質周囲の温度勾配が引き起こす熱的な力が導入され、また、この揺らぎはメモリーカーネルにも関係している。本研究は、水分子の内部自由度に対応するエネルギー揺らぎが溶質分子のダイナミクスに与える影響について示した。

  • Research Products

    (16 results)

All 2009 2008

All Journal Article (3 results) (of which Peer Reviewed: 3 results) Presentation (13 results)

  • [Journal Article] Intrinsic Alteration in the Partial Molar Volume on the Protein Denaturation : Surficial Kirkwood-Buff Approach2009

    • Author(s)
      I. Yu, M. Takayanagi, M. Nagaoka
    • Journal Title

      Journal of Physical Chemistry B 113

      Pages: 3543-3547

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Surficial Kirkwood-Buff Approach on the Preferential Interaotion of Urea and Ectoine with Protein2008

    • Author(s)
      I. Yu, M. Nagaoka
    • Journal Title

      Proceedings of International Symposium on Frontiers of Computational Science 2008

      Pages: 9-14

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Conformation and Molecular Dynamics of Single Polystyrene Chain Confined in Coordination Nanospace2008

    • Author(s)
      T. Uemura, S. Horike, K. Kitagawa, M. Mizuno, K. Endo, S. Bracco, A. Comotti, P. Sozzani, M. Nagaoka, S. Kitagawa
    • Journal Title

      Journal of the American Chemical Society 130

      Pages: 6781-6788

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Toward Absolute Reaction Rate Theory In Solution Via Free Energy Gradient Method With Extensive Molecular Dynamics Simulations2009

    • Author(s)
      M. Nagaoka
    • Organizer
      ANSCSE13 (Annual Symposium on Computational Science and Engineering)
    • Place of Presentation
      Bangkok/Thailamd
    • Year and Date
      2009-03-27
  • [Presentation] 化学反応と分子シミュレーション2008

    • Author(s)
      長岡正隆
    • Organizer
      第2回分子シミュレーションスクール
    • Place of Presentation
      岡崎コンファレンスセンター/岡崎市
    • Year and Date
      2008-12-24
  • [Presentation] 凝集系化学反応とポテンシャル関数2008

    • Author(s)
      長岡正隆
    • Organizer
      第22回分子シミュレーション討論会
    • Place of Presentation
      岡山大学創立五十周年記念館/岡山市
    • Year and Date
      2008-11-17
  • [Presentation] 水溶液中アンモニアの微視的反応機構に関する理論的研究2008

    • Author(s)
      小谷野哲之, 竹中規雄, 長岡正隆
    • Organizer
      第22回分子シミュレーション討論会
    • Place of Presentation
      岡山大学創立五十周年記念館/岡山市
    • Year and Date
      2008-11-17
  • [Presentation] QM/MM-MD計算の結果に基いた、溶液分子の電荷分布の評価法とそのダイナミクス2008

    • Author(s)
      山田健太, 麻田俊夫, 長岡正隆, 古賀伸明
    • Organizer
      第2回分子科学討論会
    • Place of Presentation
      福岡国際会議場/福岡市
    • Year and Date
      2008-09-27
  • [Presentation] COリガンド光解離後に生じるヘモグロビンサブユニット構造変形の理論的解析2008

    • Author(s)
      岩橋知令, 高柳昌芳, 長岡正隆
    • Organizer
      第2回分子科学討論会
    • Place of Presentation
      福岡国際会議場/福岡市
    • Year and Date
      2008-09-27
  • [Presentation] アンモニアイオン化反応の水和構造変化に関する理論的研究2008

    • Author(s)
      小谷野哲之, 竹中規雄, 長岡正隆
    • Organizer
      第2回分子科学討論会
    • Place of Presentation
      福岡国際会議場/福岡市
    • Year and Date
      2008-09-27
  • [Presentation] Absolute Reaction Rates in Solution via Free Energy Gradient Method with Molecular Dynamics Simulations2008

    • Author(s)
      M. Nagaoka
    • Organizer
      World Association of Theoretical and Computational Chemists 2008
    • Place of Presentation
      Sydney/Australia
    • Year and Date
      2008-09-18
  • [Presentation] Adsorption state and Behavior of Small Molecules in Nanochanneled Metal-Organic Frameworks : An Electronic State Calculation2008

    • Author(s)
      Y. Ohta, H. Hitomi, M. Nagaoka
    • Organizer
      World Association of Theoretical and Computational Chemists 2008
    • Place of Presentation
      Sydney/Australia
    • Year and Date
      2008-09-15
  • [Presentation] On the Intermolecular Energy Transfer around Vibrationally Excited Hydrogen Fluoride in Aqueous Solution : A Molecular Dynamics Simulation study2008

    • Author(s)
      T. Okamoto, M. Nagaoka
    • Organizer
      World Association of Theoretical and Computational Chemists 2008
    • Place of Presentation
      Sydney/Australia
    • Year and Date
      2008-09-15
  • [Presentation] Microscopic Hydration Mechanism in the Ammonia Dissolution Process : Importance of the Solute QM Polarization2008

    • Author(s)
      N. Takenaka, Y. Koyano, M. Nagaoka
    • Organizer
      World Association of Theoretical and Computational Chemists 2008
    • Place of Presentation
      Sydney/Australia
    • Year and Date
      2008-09-15
  • [Presentation] MbCOリガンド光解離により生じる局所構造変化の理論的研究2008

    • Author(s)
      高柳昌芳, 岩橋知令, 長岡正隆
    • Organizer
      第3回計算科学フロンティアフォーラム
    • Place of Presentation
      東京ガーデンパレス/東京都
    • Year and Date
      2008-09-09
  • [Presentation] 金属-有機ミクロ孔物質における分子吸着状態に関する計算科学的研究2008

    • Author(s)
      太田雄介, 人見晴子, 長岡正隆
    • Organizer
      第3回計算科学フロンティアフォーラム
    • Place of Presentation
      東京ガーデンパレス/東京都
    • Year and Date
      2008-09-09

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Published: 2010-06-11   Modified: 2016-04-21  

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