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2010 Fiscal Year Final Research Report

Redox- and CO-dependent Transcription Mechanism by NPAS2

Research Project

  • PDF
Project/Area Number 20570121
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

Allocation TypeSingle-year Grants
Section一般
Research Field Functional biochemistry
Research InstitutionHokkaido University

Principal Investigator

UCHIDA Takeshi  Hokkaido University, 大学院・理学研究院, 助教 (30343742)

Project Period (FY) 2008 – 2010
Keywords時計蛋白質 / 転写制御 / DNA結合 / ラマン分光法 / NPAS2
Research Abstract

The purpose of this project is to clarify the mechanism of the redoxand CO-dependent transcription by NPAS2. By using resonance Raman technique, we found that CO can bind to heme located inside NPAS2, which leads to a small conformational change around heme peripheral groups. Such a conformational change around heme is a trigger for the protein whole structural change to modulate the affinity of NPAS2 to the target DNA.

  • Research Products

    (53 results)

All 2011 2010 2009 2008 Other

All Journal Article (7 results) (of which Peer Reviewed: 7 results) Presentation (45 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Unusual Heme Binding in the Bacterial Iron Response Regulator Protein (Irr) : SpectralCharacterization of Heme Binding to HemeRegulatory Motif.2011

    • Author(s)
      Ishikawa, H., Nakagaki, M., Bamba, A., Uchida T., Hori, H., O'Brian, M.R., Iwai, K., Ishimori, K.
    • Journal Title

      Biochemistry 50

      Pages: 1016-1022

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Redox-controlled backbone dynamics of human cytochrome c revealed by 15N NMR relaxation measurements.2010

    • Author(s)
      Sakamoto, K., Kamiya, M., Uchida T., Kawano K., Ishimori, K.
    • Journal Title

      Biochemical and Biophysical Research Communications. 398

      Pages: 231-236

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Molecular oxygen regulates theenzymatic activity of a heme-containing diguanylate cyclase (HemDGC) for the synthesis of cyclic di-GMP2010

    • Author(s)
      Sawai, H., Yoshioka, S., Uchida T., Hyodo, M., Hayakawa, Y., Ishimori, K., Aono, S.
    • Journal Title

      Biochimica et Biophysica Acta 1804

      Pages: 166-172

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Heme binding characteristics of the isolated PAS-A domain of Per2, a transcriptional regulatory factor associated with circadian rhythms2008

    • Author(s)
      Kitanishi, K., 他5名, Uchida T., Ishimori, K., Shimizu, T.
    • Journal Title

      Biochemistry 47

      Pages: 6157-6168

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 共鳴ラマン分光法を利用したヘムタンパク質の活性部位近傍の構造に関する研究2008

    • Author(s)
      内田毅
    • Journal Title

      蛋白質科学会『蛋白質アーカイブ』 1

      Pages: e034

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Construction of subnanosecond time-resolved, high-resolution UV resonance Raman measurement system and its application toreveal the dynamical structures of proteins.2008

    • Author(s)
      Kubo, M., Uchida T., Nakashima, S., Kitagawa, T.
    • Journal Title

      Appl.Spectrosc. 62

      Pages: 30-37

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Reactive complexes inmyoglobin and nitric oxide synthase.2008

    • Author(s)
      Hersleth, H.-P., Uchida T., 他14名, Andersson, K.K.
    • Journal Title

      Inorg.Chim.Acta 361

      Pages: 831-847

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 呼吸鎖におけるシトクロムc-シトクロムc酸化酵素電子伝達複合体の多次元NMRを用いた相互作用解析2011

    • Author(s)
      今井瑞依、井上郁、野本直子、内田毅、新澤(伊藤)恭子、吉川信也、石森浩一郎
    • Organizer
      日本化学会第91春季年会
    • Place of Presentation
      神奈川大学
    • Year and Date
      20110326-20110329
  • [Presentation] ミトコンリアの呼吸鎖におけるシトクロムcと活性酸素の反応機構の解明2011

    • Author(s)
      関根由可里、内田毅、石森浩一郎
    • Organizer
      日本化学会第91春季年会
    • Place of Presentation
      神奈川大学
    • Year and Date
      20110326-20110329
  • [Presentation] 呼吸鎖におけるシトクロムc-シトクロムc酸化酵素電子伝達複合体の多次元NMRを用いた相互作用解析2011

    • Author(s)
      今井瑞依、井上郁、野本直子、内田毅、新澤(伊藤)恭子、吉川信也、石森浩一郎
    • Organizer
      化学系学協会北海道支部2011年冬季研究発表会
    • Place of Presentation
      北海道大学学術交流会館
    • Year and Date
      20110201-20110202
  • [Presentation] 転写因子Irrの転写制御機構における酸化修飾とヘムの役割2011

    • Author(s)
      竜川泰良、泉梢、内田毅、石森浩一郎
    • Organizer
      化学系学協会北海道支部2011年冬季研究発表会
    • Place of Presentation
      北海道大学学術交流会館
    • Year and Date
      20110201-20110202
  • [Presentation] FRETの圧力依存性を利用したタンパク質の構造揺らぎの解析2011

    • Author(s)
      唯木規裕、内田毅、石森浩一郎
    • Organizer
      化学系学協会北海道支部2011年冬季研究発表会
    • Place of Presentation
      北海道大学学術交流会館
    • Year and Date
      20110201-20110202
  • [Presentation] FRETを用いた圧力による蛋白質構造揺らぎの解析2011

    • Author(s)
      唯木規裕、内田毅、石森浩一郎
    • Organizer
      2010年度日本生物物理学会北海道支部例会
    • Place of Presentation
      北海道大学理学部
    • Year and Date
      2011-03-08
  • [Presentation] ミトコンドリア呼吸鎖でのシトクロムcによる過酸化水素の除去2011

    • Author(s)
      関根由可里、内田毅、石森浩一郎
    • Organizer
      2010年度日本生物物理学会北海道支部例会
    • Place of Presentation
      北海道大学理学部
    • Year and Date
      2011-03-08
  • [Presentation] Heme chaperone mechanism of cytochrome c maturation protein, CcmE.2010

    • Author(s)
      内田毅, 川村領樹, 畦地翔, 石森浩一郎
    • Organizer
      Pacifichem 2010
    • Place of Presentation
      Hawaii Convention Center, USA
    • Year and Date
      20101215-20101220
  • [Presentation] ヘム依存性転写因子Irrの酸化修飾機構2010

    • Author(s)
      泉梢、北辻千展、内田毅、石森浩一郎
    • Organizer
      第33回日本分子生物学会年会・第83回日本生化学会大会合同大会
    • Place of Presentation
      神戸ポートアイランド
    • Year and Date
      20101207-20101210
  • [Presentation] ヘムの結合による鉄代謝制御タンパク質IRP2の機能制御2010

    • Author(s)
      奥谷博考、武田有紀子、内田毅、岩井一宏、石森浩一郎
    • Organizer
      第33回日本分子生物学会年会・第83回日本生化学会大会合同大会
    • Place of Presentation
      神戸ポートアイランド
    • Year and Date
      20101207-20101210
  • [Presentation] FRETの圧力依存性を利用したタンパク質の構造的揺らぎの解析2010

    • Author(s)
      唯木規裕、内田毅、石森浩一郎
    • Organizer
      第33回溶液化学シンポジウム
    • Place of Presentation
      京都大学百周年時計台記念館2階国際交流ホール
    • Year and Date
      20101116-20101118
  • [Presentation] ヘムシャペロン蛋白質のヘム輸送機構(Heme transfer mechanism of hemechaperone protein)2010

    • Author(s)
      内田毅
    • Organizer
      第48回生物物理学会年会「金属タンパク質における弱い相互作用の構造と機能-タンパク質場と特異的反応-(Structure and Function of Weak Interaction in Metalloproteins -Protein Field and Highly Organized Specific Reaction-)」
    • Place of Presentation
      東北大学川内キャンパス
    • Year and Date
      20100920-20100922
  • [Presentation] Functional and structural characterization of oxidative modification in heme-regulated proteins.2010

    • Author(s)
      北辻千展、泉梢、竜川泰良、内田毅、岩井一宏、Mark O'Brian、石森浩一郎
    • Organizer
      第20回金属の関与する生体関連反応シンポジウム
    • Place of Presentation
      徳島文理大学
    • Year and Date
      20100625-20100626
  • [Presentation] シトクロムc-シトクロム酸化酵素間の電子伝達機構に関する構造化学的検討2010

    • Author(s)
      野本直子、坂本光一、内田毅、新澤(伊藤)恭子、吉川信也、石森浩一郎
    • Organizer
      第37回生体分子科学討論会
    • Place of Presentation
      山口大学
    • Year and Date
      20100618-20100619
  • [Presentation] シトクロムc成熟化過程におけるCcmEのヘムシャペロン機構に関する構造化学的検討2010

    • Author(s)
      畦地翔、川村領樹、野本直子、内田毅、石森浩一郎
    • Organizer
      第10回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      札幌コンベンションセンター
    • Year and Date
      20100616-20100618
  • [Presentation] ヘムの結合による鉄代謝制御蛋白質IRP2の機能制御2010

    • Author(s)
      奥谷博考、内田毅、岩井一宏、石森浩一郎
    • Organizer
      第10回日本蛋白質科学会年会札幌コンベンションセンター
    • Place of Presentation
      札幌コンベンションセンター
    • Year and Date
      20100616-20100618
  • [Presentation] ヘムシャペロン蛋白質CcmEからアポシトクロムcへのヘムの受け渡し反応機構2010

    • Author(s)
      川村領樹、内田毅、石森浩一郎
    • Organizer
      第10回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      札幌コンベンションセンター
    • Year and Date
      20100616-20100618
  • [Presentation] ヘム依存性転写因子Irrにおけるヘム及び非ヘム鉄の結合部位の検討2010

    • Author(s)
      泉梢、北辻千展、内田毅、石森浩一郎
    • Organizer
      第10回日本蛋白質科学会年会、札幌コンベンションセンター
    • Place of Presentation
      札幌コンベンションセンター
    • Year and Date
      20100616-20100618
  • [Presentation] シトクロムcにおけるシトクロムc酸化酵素との電子伝達反応に重要なアミノ酸残基の検討2010

    • Author(s)
      井上郁、坂本光一、内田毅、伊藤-新澤恭子、吉川信也、石森浩一郎
    • Organizer
      日本化学会第90春季年会
    • Place of Presentation
      近畿大学
    • Year and Date
      20100326-20100329
  • [Presentation] ヘム依存性転写因子Irrにおけるヘム及び非ヘム鉄の結合部位の検討2010

    • Author(s)
      泉梢、北辻千展、内田毅、石森浩一郎
    • Organizer
      化学系学協会北海道支部2010年冬季研究発表会
    • Place of Presentation
      北海道大学学術交流会館
    • Year and Date
      20100126-20100127
  • [Presentation] シトクロムc-におけるシトクロムc酸化酵素との電子伝達反応に重要なアミノ酸残基の検討2010

    • Author(s)
      井上郁、坂本光一、野本直子、内田毅、伊藤-新澤恭子、吉川信也、石森浩一郎
    • Organizer
      化学系学協会北海道支部2010年冬季研究発表会
    • Place of Presentation
      北海道大学学術交流会館
    • Year and Date
      20100126-20100127
  • [Presentation] 鉄制御タンパク質IRP2において酸化修飾を引き起こすヘムの結合に関する研究2010

    • Author(s)
      奥谷博考、内田毅、岩井一宏、石森浩一郎
    • Organizer
      化学系学協会北海道支部2010年冬季研究発表会
    • Place of Presentation
      北海道大学学術交流会館
    • Year and Date
      20100126-20100127
  • [Presentation] シトクロムc-のヘムシャペロンCcmEの機能の検討2010

    • Author(s)
      川村領樹、内田毅、石森浩一郎
    • Organizer
      化学系学協会北海道支部2010年冬季研究発表会
    • Place of Presentation
      北海道大学学術交流会館
    • Year and Date
      20100126-20100127
  • [Presentation] 私のAKTA使用法2010

    • Author(s)
      内田毅
    • Organizer
      AKTAUser Day
    • Place of Presentation
      北海道大学シオノギ創薬イノベーションセンター1階産学コミュニティーホール
    • Year and Date
      2010-11-25
  • [Presentation] 酸化修飾を利用する鉄依存性転写因子Irrにおけるヘム制御モチーフの機能2010

    • Author(s)
      竜川泰良、泉梢、内田毅、石森浩一郎
    • Organizer
      日本化学会北海道支部2010年夏季研究発表会
    • Place of Presentation
      函館工業高等専門学校
    • Year and Date
      2010-07-23
  • [Presentation] 呼吸鎖末端複合体における電子伝達機構の解明:多次元NMRを用いたシトクロムcの構造解析2010

    • Author(s)
      今井瑞依、井上郁、野本直子、内田毅、新澤(伊藤)恭子、吉川信也、石森浩一郎
    • Organizer
      第47回日本生化学会北海道支部例会
    • Place of Presentation
      北海道大学医学部
    • Year and Date
      2010-07-22
  • [Presentation] シトクロムc成熟化過程におけるCcmEヘムシャペロン機構に関する研究:二次元NMRを用いた構造解析2010

    • Author(s)
      畦地翔、川村領樹、野本直子、内田毅、岩井一宏、石森浩一郎
    • Organizer
      2009年度日本生物物理学会北海道支部例会
    • Place of Presentation
      北海道大学理学部
    • Year and Date
      2010-03-08
  • [Presentation] シトクロム酸化酵素-シトクロムc-間電子移動反応の構造化学的解析2009

    • Author(s)
      坂本光一、野本直子、井上郁、内田毅、新澤(伊藤)恭子、吉川信也、石森浩一郎
    • Organizer
      日本生体エネルギー研究会第35回討論会
    • Place of Presentation
      旭川医科大
    • Year and Date
      20091218-20091220
  • [Presentation] ヘム依存性転写因子における分子状酸素の活性化と自己酸化反応機構2009

    • Author(s)
      北辻千展、内田毅、岩井一宏、Mark O'Brian、石森浩一郎
    • Organizer
      第42回酸化反応討論会
    • Place of Presentation
      東北大学・片平さくらホール、仙台
    • Year and Date
      20091114-20091115
  • [Presentation] シトクロムc-におけるシトクロムc酸化酵素との電子伝達反応に重要なアミノ酸残基の検討2009

    • Author(s)
      井上郁、坂本光一、野本直子、内田毅、伊藤-新澤恭子、吉川信也、石森浩一郎
    • Organizer
      第47回生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      徳島文理大学
    • Year and Date
      20091029-20091031
  • [Presentation] ヘム依存性転写因子Irrにおけるヘム及び非ヘム鉄の結合部位の検討2009

    • Author(s)
      泉梢、北辻千展、内田毅、石森浩一郎
    • Organizer
      第82回日本生化学会大会
    • Place of Presentation
      神戸ポートアイランド
    • Year and Date
      20091021-20091024
  • [Presentation] 鉄代謝制御タンパク質IRP2において酸化修飾を引き起こすヘムの結合部位の同定2009

    • Author(s)
      奥谷博考、内田毅、岩井一宏、石森浩一郎
    • Organizer
      第82回日本生化学会大会
    • Place of Presentation
      神戸ポートアイランド
    • Year and Date
      20091021-20091024
  • [Presentation] リガンド脱離後のヘムのダイナミクスに対するヘム周辺アミノ酸残基の効果:時間分解共鳴ラマン分光法による研究2009

    • Author(s)
      小林主弥、石川春人、内田毅、石森浩一郎、水谷泰久
    • Organizer
      第3回分子科学討論会
    • Place of Presentation
      名古屋大学
    • Year and Date
      20090921-20090924
  • [Presentation] The role of Heme Chaperone Protein, CcmE, in maturation of cytochrome c.2009

    • Author(s)
      内田毅, 川村領樹, 石森浩一郎
    • Organizer
      14th International Conference Biological Inorganic Chemistry.
    • Place of Presentation
      Nagoya
    • Year and Date
      20090725-20090730
  • [Presentation] シトクロムc-の成熟化におけるヘムシャペロン蛋白質-CcmE-の役割2009

    • Author(s)
      内田毅、川村領樹、石森浩一郎
    • Organizer
      第9回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      熊本
    • Year and Date
      20090520-20090522
  • [Presentation] ヘム依存性転写因子Irrのヘム結合におけるフェロキラターゼとの蛋白質間相互作用機構2009

    • Author(s)
      石森浩一郎、内田毅、北辻千展、泉梢
    • Organizer
      日本化学会第89春季年会
    • Place of Presentation
      神奈川大学
    • Year and Date
      20090327-20090330
  • [Presentation] 気体センサーヘムタンパク質の動作機構の解明2009

    • Author(s)
      内田毅
    • Organizer
      化学系学協会北海道支部2009年冬季研究発表会
    • Place of Presentation
      北海道大学学術交流会館
    • Year and Date
      20090203-20090204
  • [Presentation] アポシトクロムc-の認識によるヘムシャペロンCcmEの機能発現機構2009

    • Author(s)
      川村領樹、内田毅、石森浩一郎
    • Organizer
      日本化学会北海道支部2009年夏季研究発表会
    • Place of Presentation
      苫小牧工業高等専門学校
    • Year and Date
      2009-07-11
  • [Presentation] 鉄代謝制御タンパク質IRP2において鉄依存性分解を引き起こすヘムの結合部位の同定2009

    • Author(s)
      奥谷博考、増田誠司、内田毅、岩井一宏、石森浩一郎
    • Organizer
      2008年度日本生物物理学会北海道支部例会
    • Place of Presentation
      北海道大学工学部
    • Year and Date
      2009-03-09
  • [Presentation] シトクロムc-における呼吸鎖末端酸化酵素との電子伝達反応に重要なアミノ酸残基の検討2009

    • Author(s)
      井上郁、坂本光一、内田毅、伊藤-新澤恭子、吉川信也、石森浩一郎
    • Organizer
      2008年度日本生物物理学会北海道支部例会
    • Place of Presentation
      北海道大学工学部
    • Year and Date
      2009-03-09
  • [Presentation] ヘムを輸送するタンパク質-ヘムシャペロンCcmE-のしなやかな分子構造について2008

    • Author(s)
      内田毅
    • Organizer
      第46回生物物理学会年会、シンポジウム「遷移金属の生物物理-若手研究者の挑戦」
    • Place of Presentation
      福岡国際会議場
    • Year and Date
      20081203-20081205
  • [Presentation] 呼吸鎖末端酸化酵素における電子伝達複合体の動的構造解析2008

    • Author(s)
      坂本光一、神谷昌克、伊藤(新澤)恭子、内田毅、相沢智康、出村誠、河野敬一、吉川信也、石森浩一郎
    • Organizer
      第47回NMR討論会
    • Place of Presentation
      筑波大学大学会館講堂
    • Year and Date
      20081112-20081114
  • [Presentation] Heme Transfer Mechanism from Heme Chaperone Protein, CcmE, to Apocytochrome c.2008

    • Author(s)
      内田毅, 石森浩一郎
    • Organizer
      17th Meeting of Methods in Protein Structure Analysis
    • Place of Presentation
      Sapporo
    • Year and Date
      20080826-20080829
  • [Presentation] ラマン分光法により深まる生体分子の理解2008

    • Author(s)
      内田毅
    • Organizer
      生物無機化学夏季セミナー
    • Place of Presentation
      京都
    • Year and Date
      20080802-20080804
  • [Presentation] ヘムシャペロンタンパク質CcmEによるシトクロムcの成熟化機構2008

    • Author(s)
      内田毅
    • Organizer
      第8回日本蛋白質科学会年会、シンポジウム「金属タンパク質の成熟化・機能化の分子機構」
    • Place of Presentation
      東京
    • Year and Date
      20080610-20080612
  • [Remarks] ホームページ等

    • URL

      http://wwwchem.sci.hokudai.ac.jp/~stchem/

URL: 

Published: 2012-01-26   Modified: 2016-04-21  

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