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2010 Fiscal Year Annual Research Report

分子熱浴に接した多原子分子系のクラマース-フォッカー-プランク方程式の新展開

Research Project

Project/Area Number 20550011
Research InstitutionNagoya University

Principal Investigator

長岡 正隆  名古屋大学, 大学院・情報科学研究科, 教授 (50201679)

Keywords化学物理 / 原子・分子物理 / シミュレーション工学 / 自己組織化 / 非平衡
Research Abstract

ブラウン粒子のダイナミクスに対応するフォッカー-プランク方程式は、ブラウン粒子に内部自由度のある系に拡張することができる。しかし、ブラウン粒子と溶媒分子の大きさが同程度である凝集系では互いの運動のスケールを分離することができない。このため分子動力学計算の結果をフォッカー-プランク方程式で扱う座標系への射影する方法として、揺らぎの中で座標系を決定する方法を提案した。
HF分子は線形分子であるため、分子の掃いてつくる分布は瞬間分子固定座標系において軸対象になるが、実際には周囲に水分子が揺らいで存在しているために、回転揺らぎが表現できる座標系であるとよい。HF分子の重心の速度相関と分子軸の回転相関を計算したところ、予想されたように長時間の相関が現れる。特徴として、10fsオーダーの時間スケールをもつ減衰が見られるため、0fs、20fs、100fsの窓を設定した上で、この時間窓内で起こる揺らぎの中で定義される平均的な分子構造をもとに座標系をそれぞれ定めた。得られた結果は設定した窓サイズによって大きく異なる。特に窓サイズ20fsでは、HF分子の重心運動に関しては窓サイズ0fsのダイナミクスに近いダイナミクスを表現しつつ、窓サイズ0fsでは表現できなかった回転運動を表現することができた。フォッカー-プランク方程式の導出過程では、時空間スケールの分離に関連した近似が行われている。したがって、時間スケールの設定に伴う分布ダイナミクスの変化は、近似レベルによりいくつかの粗視化表現が可能であることを予見させる。

  • Research Products

    (23 results)

All 2011 2010 2001

All Journal Article (3 results) (of which Peer Reviewed: 3 results) Presentation (19 results) Book (1 results)

  • [Journal Article] A Minimal Implementation of the AMBER-GAUSSIAN Interface for Ab Initio QM/MM-MD Simulation2010

    • Author(s)
      T.Okamoto, K.Yamada, Y.Koyano, T.Asada, N.Koga, M.Nagaoka
    • Journal Title

      Journal of Computational Chemistry

      Volume: 32 Pages: 932-942

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Influence of Hydrostatic Pressure on Dynamics and Spatial Distribution of Protein Partial Molar Vblume : Time-Resolved Surficial Kirkwood-Buff Approach2010

    • Author(s)
      I.Yu, T.Tasaki, K.Nakada, M.Nagaoka
    • Journal Title

      The Journal of Physical Chemistry B

      Volume: 114 Pages: 12392-12397

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structural Dynamics of Clamshell Rotation during the Incipient Relaxation Process of Photodissociated Carbonmonoxymyoglobin : Statistical Analysis by Perturbation Ensemble Method2010

    • Author(s)
      M.Takayanagi, C.Iwahashi, M.Nagaoka
    • Journal Title

      The Journal of Physical Chemistry B

      Volume: 114 Pages: 12340-12348

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 化学反応のマルチスケールシミュレーション2011

    • Author(s)
      長岡正隆
    • Organizer
      計算数理工学フォーラム
    • Place of Presentation
      愛知工業大学本山キャンパス(愛知県)
    • Year and Date
      2011-03-30
  • [Presentation] Ammonia dissolution process into water : An approach by the free energy gradient method.2010

    • Author(s)
      M.Nagaoka
    • Organizer
      The International Chemical Congress of Pacific Basin Societies(Pacifichem 2010)
    • Place of Presentation
      Honolulu, Hawaii, USA
    • Year and Date
      2010-12-16
  • [Presentation] Ab initio QM/MM-MD法による水溶液中グリシン配座異性体の自由エネルギー的安定性2010

    • Author(s)
      北村勇吉, 竹中規雄, 長岡正隆
    • Organizer
      第24回分子シミュレーション討論会
    • Place of Presentation
      福井県県民ホール(福井県)
    • Year and Date
      2010-11-25
  • [Presentation] テトラヒドロフラン(THF)溶媒中におけるメチルリチウム会合状態の自由エネルギー的安定性2010

    • Author(s)
      杉山孝行、太田雄介、長岡正隆
    • Organizer
      第24回分子シミュレーション討論会
    • Place of Presentation
      福井県県民ホール(福井県)
    • Year and Date
      2010-11-25
  • [Presentation] 光解離MbCOにおけるclamshell rotationの高分解能解析2010

    • Author(s)
      高柳昌芳, 長岡正隆
    • Organizer
      第24回分子シミュレーション討論会
    • Place of Presentation
      福井県県民ホール(福井県)
    • Year and Date
      2010-11-24
  • [Presentation] 芳香族アミド膜の重合反応過程に関する理論的研究2010

    • Author(s)
      鈴木雄一, 小谷野哲之, 長岡正隆
    • Organizer
      第24回分子シミュレーション討論会
    • Place of Presentation
      福井県県民ホール(福井県)
    • Year and Date
      2010-11-24
  • [Presentation] 補償溶質エクトインによる蛋白質構造安定化の分子機構:分子動力学シミュレーション法による微視的理解2010

    • Author(s)
      優乙石、中田恭子、長岡正隆
    • Organizer
      第11回極限環境生物学会年会
    • Place of Presentation
      京都大学(京都府)
    • Year and Date
      2010-11-15
  • [Presentation] 生体高分子の分子動力学シミュレーション-現状と展望-2010

    • Author(s)
      長岡正隆
    • Organizer
      岡山大・立命館大共催研究会力学と統計力学のはざま
    • Place of Presentation
      立命館大学(滋賀県)
    • Year and Date
      2010-09-26
  • [Presentation] 高静水圧によるタンパク質部分モル体積減少の分子動力学的描像:時間分解カークウッド-バフ法による考察2010

    • Author(s)
      優乙石、中田恭子、長岡正隆
    • Organizer
      第48回生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      東北大学(宮城県)
    • Year and Date
      2010-09-21
  • [Presentation] 自由エネルギー面上での水溶液中グリシンの分子内プロトン移動の反応経路探索2010

    • Author(s)
      竹中規雄、小谷野哲之、北村勇吉、麻田俊雄、長岡正隆
    • Organizer
      第4回分子科学討論会
    • Place of Presentation
      大阪大学(大阪府)
    • Year and Date
      2010-09-17
  • [Presentation] 自由エネルギー勾配法による水溶液中アンモニアイオン化過程の反応経路探索:分極効果の重要性2010

    • Author(s)
      小谷野哲之、竹中規雄、長岡正隆
    • Organizer
      第4回分子科学討論会
    • Place of Presentation
      大阪大学(大阪府)
    • Year and Date
      2010-09-17
  • [Presentation] 凝集系化学反応の理論的展開-QM/MM法と自由エネルギー勾配法-2010

    • Author(s)
      長岡正隆
    • Organizer
      第106回触媒討論会
    • Place of Presentation
      山梨大学(山梨県)
    • Year and Date
      2010-09-17
  • [Presentation] 摂動アンサンブルMD法による一酸化炭素リガンド解離ミオグロビンに生じるclamshell rotationの高分解能解析2010

    • Author(s)
      高柳昌芳、長岡正隆
    • Organizer
      第4回分子科学討論会
    • Place of Presentation
      大阪大学(大阪府)
    • Year and Date
      2010-09-16
  • [Presentation] QM/MM法におけるQM電子分布を再現する点電荷分布評価法2010

    • Author(s)
      山田健太、小谷野哲之、岡本拓也、麻田俊雄、古賀伸明、長岡正隆
    • Organizer
      第4回分子科学討論会
    • Place of Presentation
      大阪大学(大阪府)
    • Year and Date
      2010-09-16
  • [Presentation] アポミオグロビン部分モル体積のダイナミクスおよび空間分布に及ぼす高静水圧の影響:時間分解カークウッド-バフ積分法による考察2010

    • Author(s)
      優乙石、中田恭子、長岡正隆
    • Organizer
      第4回分子科学討論会
    • Place of Presentation
      大阪大学(大阪府)
    • Year and Date
      2010-09-16
  • [Presentation] QM/MM法を用いたTxypsin-BPTIにおける触媒反応経路最適化に関する理論的研究2010

    • Author(s)
      麻田俊雄、竹中規雄、小谷野哲之、長岡正隆、小関史朗
    • Organizer
      第4回分子科学討論会
    • Place of Presentation
      大阪大学(大阪府)
    • Year and Date
      2010-09-14
  • [Presentation] 水溶液中グリシンの分子内プロトン移動反応に関する理論的研究2010

    • Author(s)
      竹中規雄、小谷野哲之、北村勇吉、麻田俊雄、長岡正隆
    • Organizer
      第13回理論化学討論会
    • Place of Presentation
      北海道大学(北海道)
    • Year and Date
      2010-05-24
  • [Presentation] 自由エネルギー勾配法による水溶液中アンモニアイオン化過程の反応経路探索2010

    • Author(s)
      小谷野哲之、竹中規雄、長岡正隆
    • Organizer
      第13回理論化学討論会
    • Place of Presentation
      北海道大学(北海道)
    • Year and Date
      2010-05-24
  • [Presentation] タンパク質部分モル体積のダイナミクス及び空間分布に及ぼす高静水圧の影響:時間分解カークウッド-バフ法による考察2001

    • Author(s)
      優乙石、中田恭子、長岡正隆
    • Organizer
      日本化学会第91春季年会
    • Place of Presentation
      要旨集
    • Year and Date
      2001-03-11
  • [Book] 計算科学講座第2部計算科学の展開 第6巻「分子システムの計算科学」第3章「化学反応の計算科学」2010

    • Author(s)
      長岡正隆
    • Total Pages
      96
    • Publisher
      共立出版株式会社

URL: 

Published: 2012-07-19  

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