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2009 Fiscal Year Annual Research Report

分子熱浴に接した多原子分子系のクラマース-フォッカー-プランク方程式の新展開

Research Project

Project/Area Number 20550011
Research InstitutionNagoya University

Principal Investigator

長岡 正隆  Nagoya University, 大学院・情報科学研究科, 教授 (50201679)

Keywords化学物理 / 原子・分子物理 / シミュレーション工学 / 自己組織化 / 非平衡
Research Abstract

凝集系の非平衡状態を統計力学的視点で解析するためのプログラムを作成した。既存の分子動力学計算プログラムAMBERの中で多数の初期状態に対する分子動力学計算を行い、同時に統計処理も行うようプログラムを改良することで、現実的な計算時間で多数の統計量を計算することが可能になった。
このプログラムを用いて、HF分子を含む水溶液に関するエネルギー緩和過程について調査した。HF分子をそれぞれ並進励起・回転励起・振動励起させたときの、溶媒水分子の並進・回転・振動に対応する運動エネルギーを時空間分布を10fs、0.2Åの解像度で計算した。この結果、HF分子から溶媒へのエネルギー伝搬の過程で、HF分子の振動モードと水分子の振動モードとの間に結合があることが分かった。各振動モードに対するエネルギー伝搬の仕方はそれぞれ異なり、特に分子内振動モードに関しては励起HF分子に対する水和構造の強固さに関係して、HF分子近傍の水分子群の運動エネルギーが上昇した。一方、回転モードや並進モードは熱伝搬が分子内振動モードと比較して速く、このことはいくつかの文献の報告通りである。しかしながら、振動緩和過程においては、分子内振動モードを利用したエネルギー伝搬経路は無視できるものではなく、また溶媒和構造に伝搬の仕方が影響を受けることから、疎視化手法としてこの効果を露わに取り入れる必要があることが分かった。また、年度途中に第3回分子科学討論会名古屋2009において、中間報告を行った。

  • Research Products

    (22 results)

All 2010 2009 Other

All Journal Article (5 results) (of which Peer Reviewed: 4 results) Presentation (17 results)

  • [Journal Article] Microscopic Hydration Mechanism in the Ammonia Dissolution Process : Importance of the Solute QM Polarization2010

    • Author(s)
      N.Takenaka, Y.Koyano, M.Nagaoka
    • Journal Title

      Chemical Physics Letters 485

      Pages: 119-123

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] An Optimum Strategy for Solution Chemistry Using Semiempirical Molecular Orbital Method : Importance of Description of Charge Distribution2009

    • Author(s)
      N.Takenaka, Y.Koyano, Y.Nakagawa, M.Nagaoka
    • Journal Title

      Journal of Computational Chemistry 31

      Pages: 1287-1296

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Energy Flow Analysis in Proteins via Ensemble Molecular Dynamics Simulations : Time-Resolvedn Vibrational Analysis and Surficial Kirkwood-Buff Theory2009

    • Author(s)
      M.Nagaoka, I.Yu, M.Takanagi
    • Journal Title

      Proteins : Energy, Heat and Signal Flow

      Pages: 169-196(28)

  • [Journal Article] On the Importance of Lennard-Jones Parameter Calibration in QM/MM Framework : Reaction Path Tracing via Free Energy Gradient Method for Ammonia Ionization Process in Aqueous Solution

    • Author(s)
      Y.Koyano, N.Takenaka, Y.Nakagawa, M.Nagaoka
    • Journal Title

      Bulletin of the Chemical Society of Japan (印刷中)

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] An Optimum Strategy for Solution Chemistry Using Semiempirical Molecular Orbital Method II : Primary Importance of Reproducing Electrostatic Interaction in the QM/MM Framework

    • Author(s)
      Y.Koyano, N.Takenaka, Y.Nakagawa, M.Nagaoka
    • Journal Title

      Journal of Computational Chemistry (印刷中)

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Computational Chemical Studies Toward Dealing with ProteinFunctions-Turning around Myoglobin-2010

    • Author(s)
      M.Nagaoka
    • Organizer
      Pure and Applied Chemistry International Conference 2010(PACCON 2010)
    • Place of Presentation
      Ubon Ratchathani/Thailand
    • Year and Date
      2010-06-22
  • [Presentation] タンパク質体積パラドックスの分子描像 : 表面カークウッド-バフ積分法による考察2009

    • Author(s)
      優乙石, 長岡正隆
    • Organizer
      第47回生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      徳島
    • Year and Date
      20091031-20091101
  • [Presentation] Molecular Picture of Protein Volume Paradox : A Study by Surficial Kirkwood-Buff Integral Method2009

    • Author(s)
      I.Yu, M.Nagaoka
    • Organizer
      The Fourth Asian Pacific Conference of Theoretical & Computational Chemistry
    • Place of Presentation
      Port Dickson/Malaysia
    • Year and Date
      2009-12-22
  • [Presentation] An Optimum Strategy for Solution Chemistry Using Semiempirical Molecular Orbital Method : Importance of Reproducing Solute Charge Distribution2009

    • Author(s)
      N.Takenaka, Y.Koyano, M.Nagaoka
    • Organizer
      The Fourth Asian Pacific Conference of Theoretical & Computational Chemistry
    • Place of Presentation
      Port Dickson/Malaysia
    • Year and Date
      2009-12-22
  • [Presentation] Anisotropic Relaxation Pathway of Excess Energy of Photolyzed MbCO by Perturbation Ensemble Method2009

    • Author(s)
      M.Takayanagi, M.Nagaoka
    • Organizer
      The Fourth Asian Pacific Conference of Theoretical & Computational Chemistry
    • Place of Presentation
      Port Dickson/Malaysia
    • Year and Date
      2009-12-22
  • [Presentation] 溶液化学反応のための半経験的分子軌道法の最適手法II : QM/MM間静電相互作用の再現性2009

    • Author(s)
      小谷野哲之, 竹中規雄, 長岡正隆
    • Organizer
      第23回分子シミュレーション討論会
    • Place of Presentation
      名古屋市中小企業振興会館
    • Year and Date
      2009-11-30
  • [Presentation] グロビンタンパク質緩和過程の統計的解析 : 大規模分散フレームワークHadoopによる超多並列MD計算の実行とその応用2009

    • Author(s)
      高柳昌芳, 大槻進, 長岡正隆
    • Organizer
      第23回分子シミュレーション討論会
    • Place of Presentation
      名古屋市中小企業振興会館
    • Year and Date
      2009-11-30
  • [Presentation] 溶液化学反応のための半経験的分子軌道法の最適手法 : ポテンシャル面と電荷分布2009

    • Author(s)
      竹中規雄, 小谷野哲之, 長岡正隆
    • Organizer
      第23回分子シミュレーション討論会
    • Place of Presentation
      名古屋市中小企業振興会館
    • Year and Date
      2009-11-30
  • [Presentation] Toward Absolute Reaction Rate Theory in Solution via Free Energy Gradient Method with Extensive QM/MM Molecular Dynamics Simulations2009

    • Author(s)
      M.Nagaoka
    • Organizer
      The 3rd Japan-Czech-Slovak symposium on Theoretical and Computational Chemistry
    • Place of Presentation
      Bratislava/Slovak Republic
    • Year and Date
      2009-10-10
  • [Presentation] 溶質分子エネルギー緩和過程における溶媒熱障壁について2009

    • Author(s)
      岡本拓也, 長岡正隆
    • Organizer
      第3回分子科学討論会名古屋2009
    • Place of Presentation
      名古屋大学
    • Year and Date
      2009-09-24
  • [Presentation] 光解離MbCOヘム近傍領域への非等方的余剰エネルギー緩和過程の理論的研究2009

    • Author(s)
      高柳昌芳, 大槻進, 長岡正隆
    • Organizer
      第3回分子科学討論会名古屋2009
    • Place of Presentation
      名古屋大学
    • Year and Date
      2009-09-24
  • [Presentation] Trypsine-BPTIにおける自由エネルギー面上でのアシル化反応に関する理論的解析2009

    • Author(s)
      麻田俊雄, 竹中規雄, 小谷野哲之, 長岡正隆, 小関史朗
    • Organizer
      第3回分子科学討論会名古屋2009
    • Place of Presentation
      名古屋大学
    • Year and Date
      2009-09-24
  • [Presentation] 自由エネルギー勾配法によるアンモニアイオン化反応の理論的研究2009

    • Author(s)
      小谷野哲之, 竹中規雄, 長岡正隆
    • Organizer
      第3回分子科学討論会名古屋2009
    • Place of Presentation
      名古屋大学
    • Year and Date
      2009-09-24
  • [Presentation] 部分モル体積の空間分布から見たタンパク質変性 : カークウッド-バフ積分法による考察2009

    • Author(s)
      優乙石, 長岡正隆
    • Organizer
      第3回分子科学討論会名古屋2009
    • Place of Presentation
      名古屋大学
    • Year and Date
      2009-09-23
  • [Presentation] FEG-NEB法による水溶液中グリシン異性化反応に関する理論的研究2009

    • Author(s)
      竹中規雄, 麻田俊雄, 小谷野哲之, 長岡正隆
    • Organizer
      第3回分子科学討論会名古屋2009
    • Place of Presentation
      名古屋大学
    • Year and Date
      2009-09-22
  • [Presentation] MbCO光解離直後に生じる非等方的緩和過程の高分解能解析2009

    • Author(s)
      高柳昌芳, 長岡正隆
    • Organizer
      第12回理論化学討論会
    • Place of Presentation
      東京大学
    • Year and Date
      2009-05-30
  • [Presentation] 表面Kirkwood-Buff積分法によるタンパク質部分モル体積不変性の微視的理解2009

    • Author(s)
      優乙石, 長岡正隆
    • Organizer
      第12回理論化学討論会
    • Place of Presentation
      東京大学
    • Year and Date
      2009-05-30

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Published: 2011-06-16   Modified: 2016-04-21  

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